UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F35A5.4F35A5.40chrX 3,791,271contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
4ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
5F57B10.1F57B10.1n/achrI 6,582,350contains similarity to Pfam domains PF07716 (Basic region leucine zipper) , PF00170 (bZIP transcription factor) contains similarity to Interpro domains IPR002112 (Transcription factor Jun), IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR002227 (Tyrosinase), IPR008917 (Eukaryotic transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding), IPR011616 (bZIP transcription factor, bZIP-1)
6cyp-29A2T19B10.1n/achrV 11,218,719C. elegans CYP-29A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
7ubxn-1F23C8.4n/achrI 2,434,821C. elegans UBXN-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00789 (UBX domain) , PF00627 (UBA/TS-N domain) contains similarity to Interpro domains IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote), IPR001012 (UBX), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
8C56G2.7C56G2.7n/achrIII 6,340,161contains similarity to Pfam domain PF04683 Adhesion regulating molecule conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006773 (Adhesion regulating molecule)
9nhr-130T01G6.8n/achrV 482,090C. elegans NHR-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10F28D1.9F28D1.9n/achrIV 12,395,382contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
11F44F1.3F44F1.3n/achrI 13,255,892contains similarity to Pfam domain PF00648 Calpain family cysteine protease contains similarity to Interpro domain IPR001300 (Peptidase C2, calpain)
12Y23H5A.3Y23H5A.3n/achrI 2,621,258
13K01G5.3K01G5.3n/achrIII 10,751,062contains similarity to Mus musculus Ladinin 1 (Lad-1) (Linear IgA disease autoantigen).; SW:LAD1_MOUSE
14srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
15fib-1T01C3.7n/achrV 15,001,344C. elegans FIB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01269 Fibrillarin contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000692 (Fibrillarin)
16R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
17pat-3ZK1058.2n/achrIII 3,911,515C. elegans PAT-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF00362 (Integrin, beta chain) , PF07965 (Integrin beta tail domain) , PF07974 (EGF-like domain) (2), PF08725 (Integrin beta cytoplasmic domain) contains similarity to Interpro domains IPR002369 (Integrin beta subunit, N-terminal), IPR012896 (Integrin beta subunit, tail), IPR001169 (Integrin beta subunit, C-terminal), IPR006209 (EGF-like), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR015812 (Integrin beta subunit), IPR014836 (Integrin beta subunit, cytoplasmic), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR012012 (Integrin beta subunit, subgroup), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
18rpn-3C30C11.2n/achrIII 8,448,263C. elegans RPN-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01399 (PCI domain) , PF08375 (Proteasome regulatory subunit C-terminal) contains similarity to Interpro domains IPR013586 (26S proteasome regulatory subunit, C-terminal), IPR013143 (PCI/PINT associated module), IPR000717 (Proteasome component region PCI), IPR015350 (Beta-trefoil)
19R03D7.4R03D7.4n/achrII 10,944,454contains similarity to Pfam domain PF06881 RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A contains similarity to Interpro domain IPR010684 (RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A)
20F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
21qua-1T05C12.10n/achrII 8,201,326qua-1 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Qua domain, a 5W repeat, an extended region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; QUA-1 is conserved among nematodes from Caenorhabditis to Brugia; QUA-1 is expressed prior to molting in hyp1 to hyp11 hypodermal cells, but not in seam cells, and ceases to be expressed after each molting cycle or in gravid adults no longer molting; QUA-1 is strongly required for normal molting, with lethal molting defects in qua-1 mutants and severe defects in qua-1(RNAi) animals; similar molting defects in RNAi of ptr-4 and ptr-23 (encoding Dispatched homologs) suggest that PTR-4 and PTR-23 may export QUA-1 from hypodermal cells synthesizing it; other sites of QUA-1 expression include intestinal and rectal cells, excretory duct and pore cells, sensilla support cells, the P cell lineage in L1, body wall muscle, and the adult reproductive system; QUA-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, cuticle adhesion, locomotion, and male tail development; the Hint/Hog domain is predicted to cut QUA-1 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Qua domain; the Qua domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and the Qua domain has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; both Qua and Hint/Hog domains are required for transgenic rescue of a lethal qua-1 allele; defects in both qua-1 mutants and qua-1(RNAi) animals; all of QUA-1's functions may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling.
22F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
23col-20F11G11.11n/achrII 4,870,188col-20 encodes a collagen; its expression pattern and mutant phenotypes are unknown.
24Y38A10A.2Y38A10A.2n/achrV 6,058,787contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domain IPR004245 (Protein of unknown function DUF229)
25top-2K12D12.1n/achrII 11,877,788C. elegans TOP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00521 (DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A) , PF02518 (Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase) , PF00204 (DNA gyrase B) contains similarity to Interpro domains IPR002205 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal), IPR013506 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, region 2), IPR001241 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal), IPR011558 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, conserved region), IPR013758 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal, alpha-beta), IPR013757 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like), IPR013759 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal, alpha-beta), IPR003957 (Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase), IPR001154 (DNA topoisomerase II, eukaryotic-type), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013760 (DNA topoisomerase, type IIA, central)
26K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
27W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
28srsx-21R07B5.5n/achrV 9,838,755C. elegans SRSX-21 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29B0348.5B0348.5n/achrV 6,100
30pbs-7F39H11.5n/achrI 8,695,820pbs-7 encodes a B-type subunit of the 26S proteasome's 20S protease core particle; by homology, PBS-7 is predicted to function in ATP/ubiquitin-dependent nonlysosomal protein degradation; loss of pbs-7 activity via large-scale RNAi screens indicates that, in C. elegans, PBS-7 is required for normal movement and for embryonic, germline, and larval development.
31nhr-55T01G6.7n/achrV 479,428nhr-55 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
32Y14H12B.2Y14H12B.2n/achrII 3,932,952contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
33C01G8.6C01G8.6n/achrI 5,299,557contains similarity to Staphylococcus aureus Serine-rich adhesin for platelets precursor (Staphylococcus aureusssurface protein A).; SW:Q7A362
34sgt-1R05F9.10n/achrII 4,903,031C. elegans SGT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (2), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
35F37C12.7F37C12.7n/achrIII 7,169,344contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
36srg-47C53A5.8n/achrV 14,555,611C. elegans SRG-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
37ZK250.9ZK250.9n/achrII 1,965,500contains similarity to Pfam domain PF05970 Eukaryotic protein of unknown function (DUF889) contains similarity to Interpro domains IPR010285 (Protein of unknown function DUF889, eukaryote), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006034 (Asparaginase/glutaminase)
38str-226C07G3.4n/achrV 3,513,510C. elegans STR-226 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39fbxb-2T26H2.3n/achrV 19,236,658This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
40R12E2.1R12E2.1n/achrI 4,183,608contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (5), PF00651 (BTB/POZ domain) , PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF07646 (Kelch motif) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR017096 (Kelch-like protein, gigaxonin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015916 (Galactose oxidase, beta-propeller), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related), IPR006651 (Kelch), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
41nhr-9ZK418.1n/achrIII 7,096,245C. elegans NHR-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42cyk-4K08E3.6n/achrIII 13,769,892cyk-4 encodes a GTPase activating protein (GAP) for the Rho family of GTPases that, together with ZEN-4, is sufficient to promote the formation of the large bundles of microtubules that form the central spindle during anaphase, and is required for fertility and coordinated locomotion postembryonically; localizes to the central spindle during anaphase interdependently with ZEN-4, and interacts with ZEN-4 in vitro and in vivo.
43rpt-2F29G9.5n/achrV 6,016,841C. elegans RPT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR003960 (AAA ATPase, conserved site), IPR005937 (26S proteasome subunit P45), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
44F29G6.2F29G6.2n/achrX 11,510,328contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ43363 fis, clone NT2RP7017474; ENSEMBL:ENSP00000374260
45R09D1.12R09D1.12n/achrII 9,451,202contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
46F17B5.4F17B5.4n/achrI 13,200,152contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
47F22D3.6F22D3.6n/achrII 6,949,185The F22D3.6 gene encodes a paracaspase homolog that may be involved in apoptosis, and that is orthologous to the human gene MUCOSA ASSOCIATED LYMPHOID TISSUE LYMPHOMA TRANSLOCATION GENE 1 (MALT1; OMIM:604860).
48T10H10.3T10H10.3n/achrX 2,285,608contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR011524 (SARAH), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
49ZK1067.2ZK1067.20.00000002chrII 9,218,954contains similarity to Pfam domain PF01422 NF-X1 type zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR000967 (Zinc finger, NF-X1-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001555 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
50F34H10.3F34H10.3n/achrX 9,634,393contains similarity to Anabaena sp Hypothetical protein Asr1307.; TR:Q8YXA8