UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F35A5.1F35A5.10chrX 3,811,921The F35A5.1 gene encodes a homolog of human FMR2, which when mutated leads to fragile site mental retardation, type 2 (OMIM:309548).
2unc-68K11C4.5n/achrV 6,915,345unc-68 encodes a ryanodine receptor ortholog that is expressed in body-wall muscle cells and is required for normal body tension and locomotion; unc-68 mutants are flaccid, sluggish, and resistant to ryanodine, but have normal muscle ultrastructure; UNC-68 is dispensable for excitation-contraction coupling itself, but may amplify its calcium signals; the unc-68/kra-1(kh30) mutation is an S1444N substitution at a putative protein kinase C phosphorylation site; UNC-68 reduced unc-103(sy557)-induced spicule protraction by one half; unc-68 is orthologous to the human genes RYR1 (OMIM:180901, mutated in malignant hyperthermia and central core disease), RYR2 (OMIM:180902, mutated in stress-induced polymorphic ventricular tachycardia), and RYR3 (OMIM:180903).
3ZC247.1ZC247.1n/achrI 10,271,766contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG32377-PA;; FLYBASE:CG32377
4C45B2.2C45B2.2n/achrX 6,084,923
5let-75R06C7.10n/achrI 7,263,197let-75 encodes a pharynx-specific type II myosin heavy chain (MHC D); LET-75 is required for pharyngeal muscle contraction and thus for normal feeding behavior and post-embryonic development; in vitro, the LET-75 tail domain interacts with ITR-1, an IP3 receptor, and this interaction has been proposed to mediate, in vivo, increased pharnygeal pumping in response to food; LET-75 is expressed exclusively in pharyngeal muscle.
6nlp-4F59C6.6n/achrI 10,516,896nlp-4 encodes three predicted neuropeptide-like proteins; nlp-4 has no none homologs in other nematode species, and its expression pattern has not been determined; in addition, as loss of nlp-4 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of nlp-4-encoded peptides in development and/or behavior is not yet known.
7F07D3.3F07D3.3n/achrV 9,461,634contains similarity to Listeria monocytogenes Shikimate 5-dehydrogenase (EC 1.1.1.25).; SW:AROE_LISMO
8R05H10.1R05H10.1n/achrII 14,852,898contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
9R03H4.6R03H4.6n/achrV 9,023,568contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
10C14A4.8C14A4.8n/achrII 10,597,545contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
11F14F7.4F14F7.4n/achrIII 13,028,908contains similarity to Interpro domain IPR003944 (Protease-activated receptor 4)
12fbxa-105C02H6.2n/achrV 7,391,288This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
13F59A1.10F59A1.10n/achrV 17,661,006contains similarity to Pfam domain PF03982 Diacylglycerol acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR007130 (Diacylglycerol acyltransferase)
14clec-68F56D6.1n/achrIV 3,927,681C. elegans CLEC-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
15dod-21C32H11.10n/achrIV 12,937,319C. elegans DOD-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
16dod-17K10D11.1n/achrIV 12,977,287C. elegans DOD-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
17col-144B0222.6n/achrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18mab-9T27A1.6n/achrII 518,813mab-9 encodes a member of the T-box family of transcriptional regulators containing a 200-amino acid T-box DNA-binding domain most similar to mouse Brachyury; mab-9 is involved in hindgut and male tail development, specifically affecting the fate of two posterior blast cells in the hindgut, B and F; in the male this results in a grossly abnormal tail lacking spicules, and renders them incapable of mating; in the hermaphrodite this results in hindgut defects; mab-9 may also be part of a network of T-box genes that includes tbx-8, tbx-9 and vab-7 and is important for the correct patterning of posterior cells in the developing embryo; mab-9 affects movement to some extent though the basis for this defect is unknown; MAB-9 localizes to the nucleus of B and F and their descendents during development.
19F21C10.7F21C10.7n/achrV 9,117,429contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
20Y39G8C.2Y39G8C.2n/achrII 14,096,329contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
21Y75B8A.4Y75B8A.4n/achrIII 12,110,492contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
22col-117T28C6.4n/achrIV 8,823,550C. elegans COL-117 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
23tba-7T28D6.2n/achrIII 11,369,983C. elegans TBA-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00091 (Tubulin/FtsZ family, GTPase domain) , PF03953 (Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002454 (Gamma tubulin), IPR002452 (Alpha tubulin), IPR002453 (Beta tubulin), IPR000217 (Tubulin), IPR003008 (Tubulin/FtsZ, GTPase), IPR004057 (Epsilon tubulin), IPR002967 (Delta tubulin), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR008280 (Tubulin/FtsZ, C-terminal)
24F36H1.3F36H1.3n/achrIV 11,050,996contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
25twk-42W06D12.2n/achrV 17,728,557C. elegans TWK-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
26T06D4.4T06D4.4n/achrII 3,393,492T06D4.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; T06D4.4 has no clear orthologs in other organisms.
27Y48A6B.10Y48A6B.10n/achrIII 11,041,221contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
28cpt-4K11D12.4n/achrV 5,025,698C. elegans CPT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
29B0272.4B0272.4n/achrX 9,429,267contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)
30Y32F6B.1Y32F6B.1n/achrV 10,482,818contains similarity to Pfam domain PF03137 Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31F27E5.3F27E5.3n/achrII 10,142,746contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cell division cycle 2-related protein kinase 7; ENSEMBL:ENSP00000300647
32F55G11.6F55G11.6n/achrIV 12,958,781contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
33fbxa-90Y102A5C.19n/achrV 16,967,704This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34ZK673.6ZK673.6n/achrII 10,463,519contains similarity to Hydra attenuata Myosin heavy chain, clone 203 (Fragment).; SW:MYS3_HYDAT
35F42A10.3F42A10.3n/achrIII 6,156,244contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
36ins-6ZK84.6n/achrII 6,000,649ins-6 encodes predicted type-beta insulin-like molecule that lacks a C peptide domain; expressed throughout development and in some neurons beginning in the two-fold elongated embryo.
37C49C3.4C49C3.4n/achrIV 17,324,683contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
38F23H12.5F23H12.5n/achrV 12,361,146contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
39fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;
40ZK180.2ZK180.2n/achrIV 4,504,345contains similarity to Pfam domain PF01094 Receptor family ligand binding region contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor), IPR000923 (Blue (type 1) copper domain)
41alh-5T08B1.3n/achrV 1,997,845C. elegans ALH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR012394 (Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase)
42T21B6.3T21B6.3n/achrX 10,946,988The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
43W03A5.2W03A5.2n/achrIII 5,407,000W03A5.2 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:19580) (GGCX; OMIM:137167), which when mutated leads to disease.
44K05B2.4K05B2.4n/achrX 4,919,986contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
45gst-38F35E8.8n/achrV 15,915,638C. elegans GST-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
46myo-5F58G4.1n/achrV 8,113,539C. elegans MYO-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF01576 (Myosin tail) , PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF02736 (Myosin N-terminal SH3-like domain) , PF00063 (Myosin head (motor domain)) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR002957 (Keratin, type I), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin), IPR004009 (Myosin, N-terminal, SH3-like), IPR002928 (Myosin tail), IPR001609 (Myosin head, motor region)
47C24H11.1C24H11.1n/achrIII 11,788,483contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
48scl-6C39E9.4n/achrIV 13,069,292C. elegans SCL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
49T05H10.3T05H10.3n/achrII 8,049,736
50col-10B0222.8n/achrV 9,164,776col-10 encodes a collagen protein; expressed exclusively in hypodermal cells