UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F32H2.6F32H2.65e-109chrI 8,999,077contains similarity to Pfam domain PF00109 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR016039 (Thiolase-like)
2F53A9.4F53A9.4n/achrX 8,705,694
3F35F10.12F35F10.12n/achrV 3,314,352contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
4F35B3.1F35B3.1n/achrX 17,016,472contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
5T25B6.4T25B6.4n/achrX 9,016,157
6fbxb-80E04A4.2n/achrIV 4,735,325C. elegans FBXB-80 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
7arl-3F19H8.3n/achrII 14,607,534arl-3 encodes a member of the ARL (ADP-ribosylation factor(ARF)-like) family of proteins which are very similar to ARF proteins but lack the ability to stimulate ADP ribosylation by cholera toxin; as loss of arl-3 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ARL-3 is not yet known.
8ifta-2T28F3.6n/achrIV 17,301,376ifta-2 encodes a ciliary protein, orthologous to human RABL5, that is required for normally short life span and dauer formation; IFTA-2 is expressed in amphid, labial, and phasmid ciliated sensory neurons; intracellularly, IFTA-2 resides in the bases and axonemes of cilia, colocalizing with DAF-2 and AGE-1; IFTA-2 may be either a cargo or a cargo-docking component of intraflagellar transport (IFT) by the IFT-B complex; ciliary basal localization of IFTA-2 is abolished by a T42N mutation predicted to lock ITFA-2 into an inactive, GDP-bound conformation; ifta-2(tm1724) mutants have abnormally long lifespans and constitutive dauer formation, perhaps because IFTA-2 regulates DAF-2 signalling from ciliated sensory neurons; IFTA-2 is not required for cilium assembly or IFT, nor is it required for chemosensation or osmosensation; the ciliary localization of IFTA-2 is conserved in RABL5; via an X-box in its promoter, ifta-2 is a candidate for direct regulation by DAF-19.
9Y43F8A.1Y43F8A.1n/achrV 19,370,930contains similarity to Rhizobium sp Probable conjugal transfer protein trbD.; SW:TRBD_RHISN
10pdl-1C27H5.1n/achrII 7,184,432C. elegans PDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05351 GMP-PDE, delta subunit contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR017287 (Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit), IPR008015 (GMP phosphodiesterase, delta subunit)
11F57A8.1F57A8.1n/achrV 10,045,776contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
12ZC168.2ZC168.2n/achrIV 10,728,759contains similarity to Pfam domain PF01147 Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family contains similarity to Interpro domain IPR001166 (Crustacean neurohormone)
13T19D7.7T19D7.7n/achrX 678,427contains similarity to Pfam domain PF00657 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001087 (Lipase, GDSL), IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
14C33A12.4C33A12.4n/achrIV 9,510,301contains similarity to Homo sapiens Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E; ENSEMBL:ENSP00000324074
15fbxa-73T20H9.4n/achrIII 2,254,103C. elegans FBXA-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
16F16B12.4F16B12.4n/achrX 14,097,334contains similarity to Dictyostelium discoideum Myosin II heavy chain, non muscle.; SW:MYS2_DICDI
17srx-85F38B7.4n/achrV 11,553,428C. elegans SRX-85 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18odr-3C34D1.3n/achrV 13,248,189odr-3 encodes a G protein alpha subunit; odr-3 activity is required for normal chemotaxis, odorant avoidance, and nociceptive function as well as cilium morphogenesis in chemosensory neurons; an ODR-3::GFP is expressed in five pairs of sensory neurons AWA, AWB, AWC, ASH, and ADF; the AWC neurons consistently express GFP most strongly, while the AWB neurons express at lower levels and the AWA, ASH, and ADF neurons express only weakly; in AWC neurons, ODR-3::GFP localizes to cilia which have a characteristic wing-shaped morphology.
19ZC239.3ZC239.3n/achrII 3,216,335contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
20ubc-22C06E2.7n/achrX 8,868,414ubc-22 encodes an E2 ubiquitin-conjugating enzyme orthologous to Saccharomyces cerevisiae UBC8 and human UBC1/HIP2 (Huntingtin interacting protein 2, OMIM:602846) which are involved in regulating fructose-1,6-bisphosphatase and huntingtin catabolism, respectively; by homology, UBC-22 is likely required for covalent attachment of ubiquitin to select target proteins to facilitate their degradation; however, as loss of UBC-22 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UBC-22 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
21gpc-1K02A4.2n/achrX 12,881,921The gpc-1 gene encodes a heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein gamma subunit, expressed specifically in sensory neurons, that is involved in taste adaptation.
22ZC84.4ZC84.4n/achrIII 9,211,781ZC84.4 encodes a G protein-coupled receptor with acidic amino acids in the -3 position of its PDZ binding motif; ZC84.4 protein binds PDZ domain 10 of the multi-PDZ domain protein, MPZ-1, in GST pulldown experiments; by analogy with SER-1, the PDZ binding motif of ZC84.4 may enhance its signalling.
23F36D4.4F36D4.4n/achrV 9,404,118contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24Y42A5A.4Y42A5A.4n/achrV 11,106,364contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
25T07D10.1T07D10.1n/achrI 12,604,999contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus Katanin p80 subunit.; TR:O61585
26F47B10.8F47B10.8n/achrX 10,905,841contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
27R10H10.4R10H10.4n/achrIV 10,394,780contains similarity to Arabidopsis thaliana T15B16.1 protein.; TR:Q9ZSH8
28F40A3.4F40A3.4n/achrV 7,876,231
29T23C6.4T23C6.4n/achrX 17,148,667contains similarity to Lactobacillus plantarum Translation initiation factor IF-2.; SW:Q88VK7
30M28.4M28.4n/achrII 10,645,246contains similarity to Homo sapiens Kinesin-like protein 2; ENSEMBL:ENSP00000324020
31R05A10.7R05A10.7n/achrIV 14,161,499contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
32C17C3.3C17C3.3n/achrII 5,562,616contains similarity to Pfam domain PF02551 Acyl-CoA thioesterase contains similarity to Interpro domain IPR003703 (Acyl-CoA thioesterase)
33C55A1.7C55A1.7n/achrV 15,647,283contains similarity to Escherichia coli TolA protein.; SW:TOLA_ECOLI
34F10F2.4F10F2.4n/achrIII 4,624,572contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
35T26E4.3T26E4.3n/achrV 15,783,606contains similarity to Pfam domain PF01531 (Glycosyl transferase family 11)
36ZC155.2ZC155.2n/achrIII 5,219,635contains similarity to Interpro domains IPR000164 (Histone H3), IPR009072 (Histone-fold)
37F54C8.6F54C8.6n/achrIII 9,445,388contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IAL7
38lim-4ZC64.4n/achrX 3,871,505lim-4 encodes a LIM homeodomain protein homologous to murine Lhx6 and L3/Lhx7, and to Drosophila ARROWHEAD; LIM-4 is required for differentiation of AWB chemosensory neurons, for several but not all aspects of RID motor neuron differentiation, expression of ser-2, repulsion from chemosensory repellants, SAA neurite outgrowth, and normal locomotion and head foraging; lim-4 is expressed in AWB, RID, RIV, RMDL, RMDR, RMEV, four SAA neurons, and four SIA neurons.
39Y49E10.24Y49E10.24n/achrIII 12,486,416contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
40F58B4.4F58B4.4n/achrV 10,931,009contains similarity to Plasmodium yoelii Rhoptry protein.; TR:Q26216
41fbxb-71F40F4.1n/achrX 3,263,537This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
42tkr-1C38C10.1n/achrIII 9,386,535tkr-1 encodes a G protein-coupled receptor that is the C. elegans tachykinin-like neuropeptide receptor homolog; by homology, TKR-1 is predicted to function in modulation of excitatory neurotransmission; as loss of tkr-1 activity via RNAi results in moderate reduction of fat content, TKR-1 may play a specific role in regulating lipid metabolism; a tkr-1 reporter gene fusion is reportedly expressed in the socket cells of the deirid and post-deirid sensilla from the L2 larval stage through adulthood.
43sdz-19F45E6.6n/achrX 12,502,884C. elegans SDZ-19 protein ;
44gst-8F11G11.1n/achrII 4,884,139gst-8 encodes a predicted glutathione S-transferase.
45F58E6.1F58E6.1n/achrV 9,742,698n/a
46W03B1.8W03B1.8n/achrIV 4,344,287contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
47W03A5.1W03A5.1n/achrIII 5,410,601contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001452 (Src homology-3), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
48C03H5.4C03H5.4n/achrII 375,541contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
49T23G4.2T23G4.2n/achrIV 13,688,527contains similarity to Interpro domain IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
50dyf-5M04C9.5n/achrI 9,360,991dyf-5 encodes a putative MAP kinase orthologous to human MAK/ICK (OMIM:154235), Chlamydomonas reinhardtii LF4, and Leishmania mexicana MPK9; DYF-5 negatively regulates cilial length, restricts KAP-1 to middle ciliary segments, is required for normal localization of six IFT components, and is required for OSM-3 to comigrate normally with IFT particles; DYF-5 is also required for dye-filling of amphid and phasmid neurons and for normal chemotaxis, dauer formation, and male mating; DYF-5 is expressed in head neurons (including amphid neurons), tail neurons (including phasmid neurons), CAN cells, excretory canal neurons, posterior lateral ganglion neurons and in many male tail cells; dyf-5 mutant cilia are abnormally elongated, either failing to enter the amphid channel or accumulating IFT proteins at their distal ends, whereas DYF-5 overexpression results in truncated cilia; the dyf-5 promoter region contains an X-box, predicted to be bound and transcriptionally activated by DAF-19, and dyf-5 is regulated by DAF-19 in vivo; dyf-5 animals are slightly shorter than normal.