UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1clec-180F32E10.30chrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3D1014.5D1014.5n/achrV 8,125,176contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
4R07E3.6R07E3.6n/achrX 10,319,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
5F08A8.2F08A8.2n/achrI 12,944,409contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
6T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
7F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
8R05G6.9R05G6.9n/achrIV 7,515,301R05G9.6 encodes a protein with a predicted signal sequence and EGF-like repeats that are related to those of Notch family members.
9W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
10pqn-46F57B9.9n/achrIII 6,943,249The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
11lpr-3W04G3.8n/achrX 11,058,541W04G3.8 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; large-scale RNAi experiments indicate that W04G3.8 activity is required for normal growth rates, early larval development, and coordinated locomotion.
12sym-1C44H4.3n/achrX 14,582,934sym-1 encodes a protein containing 15 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) that functionally overlaps with sym-5 and interacts with mec-8 with respect to embryonic viability and attachment of body muscle to the extracellular cuticle; expression begins at the time of embryonic elongation and SYM-1 is secreted from the apical hypodermal surface of the embryo
13F47B10.2F47B10.2n/achrX 10,894,920F47B10.2 is orthologous to the human gene HISTIDASE (HAL; OMIM:235800), which when mutated leads to disease.
14ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
15H03E18.1H03E18.1n/achrX 8,510,941contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
16ptr-15T07H8.6n/achrV 6,968,181ptr-15 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-15 has no known function in vivo.
17M153.1M153.1n/achrX 12,147,684contains similarity to Pfam domains PF03807 (NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent) , PF01210 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR011128 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
18wrt-2F52E4.6n/achrX 3,093,375wrt-2 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-2 is expressed in seam cells and hypodermal syncytia; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-2 is weakly required for normal molting; WRT-2 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking; in two-hybrid assays, WRT-2 binds EYA-1, which may parallel the derepression of Drosophila eyes absent by HEDGEHOG.
19F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
20F52F10.2F52F10.2n/achrV 1,549,423contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21K08B12.1K08B12.1n/achrV 6,260,074contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
22Y39A1A.9Y39A1A.9n/achrIII 10,631,671contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Uncharacterized protein FLJ35848; ENSEMBL:ENSP00000323874
23R07G3.6R07G3.6n/achrII 7,604,709contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
24osr-1C32E12.3n/achrI 5,201,845C. elegans OSR-1 protein ; contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Uncharacterized protein C29E6.10c.; SW:Q09863
25rol-6T01B7.7n/achrII 8,733,614The rol-6 gene encodes a cuticle collagen related to human collagen alpha 1 (III) chain precursor (OMIM:120180), and is required for normal cuticular morphology; ROL-6 interacts with SQT-1, a closely related cuticle collagen, and is expressed at all stages from L2 to adult with transcripts detected at each of the molts preceding these stages.
26F59B10.5F59B10.5n/achrII 10,522,410contains similarity to Encephalitozoon cuniculi Hypothetical protein ECU03_0100.; TR:Q8SW77
27C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
28grl-10C26F1.5n/achrV 7,775,086grl-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
29lips-9F58G1.5n/achrII 12,934,548C. elegans LIPS-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
30dpy-8C31H2.2n/achrX 5,149,633dpy-8 encodes a collagen with a nematode-specific N-terminal domain that is required for normal body morphology and (perhaps) for a normal embryonic cell division rate; dpy-8 interacts genetically with emb-5 and glp-1.
31ZK1025.7ZK1025.7n/achrI 11,466,357contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
32C32H11.5C32H11.5n/achrIV 12,923,920contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
33dpy-13F30B5.1n/achrIV 4,236,154dpy-13 encodes a member of the collagen superfamily containing 20 copies of the collagen triple helix repeat; transcipt levels oscillate, peaking once during each larval stage.
34cyn-6F42G9.2n/achrIII 773,770cyn-6 encodes a cyclophilin most similar to human secreted cyclophilin type B isoforms that is functional when expressed in E. coli; it is expressed in the intestine.
35C52D10.1C52D10.1n/achrIV 17,188,302contains similarity to Interpro domain IPR011935 (Conserved hypothetical protein CHP02231)
36F19H8.2F19H8.2n/achrII 14,604,795contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Transcriptional activator of lysine pathway genes with 2-aminoadipate semialdehyde as co-inducer; saccharopine reductase synthesis; SGD:YDR034C
37sym-5C44H4.2n/achrX 14,579,420sym-5 encodes a predicted transmembrane protein that contains 13 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) and that is similar to SYM-1, a secreted protein involved in muscle attachment; sym-5 activity appears to be required for embryogenesis and functionally overlaps with that of sym-1 and mec-8 in affecting muscle attachment; in addition, loss of sym-5 activity via RNA-mediated interference (RNAi) in a hypersensitized strain indicates that SYM-5 may also be required for locomotion, body morphology, and normal rates of postembryonic growth.
38C27C7.2C27C7.2n/achrI 11,433,261contains similarity to Pfam domain PF01697 (Domain of unknown function)
39T17H7.1T17H7.1n/achrIII 741,822contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
40ZK154.1ZK154.1n/achrX 7,780,026contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
41C07E3.10C07E3.10n/achrII 10,346,620contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ring finger protein involved in the DNA damage response with possible recombination role; genetically identified by synthetic lethality with SGS1 (DNA helicase) and TOP3 (DNA topoisomerase); sporulation role; interacts with Slx8p and Lin1p; SGD:YDL013W
42fasn-1F32H2.5n/achrI 8,980,067fasn-1 encodes a putative fatty acid synthase, orthologous to human FASN (OMIM:600212); CEP-1 is required for fully normal fasn-1 expression in vivo; CEP-1 drives transcription of luciferase reporters whose promoters contains either of two putative CEP-1 binding sites (FAS-T1 and FAS-T2) found in the fasn-1 gene, and this activity is partially lost by mutation of conserved CEP-1 residues (R298 or H310); in humans, the CEP-1 ortholog isoforms TAp73alpha and deltaNp63alpha bind the human FASN gene, suggesting that FASN genes might be a conserved direct target of p53-like proteins in metazoa; fasn-1 transcription is moderately activated (2 to 4-fold) in L1 or L2 larvae starved for 12 hours, but is not so activated in later larvae or adults.
43F23H12.5F23H12.5n/achrV 12,361,146contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
44C06A6.5C06A6.5n/achrIV 7,833,492contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
45grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
46srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
47F42A10.3F42A10.3n/achrIII 6,156,244contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
48col-173F41C6.5n/achrX 6,876,334C. elegans COL-173 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
49T14D7.2T14D7.2n/achrII 8,850,480T14D7.2 encodes an acyltransferase; large-scale RNAi experiments indicate that T14D7.2 activity is required for egg laying, coordination locomotion, and normal vulval morphology.
50nas-15T04G9.2n/achrX 779,117nas-15 encodes an astacin-like metalloprotease.