UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sdz-16F31E9.40chrV 17,327,178This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3K01D12.1K01D12.1n/achrV 12,378,161contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
4let-381F26B1.7n/achrI 6,322,210let-381 encodes a forkhead transcription factor and was identified in a screen for essential genes; let-381 is essential for development at different times as mutants exhibit embryonic and early larval lethality, with a few developing to sterile adults; inactivation of let-381 using RNA interference results in adults with mesodermal cell lineage defects and a reduced number of coelomocytes; reporter-gene assays indicate LET-318 is expressed when the embryo starts to elongate and continues to be expressed through all larval stages and into the adult.
5F38A5.7F38A5.7n/achrIV 6,602,016
6K05C4.9K05C4.9n/achrI 14,728,785contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat
7F28H1.1F28H1.1n/achrI 3,996,331
8C06E1.1C06E1.1n/achrIII 8,606,076contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
9bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
10W04H10.2W04H10.2n/achrII 606,109
11F16C3.2F16C3.2n/achrI 10,152,680contains similarity to Clostridium acetobutylicum DNA repair protein recN, ATPase.; TR:Q97HD9
12sdz-18F45C12.11n/achrII 1,705,740C. elegans SDZ-18 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
13F59H6.5F59H6.5n/achrII 2,005,814contains similarity to Pfam domain PF05970 Eukaryotic protein of unknown function (DUF889) contains similarity to Interpro domains IPR010285 (Protein of unknown function DUF889, eukaryote), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006034 (Asparaginase/glutaminase)
14T02H6.8T02H6.8n/achrII 681,180
15T26E3.8T26E3.8n/achrI 12,658,593contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
16C54E10.6C54E10.6n/achrV 18,808,334contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Spindle Pole Component of molecular weight 24kDa; SGD:YMR117C
17glb-11C36E8.2n/achrIII 3,990,752glb-11 encodes a globin; glb-11 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-11 has no obvious function in mass RNAi assays; glb-11 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background.
18H36L18.1H36L18.1n/achrX 12,650,135contains similarity to Pfam domains PF00413 (Matrixin) , PF00045 (Hemopexin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
19srsx-30C51E3.5n/achrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
20nhr-127T13F3.3n/achrV 16,263,066nhr-127 encodes a member of the nuclear hormone receptor family; expressed in hypodermal seam cells from the embryonic 1.5-fold stage until the L1 larval stage.
21C46E10.5C46E10.5n/achrII 3,712,130
22B0285.7B0285.7n/achrIII 4,360,726contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
23unc-119M142.1n/achrIII 10,907,547unc-119 encodes a novel protein that is highly conserved amongst metazoans; unc-119 activity is required for proper development of the nervous system, including axonal branching and fasciculation, and hence, for normal movement, chemosensation, and feeding; unc-119 is expressed pan-neuronally beginning in the early embryo (~60 cells) and continuing through adulthood; although the molecular function of UNC-119 is not yet known, human UNC119, which can rescue C. elegans unc-119 mutant animals, is reported to function as a receptor-associated activator of signal transduction; thus, UNC-119 may be part of a signal transduction pathway that mediates axonal patterning in response to external developmental cues.
24tbx-11F40H6.4n/achrIII 6,046,285tbx-11 encodes a T-box transcription factor that is orthologous to members of the Tbx2 subfamily of T-box transcription factors; by homology, TBX-11 is predicted to function in transcriptional regulation during cellular differentiation, potentially as both an activator and a repressor; however, as loss of tbx-11 function via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of tbx-11 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
25fbxa-137T27B7.7n/achrV 2,280,414C. elegans FBXA-137 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
26coh-1K08A8.3n/achrX 7,470,222coh-1 encodes a RAD21 homolog that affects embryonic viability and is believed to affect cohesion of sister chromatids in somatic cells; expressed in the distal tip cells of the gonad, embryonic, and somatic cells
27F28B4.1F28B4.1n/achrX 3,205,615
28nhr-157C17E7.5n/achrV 3,867,765C. elegans NHR-157 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29T05A7.9T05A7.9n/achrII 4,684,669contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
30F46C8.3F46C8.3n/achrX 7,526,360
31F11D11.3F11D11.3n/achrV 18,759,090contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
32F14B4.1F14B4.1n/achrI 9,268,427contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
33F02E11.3F02E11.3n/achrII 3,273,416contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
34F42H10.2F42H10.2n/achrIII 8,490,759contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domains IPR010625 (CHCH), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
35C24A3.8C24A3.8n/achrX 9,006,620
36tsp-17C02F12.1n/achrX 3,682,658C. elegans TSP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
37AH10.3AH10.3n/achrV 14,144,698contains similarity to Tomato yellow leaf curl virus Hypothetical 10.9 kDa protein (C4 protein).; SW:YC4_TYLCU
38C31E10.3C31E10.3n/achrX 13,987,732contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
39aat-3F52H2.2n/achrX 2,555,967aat-3 encodes an amino acid transporter catalytic subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with the ATG-2 glycoprotein subunit, AAT-3 is able to facilitate amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; in addition, AAT-3 is able to covalently associate with ATG-2 or ATG-1 to form heterodimers in the Xenopus expression system; when co-expressed with ATG-2, AAT-3 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, or with ATG-1, AAT-3 localizes intracellularly.
40nhr-204R02C2.4n/achrV 256,479C. elegans NHR-204 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
41ZC190.6ZC190.6n/achrV 8,675,924
42dyf-8C43C3.3n/achrX 9,700,112dyf-8 encodes a protein predicted to form a cell-surface ligand with a zona pellucida domain; DYF-8 is required for permeability of amphid and phasmid neurons to external dyes, chemotaxis to ammonium chloride, avoidance of high osmotic stimuli, male mating, and dauer formation.
43dmd-4C27C12.6n/achrX 14,859,502C. elegans DMD-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00751 (DM DNA binding domain) , PF03474 (DMRTA motif) contains similarity to Interpro domains IPR005173 (DMRTA motif), IPR001275 (DM DNA-binding)
44C05E11.3C05E11.3n/achrX 4,580,554contains similarity to Mus musculus Lysosomal-associated transmembrane protein 4A (Golgi 4-transmembranesspanning transporter) (Mouse transporter protein) (MTP).; SW:Q60961
45H01G02.2H01G02.2n/achrIV 11,799,864contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
46fut-6T05A7.5n/achrII 4,654,556C. elegans FUT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00852 Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) contains similarity to Interpro domain IPR001503 (Glycosyl transferase, family 10)
47EEED8.2EEED8.2n/achrII 5,417,509contains similarity to Interpro domains IPR012674 (Calycin), IPR011038 (Calycin-like), IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding)
48srb-19C54F6.11n/achrV 7,518,912C. elegans SRB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
49T23F11.4T23F11.4n/achrIII 4,664,270contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
50R02D5.1R02D5.1n/achrV 14,508,925contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C