UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F31D5.1F31D5.10chrII 4,220,835contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR003976 (Potassium channel, two pore-domain, TREK), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2srx-121C04E12.8n/achrV 3,371,855C. elegans SRX-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
4fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
5C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
6T11F1.6T11F1.6n/achrII 2,945,352contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
7K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
8C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
9tat-6F02C9.3n/achrV 3,131,186C. elegans TAT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
10C53C11.1C53C11.1n/achrX 17,340,978contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
11ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
12D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
13tbx-8T07C4.2n/achrIII 10,348,548C. elegans TBX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
14C14F11.2C14F11.2n/achrX 6,211,298contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (6), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
15srh-308F58E10.6n/achrV 14,016,755C. elegans SRH-308 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16K10C2.2K10C2.2n/achrX 6,433,006contains similarity to Interpro domain IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
17C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
18ZK563.5ZK563.5n/achrX 3,378,206contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q17A46
19T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
20C14B1.5C14B1.5n/achrIII 3,708,022C14B1.5 encodes an ortholog of S. cerevisiae YIL103 and human DPH2L1/OVCA1 (OMIM:603527, deleted or downregulated in ovarian tumors); C14B1.5 is paralogous to S. cerevisiae DPH2/YKL191W, a protein component of diphtamide synthesis; C14B1.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
21C24A3.1C24A3.1n/achrX 9,003,584contains similarity to Aedes aegypti Condensin, SMC5-subunit, putative (Fragment).; TR:Q16IF0
22T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
23tag-143ZK856.9n/achrV 10,211,282C. elegans TAG-143 protein; contains similarity to Pfam domain PF04438 HIT zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR007529 (Zinc finger, HIT-type)
24rpb-12F23B2.13n/achrIV 9,146,652C. elegans RPB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03604 DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit contains similarity to Interpro domain IPR006591 (RNA polymerase Rbp10)
25F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
26hlh-19F57C12.3n/achrX 556,516C. elegans HLH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
27str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
29C27F2.5C27F2.5n/achrIII 4,961,124C27F2.5 encodes the C. elegans ortholog of the conserved vacuolar protein sorting protein EAP30/SNF8/VPS22; by homology, the product of C27F2.5 is predicted to be a component of an ESCRT-II complex (Endosomal Sorting Complex Required for Transport) that functions in endosomal transport.
30K09F5.4K09F5.4n/achrX 7,710,385
31F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
32T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
33C26B9.6C26B9.6n/achrX 5,334,221contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
34srh-270F37B4.5n/achrV 2,860,866C. elegans SRH-270 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35F22F7.6F22F7.6n/achrV 2,116,951contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
36nlp-13E03D2.1n/achrV 4,237,211nlp-13 encodes a predicted neuropeptide of the MSFamide family; expressed primarily in neurons or in the endocrine/secretory cells, and expression includes pharyngeal neurons that modulate pharyngeal pumping of food.
37C27D8.4C27D8.4n/achrIV 12,705,410contains similarity to Interpro domains IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
38C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
39R08F11.1R08F11.1n/achrV 3,781,014contains similarity to Pfam domain PF04685 Protein of unknown function, DUF608 contains similarity to Interpro domains IPR006775 (Protein of unknown function DUF608), IPR014551 (Beta-glucosidase, GBA2 type), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
40ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
41btb-13ZC204.11n/achrII 1,654,256C. elegans BTB-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
42Y116A8C.40Y116A8C.40n/achrIV 17,147,619contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43fbxa-113Y113G7B.6n/achrV 20,199,350This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
44cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
45nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
46T08D2.2T08D2.2n/achrX 167,955contains similarity to Pfam domains PF00953 (Glycosyl transferase family 4) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR000715 (Glycosyl transferase, family 4)
47R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
48nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)