UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F31A9.1F31A9.16e-65chrX 1,797,616
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3str-150T03E6.4n/achrV 16,584,195C. elegans STR-150 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4acr-12R01E6.4n/achrX 13,534,608acr-12 encodes a nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit that is a member of the ACR-8-like group of C. elegans nAChR subunits; as an nAChR subunit, ACR-12 is predicted to mediate fast excitatory neurotransmission, however loss of acr-12 activity via mutation or RNAi results in no obvious defects; ACR-12 copurifies with UNC-29 and LEV-1, suggesting that ACR-12 can form receptors with these two non-alpha AChR subunits; an ACR-12::GFP fusion protein is expressed exclusively in ventral cord motor neurons, including the D neurons; in vivo, ACR-12 colocalizes with some, but not all, UNC-38-containing postsynaptic receptor clusters, suggesting that ACR-12 contributes to only a subset of these receptor clusters.
5K12C11.3K12C11.3n/achrI 1,336,076contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
6T25E4.2T25E4.2n/achrII 5,581,240
7nas-39F38E9.2n/achrX 16,464,603C. elegans NAS-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF00431 (CUB domain) (4), PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR015446 (Bone morphogenetic protein 1/tolloid-like protein), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006210 (EGF), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding)
8mab-5C08C3.3n/achrIII 7,780,108mab-5 encodes a homeodomain transcription factor related to the Antennapedia, Ultrabithorax, and abdominal-A family of homeodomain proteins; during postembryonic development, mab-5 is required cell autonomously for specification of posterior cell fates, including hypodermal and neuronal fates, programmed cell deaths, cell proliferation and migration, and fate specification of the male-specific copulatory muscles and sensory rays; in addition, ectopic expression of mab-5 is sufficient to alter cell fates, such as direction of migration or sensory ray identity; in regions of the body where mab-5 expression overlaps with that of lin-39, another C. elegans HOM-C gene, the two genes appear to either compensate for one another's activity or act combinatorially to promote cell fates distinct from those where either gene is expressed alone; a mab-5:lacZ reporter fusion is expressed in cells in the posterior body region from the mid-gastrulation stage of embryogenesis through larval and adult stages; further, antibody staining reveals that MAB-5 expression in the V5 lineage is dynamic, switching on and off several times, while expression in V6 is continuous throughout most of the L1-L3 larval stages; early MAB-5 expression is V6 is dependent upon wild-type activity of pal-1, which encodes the C. elegans Caudal ortholog.
9srw-23F49A5.8n/achrV 16,874,669C. elegans SRW-23 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10ZK896.1ZK896.1n/achrIV 12,874,056contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
11snt-6C08G5.4n/achrII 747,906C. elegans SNT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
12C17A2.3C17A2.3n/achrII 3,844,552contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2975-PA;; FLYBASE:CG2975
13sre-43W07G1.6n/achrII 13,967,710C. elegans SRE-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
14C38C5.1C38C5.1n/achrX 5,560,137
15F54D12.8F54D12.8n/achrII 1,396,527contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR003609 (Apple-like)
16srbc-79B0250.6n/achrV 20,487,016C. elegans SRBC-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17math-32F59H6.4n/achrII 2,012,019C. elegans MATH-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
18srz-61K03D3.4n/achrIV 16,322,140C. elegans SRZ-61 protein ;
19srb-17F01D4.7n/achrIV 10,455,510C. elegans SRB-17 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF03125 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
20clec-45F07C4.2n/achrV 7,638,344C. elegans CLEC-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
21Y40H7A.2Y40H7A.2n/achrIV 15,156,851contains similarity to Pfam domain PF05050 Protein of unknown function (DUF672) contains similarity to Interpro domain IPR007744 (Protein of unknown function DUF672)
22F38B6.7F38B6.7n/achrX 6,697,033contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
23npr-9ZK455.3n/achrX 11,330,259C. elegans NPR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR001556 (Bombesin receptor), IPR009144 (Thyrotropin-releasing hormone receptor), IPR000586 (Somatostatin receptor), IPR000405 (Galanin receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25F49D11.2F49D11.2n/achrI 10,922,443contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
26aqp-6C32C4.2n/achrV 10,651,251apq-6 encodes an aquaporin whose expression in Xenopus oocytes increases water permeability five- to seven-fold; aqp-6 has no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its paralogs AQP-4 and AQP-5; AQP-6 is expressed in the cilia and cell bodies of IL1 sensory neurons; AQP-6 is orthologous to human AQP8 (OMIM:603750).
27C56G7.3C56G7.3n/achrIII 3,391,206contains similarity to Pfam domain PF04727 ELMO/CED-12 family contains similarity to Interpro domain IPR006816 (Engulfment and cell motility, ELM)
28T25B6.1T25B6.1n/achrX 9,040,675
29clec-3C41H7.7n/achrII 3,018,651C. elegans CLEC-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
30srb-5C27D6.6n/achrII 5,162,671C. elegans SRB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
31sri-47F22E5.4n/achrII 2,657,583C. elegans SRI-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32C18D11.1C18D11.1n/achrIII 11,818,072contains similarity to Sporobolus stapfianus Hypothetical protein.; TR:O04820
33inx-20T23H4.1n/achrI 9,877,813C. elegans INX-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
34F16G10.13F16G10.13n/achrII 2,395,441contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
35C54E4.4C54E4.4n/achrIV 2,163,172
36nhr-216T09D3.4n/achrV 5,356,451C. elegans NHR-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37T15B7.10T15B7.10n/achrV 6,811,130contains similarity to Ostreococcus tauri Predicted CDS, putative cytoplasmic protein family member, with ascoiled coil-4 domain, of ancient origin (ISS).; TR:Q010X5
38che-12B0024.8n/achrV 10,303,399che-12 encodes a conserved protein that contains at least seven predicted HEAT repeats; CHE-12 activity is required continuously in sensory neurons for formation of distal ciliary segments and thus, for normal sensory cilium morphology and function and chemotaxis to a subset of attractants, including sodium chloride; a che-12::gfp promoter fusion is expressed in the two phasmid neurons and the subset of amphid neurons that contain relatively simple cilia; a CHE-12::GFP protein localizes to cilia in a manner suggesting that it requires intraflagellar transport for proper localization, but is unlikely to be a core IFT particle component; che-12 expression in ciliated neurons is dependent upon the presence of the DAF-19 RFX transcription factor.
39C49C3.15C49C3.15n/achrIV 17,334,573contains similarity to Interpro domain IPR002101 (Myristoylated alanine-rich C-kinase substrate MARCKS)
40lgc-1T05B4.1n/achrV 4,136,911C. elegans LGC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
41clec-114C49A1.9n/achrI 14,233,796C. elegans CLEC-114 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
42ocr-2T09A12.3n/achrIV 8,216,912ocr-2 encodes a TRPV (transient receptor potential channel, vanilloid subfamily) ion channel; OCR-2 activity is required for several types of sensory transduction including olfaction, osmosensation, mechanosensation, and chemosensation; an OCR-2 fusion protein is expressed in sensory cilia and requires the OSM-9 TRPV channel protein for proper localization; likewise, OSM-9 requires OCR-2 for its cilial localization.
43F59H6.2F59H6.2n/achrII 2,021,048
44srh-275C03G6.7n/achrV 7,353,665C. elegans SRH-275 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F28F9.3F28F9.3n/achrIV 3,831,378
46F56C9.8F56C9.8n/achrIII 7,317,655
47C18D1.2C18D1.2n/achrII 10,057,912contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48F23C8.3F23C8.3n/achrI 2,440,875
49scd-2T10H9.2n/achrV 6,636,446C. elegans SCD-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR000998 (MAM), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
50F08F3.1F08F3.1n/achrV 5,447,387