UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F29C12.6F29C12.66e-50chrII 13,129,953contains similarity to Helicobacter pylori Cytotoxicity associated immunodominant antigen (120 kDa protein)s(CAG pathogenicity island protein 26).; SW:CAGA_HELPY
2sri-4C05E4.4n/achrV 749,407C. elegans SRI-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3H08J19.1H08J19.1n/achrX 15,643,559contains similarity to Homo sapiens formin-like 3 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000335655
4T10G3.4T10G3.4n/achrV 13,483,233contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5K10D2.4K10D2.4n/achrIII 5,173,569
6pop-1W10C8.2n/achrI 2,826,881pop-1 encodes an HMG box-containing protein that is the sole C. elegans member of the TCF/LEF family of transcription factors; in C. elegans, POP-1 functions as a component of the canonical and noncanonical Wnt signaling pathways that are required for cell migrations and binary cell fate decisions associated with asymmetric cell division, respectively; in yeast two-hybrid assays, the POP-1 N-terminal beta-catenin binding domain interacts with BAR-1/beta-catenin as well as with the more divergent beta-catenin, SYS-1; when coexpressed with SYS-1, POP-1 is able to activate transcription from a promoter with TCF binding sites; during development, maternally provided POP-1 is first detected in the nuclei of maturing oocytes and then in nearly all cells of the early embryo; in sister blastomeres in the early embryo, POP-1 is detected at lower levels in posterior blastomeres, such as E and P3, than in corresponding anterior blastomeres, MS and C; in later developmental stages, POP-1 is detected in a subset of tissues including hypodermal seam cells, gonadal precursors, and the developing vulva; in the vulva, POP-1 also exhibits an asymmetric staining pattern, with sister cells showing high or low levels of POP-1 depending upon their orientation along the anterior/posterior axis of the vulva.
7D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
8F59E12.8F59E12.8n/achrII 5,635,699contains similarity to Interpro domain IPR015683 (Glutamate receptor-related)
9C17F3.1C17F3.1n/achrI 6,669,389
10srd-29F07C4.3n/achrV 7,636,306C. elegans SRD-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11K09C4.6K09C4.6n/achrX 3,275,175
12rpb-12F23B2.13n/achrIV 9,146,652C. elegans RPB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03604 DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit contains similarity to Interpro domain IPR006591 (RNA polymerase Rbp10)
13D1005.6D1005.6n/achrX 1,463,763
14F59B2.13F59B2.13n/achrIII 9,025,413contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15K09F5.4K09F5.4n/achrX 7,710,385
16T05B4.13T05B4.13n/achrV 4,126,750contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
17srh-270F37B4.5n/achrV 2,860,866C. elegans SRH-270 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18srh-8K09D9.8n/achrV 4,006,527C. elegans SRH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR005394 (P2Y12 purinoceptor)
19nspc-14F42F12.7n/achrX 12,358,778C. elegans NSPC-14 protein ;
20hlh-8C02B8.4n/achrX 8,118,315The hlh-8 gene encodes a helix-loop-helix protein required for normal muscle development, and hence for normal defecation and egg-laying.
21F48C5.1F48C5.1n/achrX 11,445,448contains similarity to Pfam domain PF00047 Immunoglobulin domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013151 (Immunoglobulin)
22srh-206Y102A5C.15n/achrV 16,954,279C. elegans SRH-206 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23gpa-4T07A9.7n/achrIV 403,531gpa-4 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASI.
24mbr-1T01C1.2n/achrX 10,720,732C. elegans MBR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05225 helix-turn-helix, Psq domain contains similarity to Interpro domains IPR011526 (Helix-turn-helix, Psq-like), IPR007889 (Helix-turn-helix, Psq)
25str-37C50B6.12n/achrV 13,328,296C. elegans STR-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26Y41C4A.9Y41C4A.9n/achrIII 11,714,688contains similarity to Pfam domain PF06862 Protein of unknown function (DUF1253) contains similarity to Interpro domain IPR010678 (Protein of unknown function DUF1253)
27tbx-8T07C4.2n/achrIII 10,348,548C. elegans TBX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
28F26F2.3F26F2.3n/achrV 20,561,363contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Profilin synthetic lethal protein, has region of coiled-coil structure; subunit of the Exocyst complex--the Exocyst complex contains the gene products encoded by SEC3, SEC5, SEC6, SEC8, SEC10, SEC15 and EXO70 and is required for exocytosis; SGD:YER008C
29K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
30hap-1ZC395.7n/achrIII 5,264,428C. elegans HAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01725 Ham1 family contains similarity to Interpro domain IPR002637 (Ham1-like protein)
31R05D7.1R05D7.1n/achrI 12,162,955contains similarity to Kluyveromyces lodderae Truncated cytochrome oxidase subunit 2 (Fragment).; TR:Q7YG01
32C30H6.9C30H6.9n/achrIV 17,379,717contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81PV8
33F27D9.3F27D9.3n/achrX 7,651,282
34F54C1.1F54C1.1n/achrI 5,011,081contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
35R06A10.4R06A10.4n/achrI 1,092,733contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
36fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
37sel-2F10F2.1n/achrIII 4,604,205sel-2 encodes a PH, BEACH and WD40 domain-containing protein that is homologous to mammalian neurobeachin/BCL8B and LRBA (LPS-responsive, beige-like anchor protein); during development, SEL-2 functions to regulate endosomal traffic in polarized epithelial cells such as the vulval precursor cells (VPCs) and intestinal cells; specifically, in a subset of the VPCs, SEL-2 activity is required for proper levels and apical localization of LIN-12/Notch and for LET-23/EGFR downregulation; sel-2::yfp reporters are expressed in a number of cell types, including the VPCs and intestinal cells; a rescuing SEL-2::GFP reporter is expressed most strongly in the rectal epithelial cells and hypodermal seam cells where it localizes to the cytoplasm and the perinuclear region.
38C29F9.2C29F9.2n/achrIII 131,349contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of MAP7 domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000362241
39math-9C16C4.14n/achrII 1,890,347C. elegans MATH-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
40C31E10.1C31E10.1n/achrX 13,985,013contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000238 (Ribosome-binding factor A)
41cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
42C50F7.6C50F7.6n/achrIV 7,721,871contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of PDZ domain-containing RING finger protein 4; ENSEMBL:ENSP00000370169
43T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
44F29A7.5F29A7.5n/achrII 2,747,560
45T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
46srt-70B0238.6n/achrV 5,258,776C. elegans SRT-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
47nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48K02D7.5K02D7.5n/achrIV 309,359contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
49srv-9F53F1.8n/achrV 13,422,059C. elegans SRV-9 protein ;
50F19C6.5F19C6.5n/achrX 9,983,681contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Zinc transporter 8; HI:HIT000389038