UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F28D1.6F28D1.64e-88chrIV 12,384,958contains similarity to Neurospora crassa ATP-dependent RNA helicase dbp-8 (EC 3.6.1.-).; SW:Q7RYZ7
2F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
3elc-2W03H1.2n/achrX 1,777,746elc-2 encodes a protein containing a Skp1 dimerisation domain that has homology to human transcription elongation factor B (SIII), polypeptide I (15kD, elonginsC).
4R08F11.7R08F11.7n/achrV 3,791,935contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal)
5egrh-1C27C12.2n/achrX 14,847,486C27C12.2 is orthologous to the human gene BA436D10.3 (EARLY GROWTH RESPONSE 2 (KROX-20 (DROSOPHILA) HOMOLOG)) (EGR2; OMIM:129010), which when mutated leads to disease.
6F41E7.6F41E7.6n/achrX 10,308,733contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
7F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
8Y38H6C.17Y38H6C.17n/achrV 20,537,681Y38H6C.17 encodes a putative amino acid transporter that inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; Y38H6C.17 has 11 predicted transmembrane alpha-helices; Y38H6C.17 has multiple C. elegans paralogs and non-nematode orthologs, including budding yeast AVT3 and AVT4 and human SLC36A1 (OMIM:606561).
9T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
10T03G11.3T03G11.3n/achrX 5,175,968contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
11C17H1.8C17H1.8n/achrI 13,129,308contains similarity to Pyrococcus furiosus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:P58301
12F23B2.7F23B2.7n/achrIV 9,151,248contains similarity to Homo sapiens similar to Cylicin I (Multiple-band polypeptide I); ENSEMBL:ENSP00000331556
13F14B6.2F14B6.2n/achrI 12,220,319contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000352916
14dhs-16C10F3.2n/achrV 5,984,592dhs-16 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
15K01A12.3K01A12.3n/achrX 8,622,819contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
16srh-82W03F9.6n/achrV 146,062C. elegans SRH-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17shw-3R186.5n/achrV 12,974,845C. elegans SHW-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF02214 (K+ channel tetramerisation domain) , PF07885 (Ion channel) , PF00520 (Ion transport protein) contains similarity to Interpro domains IPR005821 (Ion transport), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003973 (Potassium channel, voltage dependent, Kv2), IPR003970 (Potassium channel, voltage dependent, Kv8), IPR003971 (Potassium channel, voltage dependent, Kv9), IPR003968 (Potassium channel, voltage dependent, Kv), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation), IPR003969 (Potassium channel, voltage dependent, Kv6), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003974 (Potassium channel, voltage dependent, Kv3)
18F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
19F55G1.1F55G1.1n/achrIV 7,492,779
20srz-70C09G12.6n/achrIV 3,478,198C. elegans SRZ-70 protein ;
21T08G5.9T08G5.9n/achrV 14,045,861contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
22lgc-55Y113G7A.5n/achrV 20,025,213C. elegans LGC-55 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
23C01F1.4C01F1.4n/achrII 4,277,663contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24C03D6.1C03D6.1n/achrI 9,669,662contains similarity to Canine parvovirus Coat protein VP1 [Contains: Coat protein VP2].; SW:COAT_PAVC7
25Y45F10B.12Y45F10B.12n/achrIV 13,587,824contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
26ZK938.6ZK938.6n/achrII 9,844,266contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
27nph-4R13H4.1n/achrV 11,837,428nph-4 encodes an ortholog of human NPHP4 (OMIM:607215, mutated in juvenile nephronophthisis and Senior-Loken syndrome-4) that is required for normal chemotaxis, lifespan, and male mating behavior; NPH-4 is expressed in diverse neurons (amphid and phasmid sensory, URX, labial, male lumbar and cloacal ganglia, and male-specific CEM, HOB and RnB); within neurons, NPH-4 is a ciliary protein, localized to the transistion zone at cilial bases rather than ciliary axonemes, and absent from somata, axons, or dendrites; NPH-4 colocalizes with NPH-1 and PKD-2 in male-specific sensory cilia, and is required for the normal ciliary localization of NPH-1; NPH-4 expression requires DAF-19, and mutating an X-box in nph-4's promoter abolishes nph-4 expression; NPH-4 is required for NPH-1's localization to transistion zones; morphologically, nph-4 mutant cilia are normal, indicating a function for NPH-4 in signal transduction.
28F59A3.10F59A3.10n/achrI 5,542,985
29T10H4.4T10H4.4n/achrV 15,271,231contains similarity to Interpro domain IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold)
30Y54E2A.10Y54E2A.10n/achrII 14,791,729contains similarity to Dictyostelium discoideum Protein-tyrosine phosphatase 3 (EC 3.1.3.48) (Protein-tyrosine-sphosphate phosphohydrolase 3).; SW:PTP3_DICDI
31R04E5.7R04E5.7n/achrX 8,797,318
32C29E6.4C29E6.4n/achrIV 11,881,077contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
33bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
34ZK856.6ZK856.6n/achrV 10,199,178contains similarity to Ralstonia solanacearum Composite TWO-component regulatory (Sensor kinase and responsesregulator hybrid) transcription regulator protein.; TR:Q8XWL8
35nhr-136C13C4.3n/achrV 12,108,116C. elegans NHR-136 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36str-87F59E11.16n/achrV 8,987,304C. elegans STR-87 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37tag-117C01B7.4n/achrV 8,794,107C. elegans TAG-117 protein; contains similarity to Pfam domains PF00018 (SH3 domain) , PF00625 (Guanylate kinase) , PF07653 (Variant SH3 domain) , PF00595 (PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)) contains similarity to Interpro domains IPR011511 (Variant SH3), IPR008144 (Guanylate kinase), IPR008145 (Guanylate kinase/L-type calcium channel region), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR001452 (Src homology-3)
38C01G10.9C01G10.9n/achrV 15,083,391contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domains IPR000649 (Initiation factor 2B related), IPR011559 (Initiation factor 2B alpha/beta/delta)
39sru-40R07B5.3n/achrV 9,833,347C. elegans SRU-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
40C36C5.15C36C5.15n/achrV 3,168,358contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
41nhr-220T19H12.8n/achrV 4,883,423C. elegans NHR-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42T15B7.8T15B7.8n/achrV 6,822,465contains similarity to Ostreococcus tauri Predicted CDS, putative cytoplasmic protein family member, with ascoiled coil-4 domain, of ancient origin (ISS).; TR:Q010X5
43C05C10.1C05C10.1n/achrII 9,918,735contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
44cgt-2F20B4.6n/achrX 17,698,401C. elegans CGT-2 protein ; contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA19592-PA (Fragment).; TR:Q28XN6
45F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
46T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
47ZK287.4ZK287.4n/achrV 9,682,882contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
48F52B11.5F52B11.5n/achrIV 14,102,592contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2159.; TR:Q8XIG1
49C39F7.1C39F7.1n/achrV 1,261,350
50ckr-1T23B3.4n/achrI 6,688,888T23B3.4 encodes a seven transmembrane receptor that is most closely related to the mammalian cholecystokinin receptors; loss of T23B3.4 activity via RNAi, either singly or in combination with another cholecystokinin receptor-encoding gene, Y39A3B.5, has no effect on fat metabolism, however large-scale RNAi screens have reported that T23B3.4(RNAi) results in embryonic lethality and reduced brood sizes; a T23B3.4::GFP reporter is expressed in a subset of nerve ring neurons.