UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F27C8.5F27C8.50chrIV 9,591,134contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
2srh-217Y113G7B.2n/achrV 20,189,742C. elegans SRH-217 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4T05A7.3T05A7.3n/achrII 4,676,002contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
5stdh-1C06B3.4n/achrV 13,907,215stdh-1 encodes a putative steroid dehydrogenase required for normally short lifespan; STDH-1 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-2/-4; STDH-1 is expressed in larval intestine, and in both larval and adult body wall muscle and neurons.
6F59H6.2F59H6.2n/achrII 2,021,048
7nhr-169C54C8.1n/achrI 12,443,002C. elegans NHR-169 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8srh-125C18B10.8n/achrV 7,476,227C. elegans SRH-125 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9T11F1.2T11F1.2n/achrII 2,957,123contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
10tbx-41T26C11.1n/achrX 1,865,937C. elegans TBX-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
11Y113G7A.12Y113G7A.12n/achrV 20,140,914
12Y51A2B.5Y51A2B.5n/achrV 18,390,243contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
13srd-71C13B7.4n/achrV 2,424,746C. elegans SRD-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001614 (Myelin proteolipid protein PLP), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
14Y49A3A.4Y49A3A.4n/achrV 14,357,603contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
15K08D10.9K08D10.9n/achrIV 4,159,983
16ndx-2W02G9.1n/achrV 2,664,041ndx-2 encodes a NUDIX hydrolase; by sequence comparison, NDX-2 is predicted to be orthologous to human NUDT5 which, in vitro, possesses ADP-sugar diphosphatase activity; in C. elegans, loss of ndx-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, consistent with the proposed nonessential roles for Nudix proteins in eliminating potentially toxic nucleotide metabolites from cells and modulating levels of metabolic intermediates by shuttling them into alternative biochemical pathways.
17col-132C39E9.9n/achrIV 13,090,324C. elegans COL-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18C40D2.4C40D2.4n/achrII 2,000,282contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
19F47G6.2F47G6.2n/achrI 1,475,611contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
20agr-1F41G3.12n/achrII 6,767,868agr-1 encodes a large (1396-residue) putative agrin, orthologous to human AGRIN (OMIM:103320), EGFLAM, and Q9NQ15; AGR-1 is expressed in buccal epithelium and deposited in pharyngeal basal epithelium; AGR-1 is also expressed in IL1 neurons, distal tip cells, and intestine; an AGR-1 fragment can cluster vertebrate dystroglycan in cell culture; agr-1(eg1770) mutations show no obvious phenotype, including levimasole resistance, and do not enhance other mutations perturbing acetylcholine signalling, the dystrophin-glycoprotein-complex, muscle cell differentiation, or the extracellular matrix.
21srz-1F14F8.3n/achrV 16,676,674srz-1 encodes a predicted seven-pass G protein-coupled receptor; as loss of srz-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of SRZ-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
22F14H12.2F14H12.2n/achrX 4,351,596
23srh-142T08G3.3n/achrV 16,460,149C. elegans SRH-142 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24T11A5.1T11A5.1n/achrV 9,859,109contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase)
25srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26sru-27C38C3.2n/achrV 1,500,054C. elegans SRU-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
27F37C4.1F37C4.1n/achrIV 3,890,907contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
28fbxa-155C05B5.6n/achrIII 10,008,970C. elegans FBXA-155 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
29F18A12.6F18A12.6n/achrII 3,401,335F18A12.6 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.6 has no clear orthologs in other organisms.
30F47B7.1F47B7.1n/achrX 3,788,259contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
31F14H8.5F14H8.5n/achrV 15,021,516contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical membrane spanning protein.; TR:Q812W2
32T01A4.2T01A4.2n/achrI 4,482,832contains similarity to Pfam domain PF01094 Receptor family ligand binding region contains similarity to Interpro domain IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor)
33T03D8.7T03D8.7n/achrV 20,811,735contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000381489; ENSEMBL:ENSP00000335483
34nhr-194F59E11.8n/achrV 8,969,321C. elegans NHR-194 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35C45G9.8C45G9.8n/achrIII 5,052,953
36try-6F48A9.3n/achrI 6,586,594C. elegans TRY-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF00089 (Trypsin) , PF03761 (Domain of unknown function (DUF316)) contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
37R07H5.10R07H5.10n/achrIV 11,214,469contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
38grd-8C37C3.4n/achrV 7,843,402grd-8 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-8 is expressed in larval intestine and neurons; the grd-8 gene is directly bound by DAF-12 and requires DAF-12 for full transcription; GRD-8's Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-8 is weakly required for normal molting; GRD-8 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, locomotion, and male tail development; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
39F15D3.8F15D3.8n/achrI 11,580,950contains similarity to Methanocaldococcus jannaschii Chromosome partition protein smc homolog.; SW:Q59037
40W03D8.3W03D8.3n/achrI 2,821,478contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
41srd-58E04F6.13n/achrII 7,204,421C. elegans SRD-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42F08G12.5F08G12.5n/achrX 11,309,490contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
43R10D12.8R10D12.8n/achrV 13,951,956contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44C04B4.5C04B4.5n/achrX 12,287,929contains similarity to Plasmodium falciparum Ring-infected erythrocyte surface antigen precursor.; TR:Q8I0U6
45R12H7.4R12H7.4n/achrX 13,217,956contains similarity to Homo sapiens similar to zinc-finger helicase; ENSEMBL:ENSP00000304137
46srd-8B0547.4n/achrIV 5,644,418C. elegans SRD-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47clec-156F26A1.11n/achrIII 4,842,010C. elegans CLEC-156 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
48srt-72C36C5.9n/achrV 3,148,851C. elegans SRT-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
49C34G6.3C34G6.3n/achrI 5,897,020contains similarity to Interpro domain IPR005819 (Histone H5)
50fbxa-30ZC47.4n/achrIII 1,275,041This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.