UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1dpy-5F27C1.84e-102chrI 5,432,627dpy-5 encodes a Group I cuticle procollagen; dpy-5 activity is required for wild-type body length, cuticle structure (width of the annuli), postembryonic growth rates, and reproduction; dpy-5 is described as an intermediate collagen gene, as its mRNA, which is present in all larval stages, adults, and dauer larvae, increases in abudance two hours prior to the secretion of each new cuticle; a dpy-5::gfp fusion gene is expressed in hypodermal cells from mid-to-late L1 larval stages to adulthood, with notably variable expression in the V lineage-derived seam cells; dpy-5 mutations suppress mutations in bli-4, which encodes a proprotein convertase that may process DPY-5 for normal cuticle production; in addition, dpy-5 is required for normal expression patterns of the COL-19, DPY-7, and DPY-13 cuticle collagens.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3dpy-4Y41E3.20.00000009chrIV 14,986,123dpy-4 encodes a cuticle collagen; dpy-4 activity is required for normal body morphology, locomotion, and larval development.
4col-90C29E4.14e-17chrIII 7,949,381C. elegans COL-90 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR004829 (Cell surface antigen), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
6rol-6T01B7.70.00000005chrII 8,733,614The rol-6 gene encodes a cuticle collagen related to human collagen alpha 1 (III) chain precursor (OMIM:120180), and is required for normal cuticular morphology; ROL-6 interacts with SQT-1, a closely related cuticle collagen, and is expressed at all stages from L2 to adult with transcripts detected at each of the molts preceding these stages.
7lon-3ZK836.10.000001chrV 12,198,007lon-3 encodes a cuticle collagen; during development, lon-3 acts downstream of the TGF-beta signaling pathway to specify body length; lon-3 reporter fusions are expressed in hypodermal cells and LON-3 appears to localize to the surface of the animal, consistent with a role in cuticle formation.
8dpy-13F30B5.10.0000002chrIV 4,236,154dpy-13 encodes a member of the collagen superfamily containing 20 copies of the collagen triple helix repeat; transcipt levels oscillate, peaking once during each larval stage.
9ZK1025.8ZK1025.8n/achrI 11,470,513contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
10dpy-8C31H2.20.00000007chrX 5,149,633dpy-8 encodes a collagen with a nematode-specific N-terminal domain that is required for normal body morphology and (perhaps) for a normal embryonic cell division rate; dpy-8 interacts genetically with emb-5 and glp-1.
11ZK1025.2ZK1025.2n/achrI 11,450,904contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
12F15E11.1F15E11.1n/achrV 2,329,667F15E11.1, along with F15E11.14, encodes a 17.4 kDa protein (CE16999) with unknown function that is seven-fold more abundant in glp-1 mutant hermaphrodites (which lack a germline) than in normal hermaphrodites; F15E11.1(RNAi) animals have no obvious mutant phenotype (i.e., they have no obvious defect in fertility or germline maintenance); the F15E11.1/14 protein belongs to a nematode-specific family including the paralogs F15E11.12, F15E11.13, F15E11.15, and Y19D10B.7.
13T17H7.1T17H7.1n/achrIII 741,822contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
14F15E11.12F15E11.12n/achrV 2,326,970
15fkb-3C05C8.3n/achrV 7,225,808fkb-3 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-3 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-3 could play a role in metabolism and longevity; however, as loss of FKB-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-3 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
16fbxa-72F31F4.15n/achrV 675,834C. elegans FBXA-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
17col-156F57B7.30.000000000000003chrV 11,449,767C. elegans COL-156 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18col-180C44C10.10.0000003chrX 11,711,753C. elegans COL-180 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
19C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
20clec-180F32E10.3n/achrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
21C18H9.6C18H9.6n/achrII 6,701,053
22H03E18.1H03E18.1n/achrX 8,510,941contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
23col-176ZC373.70.00000000004chrX 10,078,040C. elegans COL-176 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
24sqt-3F23H12.40.000003chrV 12,353,631sqt-3 encodes a cuticle collagen; during development, sqt-3 activity is essential for viability and normal body morphology; genetic and expression studies indicate that SQT-3 is a cuticle component at all stages of development and that SQT-3 likely forms higher order cuticular structures with the DPY-17 cuticular collagen, both of which are candidate substrates for the DPY-31 procollagen C-proteinase.
25bli-2F59E12.120.0000001chrII 5,651,887A cuticle collagen involved in strut assembly in the adult cuticle.
26col-173F41C6.50.0000008chrX 6,876,334C. elegans COL-173 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
27col-161C50B6.49e-16chrV 13,317,524C. elegans COL-161 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
28F09B12.3F09B12.3n/achrX 15,096,564contains similarity to Pfam domain PF04916 Phospholipase B contains similarity to Interpro domain IPR007000 (Laminin A)
29F01D5.5F01D5.5n/achrII 14,001,897contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30sqt-2C01B12.10.00000005chrII 23,878sqt-2 encodes a collagen required for normal alae formation and body morphology; sqt-2 mutants exhibit a slightly dumpy phenotype and the bodies of mutants are helically twisted.
31bli-1C09G5.60.00000004chrII 10,710,464The bli-1 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for proper strut formation within the unique medial layer of the adult cuticle; bli-1 interacts genetically with other cuticular collagens such as bli-2 and rol-1, and may be processed for secretion by BLI-4, a Kex2/subtilisin serine endoproteinase; consistent with its role in adult cuticle formation, bli-1 mRNA is highly expressed only during the L4 larval stage.
32ZK180.6ZK180.6n/achrIV 4,522,552contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
33col-157T11F9.90.000003chrV 11,484,503C. elegans COL-157 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
34R11A5.7R11A5.7n/achrI 7,873,884contains similarity to Pfam domains PF00246 (Zinc carboxypeptidase) , PF01549 (ShK domain-like) , PF02244 (Carboxypeptidase activation peptide) contains similarity to Interpro domains IPR003146 (Proteinase inhibitor, carboxypeptidase propeptide), IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
35nhr-244ZK1025.6n/achrI 11,455,105C. elegans NHR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36clec-49W04E12.6n/achrV 19,745,488C. elegans CLEC-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
37D1054.5D1054.5n/achrV 10,774,690contains similarity to Pfam domain PF00571 (CBS domain)
38tba-4F44F4.11n/achrII 10,919,367tba-4 encodes a member of the alpha tubulin family that also includes tba-1, tba-2, and tba-3, and affects embryonic viability.
39noah-2F52B11.3n/achrIV 14,093,906noah-2 encodes a PAN and ZP domain-containing protein that is related to the Drosophila extracellular matrix component NompA (no-mechanoreceptor-potential A); loss of noah-2 function via RNAi indicates that NOAH-2 activity is essential for molting; in addition, NOAH-2 appears to be required for embryonic and larval development, reproduction, coordinated locomotion, and the overall health of the animal.
40ZK662.2ZK662.2n/achrX 15,697,316contains similarity to Homo sapiens Metallothionein-IL; ENSEMBL:ENSP00000290704
41dpy-3EGAP7.10.00000004chrX 2,145,125dpy-3 encodes a cuticular collagen; along with dpy-2, dpy-7, dpy-8, and dpy-10, dpy-3 is required postembryonically for annular furrow formation and/or maintenance; specifically, DPY-3 activity is required for proper assembly of the DPY-7 collagen into the mature extracellular matrix; during each cuticle synthetic period, dpy-3 mRNA is expressed approximately four hours prior to the secretion of new cuticle.
42ptr-18Y38F1A.3n/achrII 12,972,260ptr-18 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-18 is strongly required for normal molting from L3 to adult stage (a role conserved in C. briggsae); PTR-18 is also required for male tail development and vulval morphogenesis, and (partly) for endocytosis of yolk by oocytes.
43nas-4C05D11.6n/achrIII 6,413,237nas-4 encodes a predicted extracellular matrix metalloprotease of the M12A (astacin) family that contains an N-terminal signal sequence and a catalytic domain, but no recognizable regulatory domains in the C-terminus; as loss of nas-4 activity via RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of NAS-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; however, an NAS-4 translational reporter is expressed in the pharynx and intestine in larvae and adults, suggesting a role for NAS-4 in digestion; NAS-4 is specifically detected within cells of the pharyngeal procorpus, metacorpus, isthmus, and terminal bulb, with extracellular expression detected in the lumen of the terminal bulb and in the gut.
44dct-16Y38H6C.1n/achrV 20,493,883C. elegans DCT-16 protein ;
45col-182R09A8.40.000003chrX 12,636,305C. elegans COL-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
46asp-3H22K11.1n/achrX 6,791,899asp-3 encodes an aspartyl protease homolog that is required, in parallel with ASP-4 but downstream of CLP-1 and TRA-3, for degenerative (necrotic-like) cell death in neurons induced by mutations such as mec-4(d), deg-3(d), or gsa-1(gf).
47D1014.5D1014.5n/achrV 8,125,176contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
48col-91F09G8.60.0000000001chrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
49F54E2.1F54E2.1n/achrV 2,811,213contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
50dpy-18Y47D3B.10n/achrIII 11,375,393An alpha subunit of prolyl-4-hydroxylase which is a procollagen modifying enzyme required for exoskeleton formation, morphogenesis and maintenance of body shape; it is expressed throughout the hypodermis and certain head and posterior neurons.