UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F26H9.4F26H9.48e-114chrI 9,306,326contains similarity to Pfam domain PF01467 Cytidylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR005248 (Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR004820 (Cytidylyltransferase)
2F52C6.4F52C6.4n/achrII 1,923,563contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
3F48E8.2F48E8.2n/achrIII 5,466,142contains similarity to Mus musculus E2F-associated phosphoprotein (EAPP).; SW:Q5BU09
4B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
5T05H10.1T05H10.1n/achrII 8,044,949contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011051 (Cupin, RmlC-type)
6F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
7sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
8Y57G7A.8Y57G7A.8n/achrII 1,291,464
9tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
10F14H12.7F14H12.7n/achrX 4,362,080
11K02A2.1K02A2.1n/achrII 7,435,459contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
12F20C5.3F20C5.3n/achrIV 8,754,081contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
13D1086.4D1086.4n/achrV 14,091,601contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
14F36H12.2F36H12.2n/achrIV 5,275,375
15rab-39D2013.1n/achrII 9,322,411rab-39 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the human and Drosophila Rab39 GTPases; by homology, RAB-39 is predicted to function as a membrane-associated GTPase required for intracellular vesicular trafficking and for regulation of endo- and exocytosis; however, as loss of rab-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of RAB-39 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
16srx-10R10D12.4n/achrV 13,945,845C. elegans SRX-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08560 Protein of unknown function (DUF1757) contains similarity to Interpro domain IPR013869 (Protein of unknown function DUF1757)
17F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
18C56C10.9C56C10.9n/achrII 6,591,647contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
19srh-36T03D3.4n/achrV 2,820,623C. elegans SRH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20srh-70T21B4.9n/achrII 12,517,220C. elegans SRH-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
22Y52B11A.8Y52B11A.8n/achrI 11,033,190contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
23F52C6.3F52C6.3n/achrII 1,925,233contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
24F27B3.5F27B3.5n/achrIII 6,560,937contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
25F53F10.3F53F10.3n/achrI 3,827,677contains similarity to Pfam domain PF03650 Uncharacterised protein family (UPF0041) contains similarity to Interpro domain IPR005336 (Protein of unknown function UPF0041)
26nex-3C28A5.3n/achrIII 4,443,071nex-3 encodes an annexin, a member of a family of calcium-dependent phospholipid binding proteins; by homology, NEX-3 could function in a number of processes, such as membrane fusion, cytoskeletal interactions, and intracellular signaling; however, as loss of nex-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of NEX-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
27C54F6.12C54F6.12n/achrV 7,537,395
28ulp-5K02F2.4n/achrI 6,813,375C. elegans ULP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
29C24H10.4C24H10.4n/achrX 5,058,527
30K05C4.4K05C4.4n/achrI 14,736,077contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1185; ENSEMBL:ENSP00000253061
31M05D6.2M05D6.2n/achrII 8,469,058contains similarity to Pfam domain PF05794 T-complex protein 11 contains similarity to Interpro domain IPR008862 (T-complex 11)
32B0361.7B0361.7n/achrIII 7,284,829contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
33C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
34C36F7.2C36F7.2n/achrI 9,551,413contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
35K11H12.6K11H12.6n/achrIV 667,977
36H05L14.2H05L14.2n/achrI 7,987,359contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
37B0563.5B0563.5n/achrX 9,146,762
38F42A6.5F42A6.5n/achrIV 3,331,304contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
39F37B12.3F37B12.3n/achrII 9,040,539contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40T01C8.3T01C8.3n/achrX 16,781,536
41dnj-22T23B12.7n/achrV 8,461,579This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain that is predicted to be mitochondrial.
42hop-1C18E3.8n/achrI 4,209,468hop-1 encodes one of three C. elegans presenilins (the other two presenilins are encoded by sel-12 and spe-4); originally identified on the basis of its sequence similarity to SEL-12 and the human PS1 and PS2 presenilins, HOP-1 has been shown to function redundantly with SEL-12 in embryonic, larval, and germline development and thus, to likely function by regulating LIN-12/GLP-1 signaling; in addition, hop-1 can functionally substitute for sel-12 by rescuing the egg-laying and vulval development defects of sel-12 mutants; hop-1 transcription appears to be regulated, at least in part, by the C. elegans spr genes, some of which encode orthologs of the mammalian CoREST repressor complex.
43ccdc-55C16C10.6n/achrIII 4,167,827C. elegans CCDC-55 protein ; contains similarity to Mus musculus Coiled-coil domain-containing protein 55.; SW:Q5NCR9
44ZK742.2ZK742.2n/achrV 7,802,661contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Uncharacterized protein KIAA1530; ENSEMBL:ENSP00000374501
45Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
46F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
47F22D3.5F22D3.5n/achrII 6,938,664
48Y49E10.21Y49E10.21n/achrIII 12,458,332contains similarity to Nanoarchaeum equitans DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:P62135
49D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
50Y37D8A.21Y37D8A.21n/achrIII 12,929,839contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)