UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1kbp-3F26H11.15.0000000000000005e-73chrII 14,389,558C. elegans KBP-3 protein ; contains similarity to Homo sapiens similar to Kinesin heavy chain isoform 5C; ENSEMBL:ENSP00000334176
2F37C12.2F37C12.2n/achrIII 7,182,949contains similarity to Pfam domain PF07264 Etoposide-induced protein 2.4 (EI24) contains similarity to Interpro domain IPR009890 (Etoposide-induced 2.4)
3pch-2F10B5.5n/achrII 8,159,065pch-2 encodes a putative AAA+-type ATPase orthologous to budding yeast PCH2 and human TRIP13 (OMIM:604507); PCH-2 is required for the apoptosis of pachytene cells induced by unsynapsed chromosomal pairing centers, but is dispensable for meiotic apoptosis induced by DNA damage; PCH-2-mediated apoptosis is inhibited by SYP-1 and SYP-2, while it requires HIM-8 (and probably HIM-8's paralogs, ZIM-1/-3 and C02F5.12); however, PCH-2-mediated apoptosis does not require SPO-11; pch-2 transcripts are enriched during oogenesis; the excess germline apoptosis of syp-1(me17) mutants is partially suppressed by pch-2(tm1458), and fully suppressed by pch-2(tm1458);spo-11(ok79).
4mig-32F11A10.3n/achrIV 12,090,700C. elegans MIG-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
5gei-6C05C8.4n/achrV 7,228,595C. elegans GEI-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
6ani-2K10B2.5n/achrII 6,363,196ani-2 encodes one of three C. elegans anillins; ANI-2 activity is required in the syncytial gonad for proper gonad structure and oocyte formation; specifically, ANI-2 appears to be required for maintaining the structure of the rachis, the syncytial compartment of germline cytoplasm that connects developing ooctyes; in the adult gonad, ANI-2 localizes to the surface of the rachis.
7K02E7.3K02E7.3n/achrII 1,077,813contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
8pqn-45F56F3.1n/achrIII 4,473,243The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
9nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10ZC404.11ZC404.11n/achrV 6,803,107contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
12ZC168.3ZC168.3n/achrIV 10,733,704contains similarity to Homo sapiens Origin recognition complex subunit 5; ENSEMBL:ENSP00000297431
13nex-3C28A5.3n/achrIII 4,443,071nex-3 encodes an annexin, a member of a family of calcium-dependent phospholipid binding proteins; by homology, NEX-3 could function in a number of processes, such as membrane fusion, cytoskeletal interactions, and intracellular signaling; however, as loss of nex-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of NEX-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
14C49C3.6C49C3.6n/achrIV 17,331,938contains similarity to Saccharomyces cerevisiae a homologue of BUL1; SGD:YML111W
15F41E6.7F41E6.7n/achrV 8,598,409
16mxl-2F40G9.11n/achrIII 187,571C. elegans MXL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
17F43D2.1F43D2.1n/achrV 14,613,051contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
18C28A5.2C28A5.2n/achrIII 4,437,117contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase)
19C17H12.2C17H12.2n/achrIV 6,788,223contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7289-PA;; FLYBASE:CG7289
20flp-22F39H2.1n/achrI 8,659,426C. elegans FLP-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01581 FMRFamide related peptide family contains similarity to Interpro domain IPR001651 (Gastrin/cholecystokinin peptide hormone)
21clec-255F11D11.1n/achrV 18,770,210C. elegans CLEC-255 protein; contains similarity to Interpro domains IPR013278 (Apoptosis regulator, Bcl-2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
22fbxa-192F57G4.8n/achrV 17,645,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
23C46A5.5C46A5.5n/achrIV 7,758,797
24cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
25F49C5.5F49C5.5n/achrII 12,546,186
26Y66A7A.3Y66A7A.3n/achrIII 11,480,163contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
27D1081.6D1081.6n/achrI 8,485,193contains similarity to Mycoplasma pulmonis Hypothetical protein MYPU_0200.; TR:Q98RI9
28F56D2.2F56D2.2n/achrIII 5,588,134contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF01485 (IBR domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
29F14B8.2F14B8.2n/achrX 6,904,852
30F40G9.7F40G9.7n/achrIII 165,986
31T20D3.8T20D3.8n/achrIV 9,342,540contains similarity to Pfam domain PF06432 Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009450 (Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase)
32C17H11.4C17H11.4n/achrX 8,181,277contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is ari-1-PC;; FLYBASE:CG5659
33T05H10.1T05H10.1n/achrII 8,044,949contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011051 (Cupin, RmlC-type)
34his-74W05B10.1n/achrV 12,659,997C. elegans HIS-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF00125 Core histone H2A/H2B/H3/H4 contains similarity to Interpro domains IPR000164 (Histone H3), IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core)
35tag-296F49D11.9n/achrI 10,934,755C. elegans TAG-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF08718 Glycolipid transfer protein (GLTP) contains similarity to Interpro domain IPR014830 (Glycolipid transfer protein, GLTP)
36M151.4M151.4n/achrII 3,625,534contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
37hcp-3F58A4.3n/achrIII 9,615,787The hcp-3 gene encodes a centromere protein (CENP)-A homolog required for kinetochore function; inactivation of hcp-3 in one-cell embryos by RNAi causes a complete loss of kinetochores, with total failure of chromosomes to segregate properly during mitosis, to recruit components to the kinetochore other than HCP-3, or to assemble a stable mitotic spindle; in addition, HCP-4 fails to localize properly to the kinetochore in hcp-3(RNAi) embryos.
38VF39H2L.1VF39H2L.1n/achrI 8,645,323contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
39Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W
40fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
41taf-6.1W09B6.2n/achrII 1,130,167C. elegans TAF-6.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07571 (Protein of unknown function (DUF1546)) , PF02969 (TATA box binding protein associated factor (TAF)) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR004823 (TATA box binding protein associated factor (TAF)), IPR011442 (Protein of unknown function DUF1546)
42mom-5T23D8.1n/achrI 9,967,489mom-5 encodes one of four C. elegans members of the Frizzled (Fz) family of seven transmembrane receptors; during development, MOM-5 activity is required for asymmetric cell division in the early embryo as well as for asymmetric cell division during neuronal development; MOM-5::GFP is enriched at the posterior pole of cells prior to division and during later stages of embryogenesis, is found at the leading edges of epidermal cells during ventral enclosure; in neuroblasts, MOM-5 is required for proper subcellular distribution of DSH-2 to the cortex.
43T05B4.8T05B4.8n/achrV 4,115,949contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
44F56A8.4F56A8.4n/achrIII 13,264,008contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
45his-58F54E12.4n/achrIV 11,339,852his-58 encodes an H2B histone.
46F14H3.4F14H3.4n/achrV 16,054,667contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
47ced-12Y106G6E.5n/achrI 10,224,961ced-12 is required both for phagocytotic engulfment of dying (apoptotic) cells, and for normal migrations of healthy cells during development.
48C52B11.4C52B11.4n/achrX 1,285,532
49xbx-5T24A11.2n/achrIII 3,803,450C. elegans XBX-5 protein ;
50C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays