UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rom-1F26F4.30chrIII 4,907,987C. elegans ROM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domains IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid), IPR017213 (Peptidase S54, rhomboid, metazoan)
2pqn-59R119.4n/achrI 377,739The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
5F30A10.6F30A10.6n/achrI 9,490,547contains similarity to Pfam domain PF02383 SacI homology domain contains similarity to Interpro domain IPR002013 (Synaptojanin, N-terminal)
6dpy-19F22B7.10n/achrIII 8,663,628The dpy-19 gene encodes a novel transmembrane protein whose human homolog is expressed in brain, and that is required for correct polarization and migration of the neuroblasts QL and QR.
7lnp-1C05E11.1n/achrX 4,589,579lnp-1 encodes a highly conserved protein of unknown function, orthologous to human LUNAPARK/KIAA1715 (OMIM:610236), that is required for normally short body length, normal locomotion, fat content, acetylcholine neurotransmission, localization of RAB-3 and SNB-1, and sensitivity to aldicarb; LNP-1 is expressed in muscles, hypodermal cells, and neurons; within neurons, LNP-1 is localized to cell bodies, neuritic processes and commissures, and requiring UNC-104 for localization outside of cell bodies; LNP-1 is likely to act presynaptically; LNP-1 contains two N-terminal predicted transmembrane sequences, and an atypical zinc finger domain (C2HC2).
8nmr-2T01C3.10n/achrV 15,009,000C. elegans NMR-2 protein ;
9W03B1.2W03B1.2n/achrIV 4,329,360contains similarity to Interpro domains IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide), IPR000769 (Regulatory protein Rop)
10AH9.3AH9.3n/achrX 2,259,841contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
11ckb-4F22F7.5n/achrV 2,107,900ckb-4 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
12bcc-1M7.3n/achrIV 11,089,293bcc-1 encodes a homolog of Drosophila and vertebrate Bicaudal C (BICC) that contains KH RNA-binding domains, a serine-rich region, and a SAM (sterile alpha motif) domain; by homology, BCC-1 is predicted to function as a cytoplasmic RNA-binding protein that is required for translational regulation and/or mRNA stability during embryonic or germline development; however, as loss of bcc-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of BCC-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
13srh-68T21B4.5n/achrII 12,507,810C. elegans SRH-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002379 (ATPase, F0/V0 complex, subunit C)
14ctg-1H06O01.3n/achrI 7,007,341C. elegans CTG-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
15acr-8ZC504.2n/achrX 10,414,628acr-8 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR); ACR-8 falls into the 'ACR-8' class of nAChR subunits, which includes ACR-12 and ACR-13.
16F49F1.7F49F1.7n/achrIV 4,124,635contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
17aps-1F29G9.3n/achrV 6,018,404aps-1 encodes an adaptin: specifically, it encodes an ortholog of the sigma1 subunit of adaptor protein complex 1 (AP-1).
18set-16T12D8.1n/achrIII 13,650,157C. elegans SET-16 protein ;
19mtm-5H28G03.6n/achrX 5,239,010C. elegans MTM-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF06602 (Myotubularin-related) , PF02893 (GRAM domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR010569 (Myotubularin-related), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR005113 (uDENN), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR001194 (DENN), IPR004182 (GRAM)
20F01G10.9F01G10.9n/achrIV 10,257,677contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
21C35A5.5C35A5.5n/achrV 10,506,811contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
22Y54E5A.6Y54E5A.6n/achrI 14,709,596contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000632 (Yeast Mrs6p protein), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
23M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
24D1081.3D1081.3n/achrI 8,466,325contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
25F23F12.8F23F12.8n/achrIII 6,485,986F23F12.8 encodes a large (980-residue) protein, predicted to be secreted, with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a low-complexity region; F23F12.8 is synthesized in larval and adult pharynx, a known site of chitin deposition; like CEJ-1 and CPG-2 in embryos, F23F12.8 might participate in chitin synthesis, and its peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
26K08D10.5K08D10.5n/achrIV 4,168,957contains similarity to Rhodopirellula baltica DNA-binding protein SMUBP-2.; TR:Q7UWP1
27C54E10.1C54E10.1n/achrV 18,816,778contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
28nfyc-1F23F1.1n/achrII 44,432C. elegans NFYC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
29C34F6.5C34F6.5n/achrX 11,208,547contains similarity to Homo sapiens Histone acetyltransferase MORF beta; ENSEMBL:ENSP00000287239
30ceh-2C27A12.5n/achrI 6,048,670ceh-2 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila empty spiracles (EMS) and the vertebrate EMX1 and EMX2 proteins (OMIM:600034, 600035); although the exact biological role of CEH-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, expression in pharyngeal neurons and muscle, as well as vulval cells (vulB1, vulB2, and vulC) at late stages of development suggests that CEH-2 may play a role in terminal differentiation events in diverse cell types.
31T24B8.2T24B8.2n/achrII 9,055,661contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
32C50D2.8C50D2.8n/achrII 97,034contains similarity to Pfam domain PF03194 LUC7 N_terminus contains similarity to Interpro domain IPR004882 (LUC7 related)
33wts-1T20F10.1n/achrI 10,294,898C. elegans WTS-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00433 (Protein kinase C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000961 (Protein kinase, C-terminal)
34C43E11.11C43E11.11n/achrI 4,251,319contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Conserved oligomeric Golgi complex component 5; ENSEMBL:ENSP00000334703
35ZK1098.4ZK1098.4n/achrIII 9,543,651contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domain IPR000649 (Initiation factor 2B related)
36srbc-75M01B2.3n/achrV 15,254,293C. elegans SRBC-75 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
37F53B1.2F53B1.2n/achrX 2,110,346contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2)
38gfi-3M163.4n/achrX 14,482,535gfi-3 is also known as apc-5, encoding a distant homolog of the human anaphase promoting complex subunit APC5, but is most closely related to its C. elegans paralog Y66D12A.17; gfi-3(RNAi) animals are generally unable to progress through meiotic divisions; initially they produce reduced numbers of viable embryos mixed with inviable embryos, but then show severe germline maintenance defects and become sterile.
39C15C7.6C15C7.6n/achrX 3,169,031contains similarity to Interpro domain IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5)
40T07F10.5T07F10.5n/achrV 12,866,209contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
41D2085.4D2085.4n/achrII 8,667,037contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) contains similarity to Interpro domains IPR000569 (HECT), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
42fbxa-111Y102A5C.14n/achrV 16,949,135This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
43C14H10.1C14H10.1n/achrX 10,235,306contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
44srx-108F40H7.2n/achrII 3,706,336C. elegans SRX-108 protein ;
45sup-12T22B2.4n/achrX 3,906,111sup-12 encodes an RNA-binding protein that contains a conserved RNA recognition motif (RRM); during development, SUP-12 functions to regulate muscle-specific splicing of alternative unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; in vitro, SUP-12 can bind unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; a sup-12::gfp promoter fusion is expressed in body wall muscle and in the pharynx; in body wall muscle, a SUP-12::GFP localizes to nuclei in a speckled pattern.
46C16D9.4C16D9.4n/achrV 8,241,945contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domains IPR008068 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like), IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
47nspb-5F38A5.9n/achrIV 6,599,329C. elegans NSPB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
48srw-134T05B4.7n/achrV 4,111,591C. elegans SRW-134 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
49T22B11.2T22B11.2n/achrIV 4,690,180contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
50R11.1R11.1n/achrX 16,192,348contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)