UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F25E5.5F25E5.50chrV 7,448,059This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4mxl-3F46G10.6n/achrX 13,350,149C. elegans MXL-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR002418 (Transcription regulator Myc)
5cyp-33E1C49C8.4n/achrIV 8,646,858C. elegans CYP-33E1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
6F35H8.2F35H8.2n/achrII 9,556,425contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
7F38A1.9F38A1.9n/achrIV 1,244,866
8C05C12.4C05C12.4n/achrIV 11,247,231contains similarity to Interpro domains IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
9F56F10.3F56F10.3n/achrX 863,092F56F10.3 encodes the C. elegans cysteine dioxygenase ortholog; by homology to mammalian enzymes, the product of F56F10.3 is predicted to function in cysteine catabolism by catalyzing the oxidation of cysteine to cysteine sulfanate.
10F59A7.2F59A7.2n/achrV 2,016,188
11F20D6.5F20D6.5n/achrV 8,163,572contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
12F35F10.4F35F10.4n/achrV 3,292,977contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
13K08D8.2K08D8.2n/achrIV 12,903,408contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q8GYZ7
14R10H1.1R10H1.1n/achrII 7,495,254contains similarity to Interpro domain IPR008374 (SF-assemblin)
15Y40B1B.5Y40B1B.5n/achrI 13,436,717contains similarity to Homo sapiens Retinoblastoma binding protein 6 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000317872
16ttr-24Y51A2D.9n/achrV 18,555,981C. elegans TTR-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
17F35F10.7F35F10.7n/achrV 3,286,914contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
18Y38F1A.8Y38F1A.8n/achrII 12,999,329contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Post-GPI attachment to proteins factor 2; ENSEMBL:ENSP00000300730
19btb-9F45C12.4n/achrII 1,729,278C. elegans BTB-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
20B0222.9B0222.9n/achrV 9,170,672contains similarity to Pfam domains PF00941 (FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase) , PF02738 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain) , PF00111 (2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain) , PF01799 ([2Fe-2S] binding domain) , PF01315 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR001041 (Ferredoxin), IPR002346 (Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding), IPR012675 (Beta-grasp fold, ferredoxin-type), IPR002888 ([2Fe-2S]-binding), IPR016166 (FAD-binding, type 2), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR016169 (CO dehydrogenase flavoprotein-like, FAD-binding, subdomain 2), IPR000674 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead), IPR008274 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding)
21F58H7.8F58H7.8n/achrIV 908,458
22srbc-52F54B8.10n/achrV 15,828,326C. elegans SRBC-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
23F14D7.7F14D7.7n/achrV 14,306,660contains similarity to Chlorobium tepidum Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type.; TR:Q8KFW7
24T18D3.7T18D3.7n/achrX 12,442,974contains similarity to Pfam domain PF01166 TSC-22/dip/bun family contains similarity to Interpro domain IPR000580 (TSC-22 / Dip / Bun)
25F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
26prx-2ZK809.7n/achrIV 11,645,165prx-2 is orthologous to the human gene PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN 3 (PXMP3; OMIM:170993), which when mutated leads to Zellweger syndrome 3 or infantile Refsum disease.
27F25F8.1F25F8.1n/achrI 4,890,200contains similarity to Interpro domain IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like)
28cpn-1F43G9.9n/achrI 8,636,741cpn-1 encodes a calponin homolog, more closely related to calponin per se than to its paralogs transgelin (SM22 alpha) or neuronal protein NP25, that is is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and that has no obvious mutant phenotype in a rearrangement that probably disrupts cpn-1.
29C33E10.10C33E10.10n/achrX 17,301,563contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
30F15B9.6F15B9.6n/achrV 13,015,372contains similarity to Interpro domain IPR001211 (Phospholipase A2)
31T21F4.1T21F4.1n/achrX 5,631,021T21F4.1 is orthologous to the human gene ARGINASE TYPE I ERYTHROID VARIANT (ARG1; OMIM:207800), which when mutated leads to argininemia.
32Y49E10.16Y49E10.16n/achrIII 12,432,047contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
33his-1T10C6.14n/achrV 16,042,648his-1 encodes an H4 histone; his-1 is contained within the histone gene cluster HIS1; transcript analysis suggests that it encodes the major class of H4 transcripts.
34F37C12.10F37C12.10n/achrIII 7,188,147
35dop-4C52B11.3n/achrX 1,296,964C. elegans DOP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000929 (Dopamine receptor), IPR002233 (Adrenergic receptor), IPR001671 (Melanocortin/ACTH receptor), IPR000995 (Muscarinic acetylcholine receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36tyr-4C34G6.2n/achrI 5,900,210C. elegans TYR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000817 (Prion protein), IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
37fbxa-57C29F9.10n/achrIII 106,751C. elegans FBXA-57 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001986 (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, core), IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
38ZK1240.2ZK1240.2n/achrII 2,324,281contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
39R07B7.5R07B7.5n/achrV 12,069,626contains similarity to Pfam domain PF01494 FAD binding domain contains similarity to Interpro domains IPR003042 (Aromatic-ring hydroxylase), IPR002938 (Monooxygenase, FAD-binding)
40clec-7F10G2.3n/achrV 7,329,181C. elegans CLEC-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
41F55G1.12F55G1.12n/achrIV 7,494,554contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
42F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
43R11G1.1R11G1.1n/achrX 3,663,173contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
44F09G2.1F09G2.1n/achrV 7,202,915contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
45str-136F21F8.9n/achrV 8,278,202C. elegans STR-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46F47B10.5F47B10.5n/achrX 10,889,736contains similarity to Xenopus laevis D(2) dopamine receptor 1.; SW:D2D1_XENLA
47acy-2C10F3.3n/achrV 5,978,731acy-2 encodes an adenylyl cyclase; an intragenic deletion of acy-2 is lethal at the first larval stage of development; the terminal phenotype resembles that seen in loss-of-function gsa-1 mutants.
48K09C4.4K09C4.4n/achrX 3,290,202contains similarity to Pfam domain PF00083 Sugar (and other) transporter contains similarity to Interpro domains IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49C06E2.1C06E2.1n/achrX 8,873,724contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
50str-23C55A1.5n/achrV 15,645,650C. elegans STR-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)