UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rgef-1F25B3.30chrV 9,559,135rgef-1 encodes a Ca2+-regulated Ras nucleotide exchange factor orthologous to human Ras guanyl-releasing protein (RasGRP); rgef-1 reporter fusions are expressed in post-mitotic neurons (pan-neuronally) beginning at the late comma stage of embryogenesis.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
6F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
7R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
9cin-4ZK1127.7n/achrII 7,039,709C. elegans CIN-4 protein
10srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11fbxb-11F45C12.5n/achrII 1,725,771This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
12W01G7.4W01G7.4n/achrII 14,061,584contains similarity to Danio rerio Protein SLC7A6OS (Solute carrier family 7 member 6 opposite strandstranscript homolog).; SW:Q5U3I2
13K02F3.2K02F3.2n/achrIII 848,051The K02F3.2 gene encodes a homolog of human SLC25A13, which when mutated leads to adult onset type II citrullinaemia (OMIM:603471).
14T07F12.4T07F12.4n/achrX 4,897,382contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
15ger-1R01H2.5n/achrIII 7,066,371C. elegans GER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01370 NAD dependent epimerase/dehydratase family contains similarity to Interpro domains IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
16T16G12.1T16G12.1n/achrIII 10,044,880contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR002355 (Multicopper oxidase, copper-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
17Y48E1B.5Y48E1B.5n/achrII 13,571,494contains similarity to Onchocerca volvulus Novel immunogenic protein NIP-2.; TR:Q9NJD6
18F20D1.2F20D1.2n/achrX 14,972,677contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000195 (RabGAP/TBC)
19F14F9.4F14F9.4n/achrV 5,134,905contains similarity to Interpro domain IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
20T07D1.5T07D1.5n/achrX 2,419,146
21fbxb-20ZC204.9n/achrII 1,649,687fbxb-20 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; FBXB-20 also contains a C-terminal type 2 F-box-associated domain of presently unknown function.
22lgc-49K10D6.1n/achrV 11,192,427C. elegans LGC-49 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR001390 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit), IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
23F28G4.2F28G4.2n/achrV 16,281,423contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
24T12A2.6T12A2.6n/achrIII 6,243,060
25C07E3.6C07E3.6n/achrII 10,368,675contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
26H28G03.4H28G03.4n/achrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
27tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
28syd-2F59F5.6n/achrX 10,552,111syd-2 encodes alpha-liprin, a member of the liprin family of proteins that interact with LAR (leukocyte common antigen related)-type receptor tyrosine phosphatases (RPTPs) to facilitate clustering of RPTPs to focal adhesions; SYD-2 is required for establishing normal presynaptic density, and is expressed in all neurons and muscles; SYD-2 is required cell autonomously in neurons for differentiation of presynaptic active zones, where SYD-2 is localized.
29odr-7T18D3.2n/achrX 12,460,277odr-7 encodes an olfactory-specific member of the nuclear receptor superfamily that affects chemotaxis to some volatile odorants and the cell fate of the AWA olfactory neurons; ODR-7 is expressed in the AWA neurons; in specifying the identity of the AWA neurons, ODR-7 appears to lie upstream of odr-10, which encodes a seven transmembrane domain olfactory receptor that is required for the response to diacetyl, an odorant detected by the AWA neurons.
30ztf-4T10B11.3n/achrI 6,927,973C. elegans ZTF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
31C03E10.3C03E10.3n/achrV 11,287,593contains similarity to Clostridium perfringens Probable cytochrome C-type biogenesis protein.; TR:Q8XME8
32R05D11.6R05D11.6n/achrI 8,597,435contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2542.; TR:Q8XHE3
33F19C6.3F19C6.3n/achrX 10,007,249contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF00093 (von Willebrand factor type C domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR008037 (Proteinase inhibitor I19, pacifastin), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
34B0280.10B0280.10n/achrIII 7,132,835
35ZC196.9ZC196.9n/achrV 8,724,688contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
36arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
37fbxb-46K05F6.9n/achrII 1,570,610This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
38E01G4.5E01G4.5n/achrII 13,473,085contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
39sem-5C14F5.5n/achrX 7,960,532sem-5 encodes a Src homology (SH) domain 2 and 3-containing protein, orthologous to human GRB2 (OMIM:108355), that functions in multiple signaling pathways during development; these pathways include those regulating sex myoblast migration, muscle membrane extension, vulval induction, fluid balance, viability, and formation of the male tail; SEM-5 acts downstream of the LET-23 epidermal growth factor receptor to negatively regulate RAS-, MAP-, as well as IP-3-, mediated signal transduction.
40asna-1ZK637.5n/achrIII 8,895,772asna-1 encodes a putative membrane transporter that is required, non-cell-autonomously, for L1 larvae to proceed through development when fed, and is also required for normal insulin (DAF-28) secretion; the human ASNA1 ortholog stimulates insulin secretion in pancreatic beta cells, and can transgenically rescue asna-1 mutant C. elegans, suggesting that ASNA-1's function is conserved among metazoa; asna-1 mutants only progress to adulthood when rescued by maternal ASNA-1; without maternal rescue, asna-1 mutants eat food and endocytose nutrients normally, but nevertheless arrest growth as L1 larvae and localize DAF-16 to the nucleus as if food were absent; asna-1 is expressed in some sensory neurons, in insulin-producing intestinal cells, and in hypodermis; ASNA-1 positively regulates dauer exit in the same way that overexpression of the insulins DAF-28 or INS-4 does, and requires DAF-28 to do this efficiently; ASNA-1 has ATPase activity in vitro, and this activity is required for transgenic rescue of asna-1 mutations.
41clh-5C07H4.2n/achrII 9,096,575The clh-5 gene encodes a chloride channel, whose human homologs include CLC1 and CLCN5; the latter homolog is imvolved in receptor-mediated endocytosis.
42ckb-1B0285.8n/achrIII 4,366,386ckb-1 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
43ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
44C44C1.1C44C1.1n/achrX 981,899
45Y54E2A.12Y54E2A.12n/achrII 14,799,590contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
46ugt-28C10H11.4n/achrI 4,728,834C. elegans UGT-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
47eif-3.EB0511.10n/achrI 10,641,393eif-3.E encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit e (eIF3e/Int-6); by homology, EIF-3.E is predicted to be a component of three different protein complexes, the eIF3 translation initiation factor, the 26S proteasome, and the COP9 signalosome; such association suggests that EIF-3.E may serve as a regulatory factor that coordinates the translational and degradative activities of these various complexes; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.E is required for embryonic, larval, and germline development, as well as proper vulval morphogenesis.
48C05C9.1C05C9.1n/achrX 11,162,259contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
49C17E4.6C17E4.6n/achrI 9,426,826contains similarity to Pfam domains PF05764 (YL1 nuclear protein) , PF08265 (YL1 nuclear protein C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013272 (YL1 nuclear, C-terminal), IPR008895 (YL1 nuclear)
50F47G9.1F47G9.1n/achrV 11,325,591contains similarity to Interpro domain IPR009038 (GOLD)