UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1F23F12.3F23F12.30chrIII 6,504,028contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
3twk-28C52B9.6n/achrX 4,276,975C. elegans TWK-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
4F52C12.2F52C12.2n/achrIV 1,956,651contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF04034 (Domain of unknown function (DUF367)) contains similarity to Interpro domains IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR007177 (Protein of unknown function DUF367)
5T20B12.1T20B12.1n/achrIII 7,388,607contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (3), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001664 (Intermediate filament protein), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR001356 (Homeobox), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
6hint-1F21C3.3n/achrI 7,280,150C. elegans HINT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01230 HIT domain contains similarity to Interpro domains IPR001310 (Histidine triad (HIT) protein), IPR011151 (Histidine triad motif), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
7R02F2.7R02F2.7n/achrIII 5,482,043
8T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
9rad-26C27B7.4n/achrIV 8,897,727C. elegans RAD-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
10W04B5.4W04B5.4n/achrIII 2,408,633W04B5.4 encodes a putative mitochondrial ribosomal protein L30 that inhibits DHC-1 in vivo; W04B5.4 is orthologous to human MRPL3; W04B5.4(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that W04B5.4 negatively regulates dynein; W04B5.4 is required for embryonic and larval development in mass RNAi assays.
11W06H3.3W06H3.3n/achrV 16,798,543contains similarity to Pfam domains PF00117 (Glutamine amidotransferase class-I) , PF06418 (CTP synthase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000630 (Ribosomal protein S8), IPR017456 (CTP synthase, N-terminal), IPR000991 (Glutamine amidotransferase class-I, C-terminal), IPR004468 (CTP synthase), IPR012998 (Glutamine amidotransferase, class I, active site)
12C32D5.10C32D5.10n/achrII 6,350,550contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
13ugt-11T19H12.10n/achrV 4,893,822C. elegans UGT-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
14K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
15ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
16C01F1.2C01F1.2n/achrII 4,300,243C01F1.2 is orthologous to the human gene SCO (CYTOCHROME OXIDASE DEFICIENT, YEAST) HOMOLOG 1 (SCO1; OMIM:603644), which when mutated leads to early-onset hepatic failure; the C01F1.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
17gly-19F22D6.12n/achrI 7,113,932gly-19 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; it is probably coexpressed with gly-18 in the anal sphincter muscle.
18figl-1F32D1.1n/achrV 4,343,730F32D1.1 encodes an homolog of human SPASTIN (OMIM:604277, mutated in spastic paraplegia), FIDGETIN (OMIM:605295, mutated in fidget mice), and FIDGETIN-LIKE-1, and of Drosophila SPASTIN; recombinant F32D1.1 protein has N-ethylmaleimide-sensitive ATPase activity in vitro, which is strongly dependent on the C368 residue immediately C-terminal to its Walker A motif; F32D1.1 is required for persistence of the germline in RNAi assays.
19gst-6F11G11.3n/achrII 4,880,483gst-6 encodes a predicted glutathione S-transferase.
20C34C12.8C34C12.8n/achrIII 3,460,983contains similarity to Pfam domain PF01025 GrpE contains similarity to Interpro domains IPR009012 (GrpE nucleotide exchange factor, head), IPR013805 (GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil), IPR000740 (GrpE nucleotide exchange factor)
21R12E2.12R12E2.12n/achrI 4,174,271contains similarity to Interpro domain IPR000529 (Ribosomal protein S6)
22K01A11.3K01A11.3n/achrIII 3,450,547contains similarity to Pfam domain PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2)
23Y40B1B.8Y40B1B.8n/achrI 13,431,748contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domain IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
24mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
25fbxa-216Y47H9C.10n/achrI 11,902,379C. elegans FBXA-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
26srt-69B0238.8n/achrV 5,264,800C. elegans SRT-69 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
27F55C5.8F55C5.8n/achrV 12,290,267contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Srp68-PA;; FLYBASE:CG5064
28pro-1R166.4n/achrII 10,540,649pro-1 encodes a WD-repeat-containing protein that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae IPI3; pro-1 activity is required for ribosome biogenesis and specifically, for efficient processing of intervening sequence 2 (ITS2) from rRNA intermediates during 26S rRNA maturation; during development, pro-1 is essential for larval growth, fertility, and normal cell division patterns; in addition, pro-1 is required cell autonomously in the somatic gonad for proper spatial and temporal regulation of germline development and proliferation; a pro-1 promoter::gfp fusion construct reveals that pro-1 is widely expressed in the embryo as well as in every major post-embryonic lineage including the somatic gonad.
29F44E2.3F44E2.3n/achrIII 8,828,256contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
30inx-15R12E2.9n/achrI 4,160,065C. elegans INX-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
31F56A11.5F56A11.5n/achrIV 569,608contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR001484 (Pyrokinin, conserved site), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
32F57G8.5F57G8.5n/achrV 16,340,228contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domain IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger)
33cdr-6K01D12.12n/achrV 12,413,079C. elegans CDR-6 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
34dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
35F19F10.9F19F10.9n/achrV 7,573,793The F19F10.9 gene encodes a homolog of the human SART1 gene, which encodes a protein recognised by IgE that may be involved in atopic disease.
36ZC504.3ZC504.3n/achrX 10,418,158contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
37T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
38rpc-1C42D4.8n/achrIV 7,162,904C. elegans RPC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF04998 (RNA polymerase Rpb1, domain 5) , PF00623 (RNA polymerase Rpb1, domain 2) , PF04997 (RNA polymerase Rpb1, domain 1) , PF05000 (RNA polymerase Rpb1, domain 4) , PF04983 (RNA polymerase Rpb1, domain 3) contains similarity to Interpro domains IPR006592 (RNA polymerase, N-terminal), IPR007080 (RNA polymerase Rpb1, domain 1), IPR007066 (RNA polymerase Rpb1, domain 3), IPR007083 (RNA polymerase Rpb1, domain 4), IPR000722 (RNA polymerase, alpha subunit), IPR007081 (RNA polymerase Rpb1, domain 5)
39C05G5.1C05G5.1n/achrX 14,737,200contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40Y39A1A.6Y39A1A.6n/achrIII 10,616,526contains similarity to Interpro domains IPR005727 (Ribosomal protein L22, bacterial-type), IPR001063 (Ribosomal protein L22/L17)
41K09C4.5K09C4.5n/achrX 3,284,155contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
42C34B2.8C34B2.8n/achrI 10,686,429contains similarity to Pfam domain PF06212 GRIM-19 protein contains similarity to Interpro domain IPR009346 (GRIM-19)
43C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
44Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
45ddr-1C25F6.4n/achrX 5,463,626The C25F6.4 gene encodes a protein tyrosine kinase homolog that is also homologous to human RS1.
46Y6B3B.9Y6B3B.9n/achrI 13,743,033contains similarity to Pfam domain PF04031 Las1-like contains similarity to Interpro domain IPR007174 (Las1-like)
47clh-6R07B7.1n/achrV 12,061,778clh-6 encodes a voltage-gated chloride channel orthologous to the human CLCN7 chloride channel (OMIM:602727, which when mutated lead to osteopetrosis); although the precise role of CLH-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, CLH-6 expression is detected in two GABA-ergic neurons, RMEL and RMER, suggesting that CLH-6 could play a role in membrane excitability and/or GABA packaging; as CLH-6 is also detected in many non-neuronal tissues, such as the gut and body wall muscle, it could also have a broader role in such as processes as transepithelial transport and muscle excitation.
48ddx-23F01F1.7n/achrIII 5,851,012C. elegans DDX-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
49B0205.6B0205.6n/achrI 10,738,293contains similarity to Pfam domains PF01212 (Beta-eliminating lyase) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR001597 (Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR016454 (Cysteine desulphurase, NifS), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
50F13E6.2F13E6.2n/achrX 10,671,215contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR000850 (Adenylate kinase), IPR007858 (Dpy-30), IPR011769 (Adenylate/cytidine kinase, N-terminal)