UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F23D12.5F23D12.50chrX 14,450,814F23D12.5 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase; F23D12.5 contains a C-terminal JmjC domain, and is homologous to human JMJD3, UTX (OMIM:300128), and UTY (OMIM:400009); F23D12.5 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes; however, F23D12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
2F13H10.1F13H10.1n/achrIV 11,004,784contains similarity to Oryza sativa Putative pM5 collagenase.; TR:Q93W04
3hch-1F40E10.1n/achrX 14,698,114hch-1 encodes a member of the zinc-dependent metalloprotease family that contains an epidermal growth factor-like domain, a CUB domain, and a TSP1 domain and affects hatching and QL neuroblast migration.
4fbxb-25F58E1.2n/achrII 1,684,456This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
5Y57A10C.1Y57A10C.1n/achrII 12,411,984contains similarity to Macaca mulatta Thyrotropin receptor (Fragment).; TR:Q8HY53
6sdz-14F14B6.1n/achrI 12,216,990C. elegans SDZ-14 protein ;
7sdz-9F08D12.10n/achrII 2,773,000This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
8F43G6.5F43G6.5n/achrII 11,815,623contains similarity to Pfam domains PF04926 (Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) , PF04928 (Poly(A) polymerase central domain) contains similarity to Interpro domains IPR007012 (Poly(A) polymerase, central region), IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR007010 (Poly(A) polymerase, RNA-binding region), IPR014492 (Poly(A) polymerase), IPR011068 (Nucleotidyltransferase, class I, C-terminal-like)
9K08H2.4K08H2.4n/achrX 13,239,283
10fbxb-54K05F6.7n/achrII 1,555,788C. elegans FBXB-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001404 (Heat shock protein Hsp90), IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
11F55C9.3F55C9.3n/achrV 19,287,274contains similarity to Pfam domain PF02170 PAZ domain contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
12dsl-1W09G12.4n/achrIV 1,207,661dsl-1 encodes a secreted protein with a single DSL and EGF domain in series, resembling Delta/LAG-2; DSL-1, with APX-1 and LAG-2, is collectively required for LIN-12/Notch-mediated lateral signalling during postembryonic vulval development; DSL-1, when misexpressed by lag-2 sequences, can rescue the larval-lethal and anchor cell phenotypes of lag-2(q420ts); dsl-1(RNAi) animals have abnormal vulvae in a genetic background sensitized for lateral signalling defects; dsl-1(ok810) mutants, while viable and fertile, have a 4% penetrant defect in lateral signaling, which exceeds 13% with apx-1 and lag-2 RNAi; dsl-1 is strongly transcribed in P6.p cells; SUR-2 regulates dsl-1 along with apx-1 and lag-2; DSL-1 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-2, -3, -5, -6, and -7.
13fbxb-62F55C9.8n/achrV 19,301,505This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
14col-121F56D5.1n/achrIV 9,395,553col-121 encodes a cuticle collagen required for resistance to the endocrine disrupting chemical bisphenol A (BPA); col-121(nx3) and col-121(RNAi) animals are hypersensitive to BPA, but are otherwise wild-type (e.g., they have normal body shape); BPA hypersensitivity has also been observed for dpy-2(e8), dpy-7(e88) and dpy-10(e128) mutants.
15fbxb-37T16A1.8n/achrII 2,092,797This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
16R07C3.6R07C3.6n/achrII 924,524
17Y116A8B.1Y116A8B.1n/achrIV 17,216,790contains similarity to Oryza sativa P0660F12.13 protein (P0614D08.10 protein).; TR:Q94CR6
18F58E1.11F58E1.11n/achrII 1,692,234contains similarity to Interpro domain IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site)
19F45D3.1F45D3.1n/achrV 12,527,844contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical 92.4 kDa protein C1685.14C in chromosome II.; TR:O74334
20R11.4R11.4n/achrX 16,210,394contains similarity to Leishmania major Hypothetical protein.; TR:Q9GRL1
21C24H12.8C24H12.8n/achrII 422,729This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
22F58E1.12F58E1.12n/achrII 1,693,958
23taf-7.1F54F7.1n/achrX 11,836,759The taf-7.1 gene encodes an ortholog of mammalian TATA-binding protein associated factor TAF7L (TAFIIQ, OMIM:300314) that in mice exhibits testis-specific expression; TAF-7 function in C. elegans is not yet known, as taf-7 inactivation by RNA interference does not result in any obvious developmental defects.
24T02G5.2T02G5.2n/achrII 7,095,853contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001023 (Heat shock protein Hsp70)
25C24H12.1C24H12.1n/achrII 444,212This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
26C08F1.6C08F1.6n/achrII 1,787,707
27C17E4.2C17E4.2n/achrI 9,413,650contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
28K02E7.7K02E7.7n/achrII 1,055,525
29Y73C8C.8Y73C8C.8n/achrV 3,112,017contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
30bath-9Y49F6C.3n/achrII 3,377,880C. elegans BATH-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR010916 (TonB box, conserved site), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
31mdt-31F32H2.2n/achrI 8,966,630C. elegans MDT-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF05669 SOH1 contains similarity to Interpro domain IPR008831 (SOH1)
32F31D4.5F31D4.5n/achrV 20,851,509contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR010997 (HRDC-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
33fbxb-103F53C3.2n/achrII 3,907,716This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
34F31D5.6F31D5.6n/achrII 4,211,553This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
35fbxb-16ZC204.10n/achrII 1,651,202fbxb-16 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; FBXB-16 also contains a C-terminal type 2 F-box-associated domain of presently unknown function.
36fbxb-24Y56A3A.15n/achrIII 11,909,309This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
37fbxb-8F49B2.1n/achrI 14,302,931This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
38btb-11M01D1.3n/achrII 1,024,269C. elegans BTB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
39fbxb-105F08D12.8n/achrII 2,770,341This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
40ZK899.6ZK899.6n/achrX 9,463,973contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delta-like subunit of the yeast AP-3 complex which functions in transport of alkaline phosphatase to the vacuole via the alternate pathway, suppressor of loss of casein kinase 1 function; SGD:YPL195W
41srb-7F37C12.17n/achrIII 7,178,120C. elegans SRB-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
42clec-11C54C8.7n/achrI 12,460,190C. elegans CLEC-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43ced-8F08F1.5n/achrX 8,415,405The ced-8 gene encodes a homolog of the human putative membrane transporter XK; ced-8 is required for apoptosis to occur with normal speed during embryonic development.
44F44A6.3F44A6.3n/achrX 10,213,400contains similarity to Human parainfluenza 1 virus RNA polymerase alpha subunit (EC 2.7.7.48) (Nucleocapsidsphosphoprotein).; SW:RRPP_PI1HB
45ndx-6EEED8.8n/achrII 5,389,360The ndx-6 gene encodes a NUDIX hydrolase.
46F42A10.6F42A10.6n/achrIII 6,176,450
47F35E2.2F35E2.2n/achrI 11,737,158This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
48vet-6F44F1.7n/achrI 13,271,377vet-6 encodes a protein that contains a spectrin repeat; vet-6 is preferentially transcribed in embryos prior to gastrulation.
49ZK418.3ZK418.3n/achrIII 7,070,514contains similarity to Homo sapiens Transmembrane protein 17; ENSEMBL:ENSP00000335094
50T24C4.2T24C4.2n/achrIII 868,674