UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F22E5.6F22E5.68e-131chrII 2,650,293contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
2Y39A3A.4Y39A3A.4n/achrIII 2,074,752contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
3C26F1.6C26F1.6n/achrV 7,772,218C26F1.6 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C26F1.6 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
4nas-25F46C5.3n/achrII 8,827,065nas-25 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-25::GFP promoter fusion is expressed in the pharynx and pharyngeal-intestinal valve.
5nhr-120C25B8.6n/achrX 6,638,552C. elegans NHR-120 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
6F20D1.3F20D1.3n/achrX 14,977,334contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR000018 (P2Y4 purinoceptor), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
7C31H2.3C31H2.3n/achrX 5,152,942
8C50C3.5C50C3.5n/achrIII 8,179,701contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin)), IPR000261 (EPS15 homology (EH))
9F20D6.8F20D6.8n/achrV 8,166,494contains similarity to Pfam domain PF00071 Ras family contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
10K11H12.3K11H12.3n/achrIV 672,557contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
11gpa-2F38E1.5n/achrV 8,372,499gpa-2 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that is involved in dauer formation and chemotaxis to water-soluble odorants; it is expressed in the phasmid neurons PHA and PHB, three pharyngeal neurons, one interneuron, three pairs of head neurons, and the anal sphincter muscle.
12nhr-6C48D5.1n/achrIII 3,576,162nhr-6 encodes a nuclear receptor of the NR4A4 subfamily that is orthologous to the mammalian NGFI-B receptors and the Drosophila HR38 nuclear receptor (DHR38) that has been implicated in molting and metamorphosis; by homology, NHR-6 likely functions as a transcription factor that, based upon RNAi experiments, is required for normal ovulation and/or spermathecal development or function; an nhr-6 reporter fusion is expressed primarily in the anterior and posterior spermatheca during L3 and L4 larval stages, with some weak and variable expression also observed in two chemosensory neurons; nhr-6 mRNA is expressed in an oscillating manner throughout larval development, in a pattern that is slightly irregular with respect to the timing of larval molts and that exhibits consistently lower expression at the times when these molts actually occur.
13Y43F8A.5Y43F8A.5n/achrV 19,387,467contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
14gab-1ZC482.1n/achrIII 12,775,682gab-1 encodes a gamma-aminobutyric acid (GABA) receptor beta-like subunit with both the neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding and transmembrane domains; gab-1 can form a GABA-responsive channel when co-expressed with alpha/gamma type subunits in a heterologous expression system; experiments with gab-1 indicate that GABA receptors are involved in the mechanism of resistance to the widely used broad-spectrum anthelmintic drug Ivermectin.
15str-66Y73C8C.5n/achrV 3,103,680C. elegans STR-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16M163.1M163.1n/achrX 14,503,087contains similarity to Mus musculus Adapter-related protein complex 3 beta 1 subunit (Beta-adaptin 3A)s(AP-3 complex beta-3A subunit) (Beta-3A-adaptin).; SW:A3B1_MOUSE
17daf-14F01G10.8n/achrIV 10,254,701daf-14 encodes a Smad-related protein that is unusual in that while its C-terminus is well-conserved with Smad proteins, it lacks the N-terminal DNA binding domain found in all other known Smads; DAF-14 is predicted to function as a transducer of the DAF-7/TGF-beta-mediated signal that promotes reproductive growth and negatively regulates dauer formation; as reduction of daf-14 function enhances the dauer constitutive phenotype of daf-8 mutants, and overexpression of daf-14 can rescue daf-8 mutant animals, it is likely that the DAF-14 and DAF-8 Smad proteins function in parallel to control dauer formation; further genetic analyses suggest that DAF-14 and DAF-8 function to antagonize the activities of the DAF-3 Smad and DAF-5 Sno/Ski oncoprotein, which are required for dauer formation; a DAF-14::GFP reporter is expressed in a dynamic pattern in tissues, such as the hypodermis, intestine, and pharynx, that are remodeled during dauer development.
18cyp-13A8T10B9.4n/achrII 9,806,501C. elegans CYP-13A8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
19set-11F34D6.4n/achrII 2,692,391set-11 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase orthologous to human EHMT1 (OMIM:607001, mutated in 9q subtelomeric deletion syndrome) and EHMT2 (OMIM:604599); neither set-11(n4488) nor set-11(RNAi) have any obvious phenotypes.
20R13A5.9R13A5.9n/achrIII 7,577,267contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21F46B6.9F46B6.9n/achrV 9,797,511contains similarity to Candida albicans Probable ferric reductase transmembrane component (EC 1.16.1.7)s(Ferric-chelate reductase).; SW:FREL_CANAL
22ptr-5C53C11.3n/achrX 17,322,508ptr-5 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-5 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-5 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-5 is expressed in head and tail neurons, and in ventral nerve cord.
23mlt-8W08F4.6n/achrII 570,690mlt-8 encodes a novel protein; during development, mlt-8 activity is required for molting; a mlt-8::gfp reporter is expressed in hypodermal cells and in a single posterior neuron.
24asic-2T28F4.2n/achrI 7,481,759C. elegans ASIC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domains IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive), IPR004726 (Degenerin)
25B0024.3B0024.3n/achrV 10,288,395contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
26F18E9.4F18E9.4n/achrX 8,582,026
27C03H5.6C03H5.6n/achrII 396,394contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
28nhr-7F54D1.4n/achrIV 11,267,544C. elegans NHR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29C03H5.7C03H5.7n/achrII 381,414contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA)
30lgc-4F18G5.4n/achrX 9,238,639C. elegans LGC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
31C16D9.6C16D9.6n/achrV 8,249,274contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG9520-PA;; FLYBASE:CG9520
32R13A1.5R13A1.5n/achrIV 7,191,489
33T02E9.3T02E9.3n/achrV 11,364,314T02E9.3 encodes a homolog of human melatonin type 1b receptors, and more generally of mammalian dopamine and serotonin (5-HT) receptors; T02E9.3 is partly required for male tail curling, with T02E9.3(RNAi) animals showing reduced curling in exogenous 5-HT; T02E9.3 is required for full sensitivity to 5-HT, normal brood sizes, and pharyngeal pumping; T02E9.3 is expressed in head and tail neurons.
34lev-1F09E8.7n/achrIV 13,176,746lev-1 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) which, when mutated, confers resistance to levamisole; LEV-1 is required for completely normal locomotion, and forms a cation channel when coexpressed with UNC-38 or UNC-63 and UNC-29; LEV-1 falls into the 'UNC-29' class of nAChR subunits, which includes UNC-29, ACR-2, and ACR-3.
35R05A10.3R05A10.3n/achrIV 14,175,025contains similarity to Saccharomyces cerevisiae <b><u>C</u></b>onserved <b><u>O</u></b>ligomeric <b><u>G</u></b>olgi complex <b><u>1</u></b><br> Complexed with Cog8p; interacts with Cog2p; SGD:YGL223C
36F26A1.8F26A1.8n/achrIII 4,821,475contains similarity to Interpro domain IPR000010 (Proteinase inhibitor I25, cystatin)
37F33E2.6F33E2.6n/achrI 12,589,287contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region)
38glb-4C09H10.8n/achrII 11,110,315glb-4 encodes a globin; glb-4 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-4 is required for embryonic viability, fertility, vulval development, and normal distal tip cell migration in mass RNAi assays.
39nhr-84T06C12.7n/achrV 15,878,178C. elegans NHR-84 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40K04F1.11K04F1.11n/achrV 1,660,979contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
41cho-1C48D1.3n/achrIV 13,212,115cho-1 encodes a high-affinity choline transporter orthologous to members of the sodium-dependent glucose transporter family; CHO-1 is expressed in cholinergic neurons.
42T24A6.7T24A6.7n/achrV 3,525,734contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
43F20A1.4F20A1.4n/achrV 7,020,334
44C18H7.6C18H7.6n/achrIV 590,772contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
45K02D3.1K02D3.1n/achrX 13,707,203contains similarity to Clostridium acetobutylicum Transcriptional regulator, AcrR family.; TR:Q97IH3
46F09C6.1F09C6.1n/achrV 16,887,916contains similarity to Interpro domain IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
47Y54E2A.1Y54E2A.1n/achrII 14,736,737contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48K11H3.5K11H3.5n/achrIII 9,844,623contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P49321 Nuclear autoantigenic sperm protein; ENSEMBL:ENSP00000320980
49moe-3F32A11.6n/achrII 13,163,070moe-3 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; while loss of moe-3 activity via RNAi alone results in no obvious abnormalities, animals triply mutant for moe-3, oma-1, and oma-2 demonstrate oocyte maturation defects, indicating that these genes likely function redundantly during germline development; in situ hybridization experiments indicate that moe-3 mRNA expression is relatively weak and restricted to the distal region of the gonad; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of MOE-3 is predicted to function as an RNA-binding protein.
50T20D4.5T20D4.5n/achrV 3,414,578contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)