UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F22E12.3F22E12.34.0000000000000004e-140chrV 10,461,278contains similarity to Petroselinum crispum Reverse transcriptase (Fragment).; TR:Q9ZRL1
2sdz-34Y73C8C.7n/achrV 3,108,727C. elegans SDZ-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
3Y65A5A.1Y65A5A.1n/achrIV 16,399,303contains similarity to Interpro domain IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerization domain bHLH)
4F21C10.6F21C10.6n/achrV 9,124,712contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
5C06E4.5C06E4.5n/achrIV 7,255,611contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
6mls-1H14A12.4n/achrIII 7,461,052mls-1 encodes a T-box transcription factor orthologous to members of the Tbx1 subfamily of T-box transcription factors (OMIM:602054, mutations in human TBX1 are associated with the developmental disorder DiGeorge syndrome (DGS)/velocardiofacial syndrome (VCFS)); MLS-1 is required for fate specification of the eight nonstriated uterine muscle cells generated during postembryonic development, and ectopic expression of MLS-1 is sufficient for uterine muscle specification in other mesodermal lineages; mls-1 reporter gene expression is detected in uterine progenitors and differentiated uterine muscles, Type 2 vulval muscles, the left and right intestinal muscles, and the anal depressor muscle; mls-1 expression is positively regulated by the basic helix-loop-helix transcription factors HLH-8/Twist and HLH-2/Daughterless.
7F14H12.7F14H12.7n/achrX 4,362,080
8Y38H8A.5Y38H8A.5n/achrIV 13,467,731The Y38H8A.5 gene encodes a homolog of the human gene ZNF195 (or p57KIP2), which when mutated leads to Beckwith-Wiedemann syndrome (OMIM:130650).
9nas-21T11F9.5n/achrV 11,473,207nas-21 encodes an astacin-like metalloprotease.
10srh-167F57G8.3n/achrV 16,334,360C. elegans SRH-167 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11srj-8T28A11.9n/achrV 3,248,476C. elegans SRJ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12str-200F20E11.4n/achrV 17,457,362C. elegans STR-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13fbxa-113Y113G7B.6n/achrV 20,199,350This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
14C08A9.8C08A9.8n/achrX 17,103,774contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
15srd-25F07C4.4n/achrV 7,632,583C. elegans SRD-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16F07H5.7F07H5.7n/achrII 8,793,642
17C54G10.1C54G10.1n/achrV 14,641,219contains similarity to Homo sapiens similar to secreted gel-forming mucin; ENSEMBL:ENSP00000328427
18C44B12.6C44B12.6n/achrIV 1,131,250contains similarity to Interpro domain IPR010345 (Interleukin-17)
19nhr-233Y32B12B.6n/achrV 16,570,335C. elegans NHR-233 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20clec-247Y51A2A.1n/achrV 18,285,606C. elegans CLEC-247 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
21wrn-1F18C5.2n/achrII 6,557,068wrn-1 encodes an ortholog of human WRN, which when mutated leads to Werner syndrome (OMIM:277700), and one of four C. elegans homologs of the RecQ DNA helicase family that includes E. coli RecQ; by homology, WRN-1 is predicted to function as a helicase, DNA-dependent ATPase, and exonuclease that plays a key role in DNA replication, recombination, and repair; RNA interference studies in C. elegans and the enhancement of many of the resulting phenotypes by ionizing radiation indicate that wrn-1 affects life span and aging and acts at a DNA damage checkpoint; the wrn-1 phenotypes such as premature aging are similar to those of Werner syndrome; immunolocalization studies indicate that WRN-1 expression is nuclear in cells at the embryonic, larval and adult stages.
22ZK353.2ZK353.2n/achrIII 8,398,849contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
23fbxa-56T12B5.7n/achrIII 937,668C. elegans FBXA-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
24Y56A3A.31Y56A3A.31n/achrIII 11,986,100contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
25C53D6.6C53D6.6n/achrIV 9,030,151contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
26H25K10.6H25K10.6n/achrIV 16,235,400contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
27srx-135F09F3.11n/achrV 13,860,290C. elegans SRX-135 protein ;
28srt-45M162.3n/achrV 19,780,434C. elegans SRT-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
30nhr-155C14C6.4n/achrV 540,344C. elegans NHR-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31srd-56E04F6.14n/achrII 7,202,553C. elegans SRD-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32mcd-1Y51H1A.6n/achrII 13,891,577mcd-1 encodes a highly acidic C2H2-type zinc-finger protein that, in conjunction with LIN-35/Rb, DPL-1/DP, EFL-1/E2F, LIN-37/Mip40, and LIN-52, promotes the developmentally programmed progression of cells through full apoptosis; MCD-1 can promote ectopic apoptosis in cells normally fated to live, and is thus active in such cells; MCD-1 is not required for CED-3-independent cell death, does not regulate CED-9, and probably does not transcriptionally regulate egl-1; MCD-1 and its partners do not act together with CED-1 or CED-8, and their function in cell death is distinct from the LET-60/RAS or SynMuv pathways; however, MCD-1 is redundantly required with some class B/C synMuv proteins for viability (LIN-9, LIN-35/Rb, or LIN-37/Mip40) and normally rapid growth (DPL-1/DP, LIN-13, LIN-53, LIN-54, or MYS-1); in mcd-1(n4005) animals, cells that would normally undergo apoptosis can instead pass through an episode of pre-apoptotic condensation, after which they sometimes revert to normal shape, survive, and differentiate; MCD-1 contains an N-terminal low-complexity region and a single central zinc-finger, but no other recognizable protein domains; MCD-1 is paralogous to Y48E1B.7, but has no obvious non-nematode orthologs.
33T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
34F07G6.3F07G6.3n/achrX 1,723,986
35sri-37D2062.2n/achrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36B0563.5B0563.5n/achrX 9,146,762
37srx-133F09F3.4n/achrV 13,849,303C. elegans SRX-133 protein ;
38K01A2.6K01A2.6n/achrII 300,268
39F54D10.4F54D10.4n/achrII 3,806,515
40M01G12.5M01G12.5n/achrI 12,130,715contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
41T24E12.3T24E12.3n/achrII 3,776,733
42clec-168F38A1.7n/achrIV 1,258,213C. elegans CLEC-168 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43tat-6F02C9.3n/achrV 3,131,186C. elegans TAT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
44EGAP2.2EGAP2.2n/achrII 5,230,269
45ZC190.9ZC190.9n/achrV 8,692,862
46srxa-9ZK678.4n/achrX 15,749,493C. elegans SRXA-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
47F46C3.2F46C3.2n/achrX 11,417,473contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48JC8.4JC8.4n/achrIV 13,243,908contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR016192 (APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding), IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
49F17A2.13F17A2.13n/achrX 12,322,252contains similarity to Mus musculus X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1s(RPGR-interacting protein 1).; SW:Q9EPQ2
50F33C8.2F33C8.2n/achrX 14,722,337contains similarity to Interpro domain IPR003382 (Flavoprotein)