UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F21F8.11F21F8.110chrV 8,283,727contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2sgcb-1K01A2.1n/achrII 327,229K01A2.1 is orthologous to the human gene SARCOGLYCAN, BETA (43KD DYSTROPHIN-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN) (SGCB; OMIM:600900), which when mutated leads to disease.
3C03B1.7C03B1.7n/achrX 6,343,858contains similarity to Sulfolobus tokodaii DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q96YR5
4K02G10.5K02G10.5n/achrX 4,689,524contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
5W10G11.19W10G11.19n/achrII 3,552,038contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
6C06B8.7C06B8.7n/achrV 15,505,052contains similarity to Pfam domain PF00530 Scavenger receptor cysteine-rich domain contains similarity to Interpro domains IPR002160 (Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume), IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR006626 (Parallel beta-helix repeat), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
7C35A11.4C35A11.4n/achrV 5,391,300contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8T20D4.4T20D4.4n/achrV 3,416,870contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
9F39H12.1F39H12.1n/achrX 836,268contains similarity to Homo sapiens nuclear pore complex-associated protein TPR; ENSEMBL:ENSP00000356448
10F18A11.2F18A11.2n/achrII 13,034,546contains similarity to Pfam domain PF00650 CRAL/TRIO domain contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal)
11R03A10.3R03A10.3n/achrX 15,438,160contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
12VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
13pqn-39F48F7.4n/achrX 13,967,574The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
14F08G12.1F08G12.1n/achrX 11,303,901contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
15F15D4.5F15D4.5n/achrII 13,246,445contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
16C50D2.8C50D2.8n/achrII 97,034contains similarity to Pfam domain PF03194 LUC7 N_terminus contains similarity to Interpro domain IPR004882 (LUC7 related)
17F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
18K04C1.4K04C1.4n/achrX 14,246,093contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
19C09F9.2C09F9.2n/achrII 14,708,961contains similarity to Pfam domains PF01390 (SEA domain) , PF01826 (Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain) (3), PF07974 (EGF-like domain) , PF03351 (DOMON domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR005018 (DOMON related), IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR000082 (SEA), IPR008960 (Carbohydrate-binding family 9/cellobiose dehydrogenase, cytochrome), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013050 (DOMON)
20snf-12T25B6.7n/achrX 9,031,634C. elegans SNF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
21D1014.7D1014.7n/achrV 8,119,293contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
22ZK470.6ZK470.6n/achrX 4,176,765
23T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
24T19C3.4T19C3.4n/achrIII 619,226contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
25E01G6.1E01G6.1n/achrX 12,263,633contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) (2), PF01734 (Patatin-like phospholipase) contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR001423 (Lysophospholipase patatin, conserved site), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
26K08D10.10K08D10.10n/achrIV 4,155,758
27fli-1B0523.5n/achrIII 8,679,606fli-1 encodes a homolog of Drosophila flightless-I; can interact with human Ha-Ras and human actin in vitro; mRNA levels are highest in embryos.
28dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
29T04F8.6T04F8.6n/achrX 11,669,654contains similarity to Interpro domain IPR011992 (EF-Hand type)
30rer-1F46C5.8n/achrII 8,811,744C. elegans RER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03248 Rer1 family contains similarity to Interpro domain IPR004932 (Retrieval of early ER protein Rer1)
31F46G10.4F46G10.4n/achrX 13,335,352contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
32F41E6.11F41E6.11n/achrV 8,620,645contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
33C08B6.2C08B6.2n/achrV 10,106,583contains similarity to Rattus norvegicus Adenomatous polyposis coli protein (APC protein).; SW:APC_RAT
34ZK488.6ZK488.6n/achrV 591,473contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
35C25G4.10C25G4.10n/achrIV 12,472,778contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF01682 (DB module) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR002602 (Protein of unknown function DB), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
36M28.8M28.8n/achrII 10,630,658contains similarity to Interpro domain IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II)
37H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
38B0554.2B0554.2n/achrV 435,748contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
39F20D6.11F20D6.11n/achrV 8,197,919F20D6.11 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to human AIFM3 (AIFL), and paralogous to WAH-1 and mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); F20D6.11 is expressed in pharynx, anal depressor and body wall muscles, the reproductive system (including spermatheca), and unidentified tail cells; given its orthology to AIFM3, F20D6.11 may promote apoptosis; however, F20D6.11 has no obvious function in mass RNAi assays.
40C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
41ctg-1H06O01.3n/achrI 7,007,341C. elegans CTG-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
42T28F4.6T28F4.6n/achrI 7,493,740contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
43F58A6.1F58A6.1n/achrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)
44T05C12.4T05C12.4n/achrII 8,178,909contains similarity to Interpro domain IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5)
45prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
46F55C5.8F55C5.8n/achrV 12,290,267contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Srp68-PA;; FLYBASE:CG5064
47sul-1K09C4.8n/achrX 3,269,056sul-1 encodes a member of the sulfatase family.
48R03H10.7R03H10.7n/achrII 4,177,232contains similarity to Pfam domain PF01336 OB-fold nucleic acid binding domain contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR004365 (Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type)
49ugt-53T03D3.1n/achrV 2,850,684C. elegans UGT-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR002416 (Bacterial general secretion pathway protein H), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
50fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.