UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F20B6.7F20B6.72.0000000000000002e-60chrX 4,207,129
2srt-73T06C10.2n/achrIV 7,880,158C. elegans SRT-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
3ZK666.1ZK666.1n/achrII 10,471,061contains similarity to Dictyostelium discoideum Hypothetical protein.; TR:Q8T282
4mnm-2C10A4.8n/achrX 7,423,795C. elegans MNM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
5C24H10.1C24H10.1n/achrX 5,073,103C24H10.1 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; C24H10.1 is worm-specific, with obvious homologs only in C. elegans; C24H10.1 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
6srh-297C17F4.4n/achrII 3,229,698C. elegans SRH-297 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR006084 (DNA repair protein (XPGC)/yeast Rad), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7H01M10.2H01M10.2n/achrX 2,585,134contains similarity to Interpro domain IPR006220 (Anthranilate synthase component II/delta crystallin)
8Y40B1B.7Y40B1B.7n/achrI 13,427,466contains similarity to Rattus norvegicus Coiled-coil domain-containing protein 86 (Cytokine-induced proteinswith coiled-coil domain).; SW:Q5XIB5
9JC8.4JC8.4n/achrIV 13,243,908contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR016192 (APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding), IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
10fbxb-34W08F4.2n/achrII 589,015This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
11str-83B0213.7n/achrV 3,978,022C. elegans STR-83 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12srx-48T26H8.2n/achrV 15,303,024C. elegans SRX-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
13C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
14srw-142H05B21.3n/achrV 2,957,658C. elegans SRW-142 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
15F09F9.3F09F9.3n/achrX 4,120,310
16srbc-13K09C6.5n/achrV 847,788C. elegans SRBC-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17F35G12.7F35G12.7n/achrIII 4,586,958contains similarity to Pfam domain PF03091 CutA1 divalent ion tolerance protein contains similarity to Interpro domains IPR004323 (Divalent ion tolerance protein, CutA1), IPR011322 (Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta)
18C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
19F59D12.3F59D12.3n/achrX 15,649,663contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
20F47B7.3F47B7.3n/achrX 3,763,711contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
21srh-55T09F5.5n/achrV 15,154,261C. elegans SRH-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22srw-112K12D9.9n/achrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
23fbxb-106F29A7.1n/achrII 2,763,216This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
24srz-53Y102A5C.23n/achrV 16,977,768C. elegans SRZ-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
25R13.2R13.2n/achrIV 10,826,996contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
26clec-11C54C8.7n/achrI 12,460,190C. elegans CLEC-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
27F26D2.15F26D2.15n/achrV 16,438,363contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
28C49F5.3C49F5.3n/achrX 11,983,268contains similarity to Phytophthora infestans SECY-independent transporter protein.; TR:Q9T238
29nhr-155C14C6.4n/achrV 540,344C. elegans NHR-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30srg-9T12A2.10n/achrIII 6,256,061C. elegans SRG-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
31ver-1T17A3.1n/achrIII 160,182C. elegans VER-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR009134 (Vascular endothelial growth factor receptor, VEGFR, N-terminal), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR013151 (Immunoglobulin)
32acr-9C40C9.2n/achrX 13,644,544acr-9 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors.
33fkh-10C25A1.2n/achrI 10,164,375fkh-10 encodes one of 15 forkhead transcriptional regulators encoded by the C. elegans genome; by homology, FKH-10 is predicted to function as a transcription factor that regulates gene expression during development; however, as loss of fkh-10 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of FKH-10 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; nevertheless, reporter gene studies indicate that throughout larval and adult stages, fkh-10 expression is detected almost exclusively in six pairs of neuronal nuclei near the terminal bulb of the pharynx, suggesting that FKH-10 may have a specific function in neuronal differentiation.
34C09G12.1C09G12.1n/achrIV 3,503,022C09G12.1 encodes a paired-like homeodomain protein of the K50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
35F58D12.1F58D12.1n/achrV 14,052,371contains similarity to White spot syndrome virus Wsv359 (WSSV418).; TR:Q8VAP2
36F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
37M110.3M110.3n/achrII 8,215,496contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
38F58E6.6F58E6.6n/achrV 9,752,440contains similarity to Monosiga brevicollis MBCTL1 (Fragment).; TR:Q7YZI0
39tax-2F36F2.5n/achrI 9,023,241tax-2 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CNG-CHANNEL BETA SUBUNIT (CNGB1; OMIM:600724), which when mutated leads to disease.
40M151.3M151.3n/achrII 3,629,023contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Girdin; ENSEMBL:ENSP00000263630
41srg-16F15A4.4n/achrII 12,468,465C. elegans SRG-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
42mls-1H14A12.4n/achrIII 7,461,052mls-1 encodes a T-box transcription factor orthologous to members of the Tbx1 subfamily of T-box transcription factors (OMIM:602054, mutations in human TBX1 are associated with the developmental disorder DiGeorge syndrome (DGS)/velocardiofacial syndrome (VCFS)); MLS-1 is required for fate specification of the eight nonstriated uterine muscle cells generated during postembryonic development, and ectopic expression of MLS-1 is sufficient for uterine muscle specification in other mesodermal lineages; mls-1 reporter gene expression is detected in uterine progenitors and differentiated uterine muscles, Type 2 vulval muscles, the left and right intestinal muscles, and the anal depressor muscle; mls-1 expression is positively regulated by the basic helix-loop-helix transcription factors HLH-8/Twist and HLH-2/Daughterless.
43srd-21W06G6.3n/achrV 16,630,499C. elegans SRD-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44C06E4.5C06E4.5n/achrIV 7,255,611contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
45sri-37D2062.2n/achrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46sre-56C50E10.8n/achrII 12,326,444C. elegans SRE-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR002090 (Na+/H+ exchanger, isoform 6 (NHE6)), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
47C47F8.4C47F8.4n/achrI 12,317,914contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
48fbxb-111F08D12.11n/achrII 2,774,479This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
49F02E11.4F02E11.4n/achrII 3,276,774contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
50str-229C17E7.11n/achrV 3,901,512C. elegans STR-229 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)