UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1tps-2F19H8.10chrII 14,605,629tps-2 encodes one of two trehalose-6-phosphate synthase proteins in C. elegans, and RNAi of both enzymes leads to a more than 90% reduction decrease in trehalose levels, but does not appear to affect viability or development; the tps-2 mRNA is expressed throughout development.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3D2096.10D2096.10n/achrIV 8,388,092
4gcy-12F08B1.2n/achrII 5,314,665gcy-12 encodes a membrane guanylyl cyclase; a gcy-12::GFP reporter is expressed in the PHA neurons as well as in a number of head sensory neurons including AFD, AWC, and ASE; when expressed in COS-M6 cells, GCY-12 exhibits temperature-dependent guanylyl cyclase activity.
5F52F10.3F52F10.3n/achrV 1,540,095contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
6F57G4.5F57G4.5n/achrV 17,642,359contains similarity to Mus musculus Dentin sialophosphoprotein precursor (Dentin matrix protein-3) (DMP-s3) [Contains: Dentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP);sDentin sialoprotein (DSP)].; SW:DSPP_MOUSE
7K10C9.7K10C9.7n/achrV 1,066,687
8C38D4.7C38D4.7n/achrIII 4,810,559contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
9ncr-1F02E8.6n/achrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
10F01D4.3F01D4.3n/achrIV 10,474,640contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR005819 (Histone H5), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
11F21H7.2F21H7.2n/achrV 16,228,334contains similarity to Homo sapiens Neurofilament heavy polypeptide; ENSEMBL:ENSP00000311997
12Y113G7A.13Y113G7A.13n/achrV 20,143,831contains similarity to Pfam domain PF01431 Peptidase family M13 contains similarity to Interpro domains IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000718 (Peptidase M13, neprilysin)
13F42G2.2F42G2.2n/achrII 2,423,776contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
14F23C8.8F23C8.8n/achrI 2,431,177contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
15C43G2.4C43G2.4n/achrIV 6,562,982contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
16B0457.4B0457.4n/achrII 8,911,392contains similarity to Bacteriophage phi-C31 Gp21.; TR:Q9ZX87
17C01B12.4C01B12.4n/achrII 7,948contains similarity to Interpro domain IPR005178 (Protein of unknown function DUF300)
18ZK930.5ZK930.5n/achrII 11,882,963contains similarity to Methanobacterium thermoautotrophicum Phosphoserine phosphatase.; TR:O27663
19C32H11.9C32H11.9n/achrIV 12,935,630contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
20C44F1.2C44F1.2n/achrIII 3,769,375contains similarity to Pfam domains PF01342 (SAND domain) , PF02178 (AT hook motif) contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR010919 (SAND-like), IPR000770 (SAND)
21kcc-3K02A2.3n/achrII 7,428,601C. elegans KCC-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR000076 (K-Cl co-transporter), IPR004841 (Amino acid permease-associated region)
22C49G7.1C49G7.1n/achrV 4,057,600contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR001357 (BRCT)
23Y41C4A.1Y41C4A.1n/achrIII 11,648,712contains similarity to Oryza sativa Putative aspartate kinase.; TR:Q851Z6
24F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
25C14B1.3C14B1.3n/achrIII 3,704,316This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
26R09E10.3R09E10.3n/achrIV 10,312,202contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
27D2045.5D2045.5n/achrIII 10,468,691contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
28ubc-23C28G1.1n/achrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
29W03F9.3W03F9.3n/achrV 132,775
30T10E9.6T10E9.6n/achrI 6,529,637contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
31W01D2.3W01D2.3n/achrII 14,802,515contains similarity to Haemophilus influenzae Electron transport complex protein rnfD.; SW:RNFD_HAEIN
32K09F6.4K09F6.4n/achrII 2,263,817contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
33C48E7.8C48E7.8n/achrI 6,267,364contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
34C33E10.6C33E10.6n/achrX 17,268,242contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q227I5
35F28H1.5F28H1.5n/achrI 3,979,010
36C49A1.2C49A1.2n/achrI 14,210,845contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
37W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705
38F16H6.3F16H6.3n/achrV 18,196,549contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39Y37D8A.8Y37D8A.8n/achrIII 12,867,161contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
40F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
41F46B6.10F46B6.10n/achrV 9,801,717contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; TR:Q96QJ8
42Y116A8C.38Y116A8C.38n/achrIV 17,132,537contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
43W01B6.4W01B6.4n/achrIV 10,075,527contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000173 (Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase)
44F58G1.9F58G1.9n/achrII 12,924,971contains similarity to Homo sapiens Adapter-related protein complex 4 mu 1 subunit; SW:O00189
45R07E5.6R07E5.6n/achrIII 4,399,849contains similarity to Interpro domains IPR005432 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 2 subunit), IPR009149 (BR22)
46Y54E2A.5Y54E2A.5n/achrII 14,756,797
47fbxa-96H03G16.4n/achrX 15,059,361This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
48F19C7.5F19C7.5n/achrIV 4,596,309
49W05B5.1W05B5.1n/achrI 13,043,893contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Homolog of human WASP, proline-rich protein; SGD:YOR181W
50ZK892.5ZK892.5n/achrII 10,008,728contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)