UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srt-43F18E2.40chrV 12,770,035C. elegans SRT-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F14F9.4F14F9.4n/achrV 5,134,905contains similarity to Interpro domain IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
4fbxa-144F44G3.8n/achrV 16,132,206This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
5F35C5.3F35C5.3n/achrII 12,889,520contains similarity to Interpro domains IPR004829 (Cell surface antigen), IPR011004 (Trimeric LpxA-like)
6fbxb-11F45C12.5n/achrII 1,725,771This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
7F14F9.2F14F9.2n/achrV 5,145,296contains similarity to Homo sapiens Acidic repeat-containing protein; ENSEMBL:ENSP00000362799
8inx-3F22F4.2n/achrX 5,997,159C. elegans INX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
9nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10str-160ZK697.10n/achrV 1,735,727C. elegans STR-160 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11lips-6ZK617.2n/achrIV 12,014,941C. elegans LIPS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domains IPR002918 (Lipase, class 2), IPR008262 (Lipase, active site)
12F54H5.5F54H5.5n/achrII 6,625,330
13Y9D1A.1Y9D1A.1n/achrII 7,447,545
14C41H7.5C41H7.5n/achrII 3,003,154contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
15C31H5.6C31H5.6n/achrI 9,045,096contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
16F53A9.3F53A9.3n/achrX 8,708,808
17ZC204.14ZC204.14n/achrII 1,662,200
18srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19lgc-49K10D6.1n/achrV 11,192,427C. elegans LGC-49 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR001390 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit), IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
20C50B6.9C50B6.9n/achrV 13,337,122contains similarity to Rattus norvegicus Abhydrolase domain-containing protein 10, mitochondrial precursors(EC 3.4.-.-).; SW:Q5I0K5
21C40A11.3C40A11.3n/achrII 2,142,086contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
22F53B3.5F53B3.5n/achrX 2,876,207F53B3.5 encodes a claudin homolog that may regulate ion channels; F53B3.5 is distantly similar to mammalian voltage-dependent calcium channel gamma subunits that are known or suspected to prevent epilepsy in vivo (e.g., stargazin; MGI:1316660); F53B3.5 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
23tsp-3Y39E4B.4n/achrIII 13,213,403C. elegans TSP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domain IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
24F28G4.2F28G4.2n/achrV 16,281,423contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
25rnp-2K08D10.4n/achrIV 4,173,038rnp-2 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-2/U1A, which associates with U1 snRNPs; rnp-2 is coexpressed with rnp-3, dnj-15, and K08D10.12 in an operon; RNP-2 and RNP-3 are paralogs with ~50% identity that are more closely related to one another than to non-nematode orthologs; despite their association with distinct snRNPs, RNP-2 and RNP-3 are functionally interchangeable in vivo; either rnp-2(RNAi) or rnp-3(ok1424) animals are viable, with only rpn-2(RNAi) rpn-3(ok1424) animals showing lethality; moreover, RNAi against only RNP-3 causes RNP-2 to associate with RNP-3's normal U2 snRNP partners.
26dnj-23T24H10.3n/achrII 9,107,885This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
27W03B1.7W03B1.7n/achrIV 4,337,935contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
28T06C12.11T06C12.11n/achrV 15,893,552contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29cyp-33C3F41B5.4n/achrV 2,243,821C. elegans CYP-33C3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
30srb-11F23F12.10n/achrIII 6,492,077C. elegans SRB-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
31btb-11M01D1.3n/achrII 1,024,269C. elegans BTB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
32C26C6.6C26C6.6n/achrI 7,506,305contains similarity to Pfam domain PF00412 LIM domain contains similarity to Interpro domain IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
33fbxa-103F09C3.4n/achrI 14,288,863This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
35K01A2.9K01A2.9n/achrII 316,397contains similarity to Interpro domain IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
36ZK550.3ZK550.3n/achrIV 17,252,502contains similarity to Pfam domain PF01432 Peptidase family M3 contains similarity to Interpro domain IPR001567 (Peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F)
37K05C4.9K05C4.9n/achrI 14,728,785contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat
38sra-2AH6.6n/achrII 9,529,242C. elegans SRA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
39F31D5.4F31D5.4n/achrII 4,179,466contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
40F14B4.1F14B4.1n/achrI 9,268,427contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
41F29D11.2F29D11.2n/achrI 7,637,136contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
42F16C3.1F16C3.1n/achrI 10,148,621contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001955 (Pancreatic hormone), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
43C54F6.5C54F6.5n/achrV 7,529,245
44C25H3.1C25H3.1n/achrII 5,700,590contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
45ZK287.1ZK287.1n/achrV 9,668,349contains similarity to Interpro domain IPR006560 (AWS)
46sru-15T02D1.3n/achrIV 17,396,805C. elegans SRU-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
47F56C3.4F56C3.4n/achrX 1,360,874
48fbxb-46K05F6.9n/achrII 1,570,610This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
49tag-50M176.1n/achrII 9,413,277tag-50 encodes a predicted member of the arrestin family.
50Y44A6C.2Y44A6C.2n/achrV 20,718,374contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I380