UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mec-10F16F9.50chrX 8,467,984The mec-10 gene encodes an amiloride-sensitive Na+ channel protein (degenerin) required to sense gentle mechanical stimuli (e.g. touch) along the body wall; it is paralogous to mec-4, which has similar function in vivo.
2rom-3Y116A8C.14n/achrIV 16,967,844C. elegans ROM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domain IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid)
3twk-20C40C9.1n/achrX 13,640,987C. elegans TWK-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR003938 (Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
4Y50F7A.2Y50F7A.2n/achrII 1,183,626
5T05B4.10T05B4.10n/achrV 4,120,294contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
6srh-112T19C9.2n/achrV 17,225,620C. elegans SRH-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7T26G10.3T26G10.3n/achrIII 9,413,048contains similarity to Pfam domain PF01282 Ribosomal protein S24e contains similarity to Interpro domain IPR001976 (Ribosomal protein S24e)
8Y49F6C.7Y49F6C.7n/achrII 3,367,722
9C18G1.8C18G1.8n/achrV 4,765,470contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
10H36L18.1H36L18.1n/achrX 12,650,135contains similarity to Pfam domains PF00413 (Matrixin) , PF00045 (Hemopexin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
11R03H4.1R03H4.1n/achrV 9,018,100contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
12W02D9.8W02D9.8n/achrI 12,558,734contains similarity to Interpro domain IPR004692 (Preprotein translocase SecG subunit)
13Y116A8B.5Y116A8B.5n/achrIV 17,228,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14H42K12.2H42K12.2n/achrX 1,319,512
15rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
16F09C11.1F09C11.1n/achrIV 543,658
17F43C1.5F43C1.5n/achrIII 4,229,767contains similarity to Pfam domain PF02845 CUE domain contains similarity to Interpro domains IPR003892 (Ubiquitin system component Cue), IPR009060 (UBA-like)
18srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19F57E7.1F57E7.1n/achrV 16,481,775contains similarity to Bos taurus Enoyl-CoA hydratase precursor (EC 4.2.1.17) (Fragment).; TR:Q95KZ6
20dmd-3Y43F8C.10n/achrV 19,652,807C. elegans DMD-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
21Y41E3.11Y41E3.11n/achrIV 15,045,860contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
22str-149Y32B12B.5n/achrV 16,574,182C. elegans STR-149 protein ;
23srx-118T21B4.12n/achrII 12,526,763C. elegans SRX-118 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
24C26B2.5C26B2.5n/achrIV 8,040,889
25C31E10.3C31E10.3n/achrX 13,987,732contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
26sod-5ZK430.3n/achrII 4,418,355C. elegans SOD-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00080 Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) contains similarity to Interpro domain IPR001424 (Superoxide dismutase, copper/zinc binding)
27F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
28C46F11.4C46F11.4n/achrIII 3,661,086contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
29srh-298Y94A7B.5n/achrV 17,819,902C. elegans SRH-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30Y54E2A.2Y54E2A.2n/achrII 14,750,101contains similarity to Interpro domain IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
31Y37H2C.4Y37H2C.4n/achrV 18,271,444contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32C50H11.17C50H11.17n/achrV 3,097,908contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
33E02H9.4E02H9.4n/achrIII 2,457,255contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
34Y7A5A.2Y7A5A.2n/achrX 15,772,148contains similarity to Aquifex aeolicus Hypothetical protein AQ_372.; SW:Y372_AQUAE
35srj-22F28H7.1n/achrV 10,743,082C. elegans SRJ-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36rps-8F42C5.8n/achrIV 7,313,435rps-8 encodes a small ribosomal subunit S8 protein; by homology, RPS-8 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-8 activity is required for germline development and the overall health of the animal.
37R11.3R11.3n/achrX 16,198,339contains similarity to Haemophilus influenzae Hypothetical protein HI0386.; SW:YBGC_HAEIN
38zyg-8Y79H2A.11n/achrIII 12,066,888The zyg-8 gene encodes a protein with a doublecortin-like domain and a protein kinase domain; mutations of zyg-8 impair mitosis at the one-cell embryonic stage, which is normally asymmetrical, but which fails to show proper asymmetry in zyg-8 mutant embryos.
39F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
40F38C2.1F38C2.1n/achrIV 16,249,570contains similarity to Carnobacterium piscicola ATP-dependent translocator.; TR:Q46317
41srw-103ZK697.5n/achrV 1,718,354C. elegans SRW-103 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42elp-1F38A6.2n/achrV 20,762,946elp-1 encodes a WD repeat-containing protein that is the sole C. elegans EMAP (echinoderm microtubule-associated protein) homolog; ELP-1 binds microtubules in vitro, but as loss of ELP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ELP-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; ELP-1 is expressed in many tissues, including body wall muscle, male-specific sex muscles, the vulva, spermatheca, sensory neurons, and intestinal cells.
43str-129F58G4.5n/achrV 8,091,709C. elegans STR-129 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44C23H5.1C23H5.1n/achrIV 2,132,010contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
45hlh-29F31A3.4n/achrX 17,548,141C. elegans HLH-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
46nrd-1D1007.7n/achrI 4,600,304C. elegans NRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR008942 (ENTH/VHS), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
47R08C7.11R08C7.11n/achrIV 4,454,848
48Y39A1A.17Y39A1A.17n/achrIII 10,688,996contains similarity to Interpro domain IPR001611 (Leucine-rich repeat)
49srsx-30C51E3.5n/achrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50W04G5.8W04G5.8n/achrI 11,650,893contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)