UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ser-5F16D3.70chrI 8,385,819F16D3.7 encodes a homolog of mammalian alpha-adrenergic receptors that is expressed in vulval and bodywall muscle cells, intestine, and head neurons; heterologously expressed F16D3.7 has no effect on adenylate cyclase signalling; F16D3.7 has no obvious function in RNAi assays of brood size, egg laying, pharyngeal pumping, locomotion, or male mating.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ncs-3K03E6.3n/achrX 1,055,449ncs-3 encodes a neuronal calcium sensor (NCS) protein with no obvious null phenotype.
4F58H1.4F58H1.4n/achrV 11,937,362contains similarity to Interpro domain IPR006207 (Cystine knot, C-terminal)
5D2085.7D2085.7n/achrII 8,647,166
6fbxa-10T12B5.3n/achrIII 953,160This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
7clec-182C33D9.2n/achrIV 8,797,600C. elegans CLEC-182 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8F56F10.2F56F10.2n/achrX 861,193contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
9C11G10.2C11G10.2n/achrX 15,142,124contains similarity to Homo sapiens Thyroid hormone receptor-associated protein complex 240 kDa component; ENSEMBL:ENSP00000262436
10egl-36R07A4.1n/achrX 10,739,267egl-36 encodes a Shaw-type voltage-gated potassium channel that regulates egg laying and defecation; expression of egl-36::gfp reporters is observed in several different cell types including muscle cells such as the uterine and vulval egg-laying muscles, sensory, motor and interneurons, and the distal tip cells of the gonad; when expressed in a heterologous system, EGL-36 exhibits channel activity.
11M60.6M60.6n/achrX 8,250,273
12cdk-2K03E5.3n/achrI 3,411,552C. elegans CDK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
13F45E1.2F45E1.2n/achrX 8,003,850
14Y48A6C.1Y48A6C.1n/achrIII 11,104,510contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
15F57B7.2F57B7.2n/achrV 11,442,786contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
16kqt-3Y54G9A.3n/achrII 13,704,530kqt-3 encodes one of three C. elegans KCNQ-like potassium channel subunits and, with respect to humans, is most similar to the KCNQ1 channel protein which when mutated leads to inherited long QT syndrome (OMIM:607542); although loss of KQT-3 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, KQT-3 likely functions to regulate cellular excitability as expression of KQT-3 in Xenopus oocytes can produce K+ channel currents that functionally resemble vertebrate M-currents; activity of these KQT-3 channels can be suppressed by coexpression with the human M1 muscarinic receptor and treatment with diacylglycerol analogs, although KQT-3 is less sensitive to each of these treatments than KQT-1; a KQT-3::GFP fusion protein is expressed in the anterior- and posterior-most intestinal cells, the anterior and posterior mechanosensory neurons ALM and PLM, amphid and phasmid neurons, and in some additional head neurons.
17C28F5.4C28F5.4n/achrII 7,521,547contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
18nhr-176F14H3.11n/achrV 16,072,040C. elegans NHR-176 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19T07F12.3T07F12.3n/achrX 4,887,726contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
20F54F7.7F54F7.7n/achrX 11,868,588contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
21C07G3.2C07G3.2n/achrV 3,524,079contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
22F08G12.3F08G12.3n/achrX 11,301,106contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I5Q0
23pgp-10C54D1.1n/achrX 7,162,476pgp-10 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-10 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-10 activity via RNAi results in no obvious defects, the exact role of pgp-10 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-10 promoter-gfp fusion proteins are expressed in larvae and adults in the intestine and hypodermis.
24ceh-24F55B12.1n/achrV 13,814,273ceh-24 is orthologous to the human gene SIMILAR TO THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 (TITF1; OMIM:600635), which when mutated leads to disease.
25nlr-1F20B10.1n/achrIV 12,174,554C. elegans NLR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF02210 (Laminin G domain) (2), PF00054 (Laminin G domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR001791 (Laminin G), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR012680 (Laminin G, subdomain 2), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase), IPR012679 (Laminin G, subdomain 1)
26F02H6.7F02H6.7n/achrIV 14,227,256contains similarity to Interpro domain IPR000884 (Thrombospondin, type I)
27K08B4.5K08B4.5n/achrIV 6,087,860contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR001019 (Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit)
28fbxa-23T12B5.13n/achrIII 948,457C. elegans FBXA-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
29srh-174F40D4.1n/achrV 17,179,348C. elegans SRH-174 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30F23D12.1F23D12.1n/achrX 14,425,936contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE1252.; TR:Q8XKZ0
31M01F1.7M01F1.7n/achrIII 3,525,420M01F1.7 encodes a phosphatidylinositol transfer protein, with a C-terminal DDHD domain, that is orthologous to RETINAL DEGENERATION B (RDGB) in D. melanogaster, as well as other orthologs in mammals (NIR1-3); M01F1.7 is expressed in the egg membrane, the germline, the spermatheca and three pairs of head neurons; while M01F1.7 would be expected to mediate PIP(2) signalling in either neuronal function or cytokinesis, it has not yet had a published mutant phenotype, and has no obvious function in mass RNAi assays.
32F23F1.3F23F1.3n/achrII 32,686
33F35E8.2F35E8.2n/achrV 15,906,320contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2DZ81
34F52F10.1F52F10.1n/achrV 1,560,979
35K02E10.5K02E10.5n/achrX 2,477,930
36srxa-16F44G3.5n/achrV 16,113,637C. elegans SRXA-16 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
37T08B6.2T08B6.2n/achrIV 4,895,590
38Y54E2A.1Y54E2A.10.0000000003chrII 14,736,737contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39K09F6.6K09F6.6n/achrII 2,277,012
40tag-224B0496.8n/achrIV 7,450,248tag-224 encodes an ortholog of Drosophila CG6522-PA and of human LMCD1 and TESTIN; TAG-224 is dispensable for Wnt-directed planar cell polarity and the fully asymmetrical division of B.a versus B.p cells.
41K08F9.3K08F9.3n/achrV 15,143,291contains similarity to Pfam domains PF00168 (C2 domain) (3), PF08165 (FerA (NUC095) domain) , PF08150 (FerB (NUC096) domain) contains similarity to Interpro domains IPR012561 (FerB), IPR006614 (Dysferlin, C-terminal), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR012560 (FerA), IPR006613 (Dysferlin, N-terminal), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
42C39H7.4C39H7.4n/achrIV 5,613,304
43srh-208C43D7.6n/achrV 19,317,895This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
44M04C9.4M04C9.4n/achrI 9,356,115contains similarity to Bos taurus Osteopontin precursor (Bone sialoprotein 1).; SW:OSTP_BOVIN
45C38C3.6C38C3.6n/achrV 1,485,347contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
46ZK856.6ZK856.6n/achrV 10,199,178contains similarity to Ralstonia solanacearum Composite TWO-component regulatory (Sensor kinase and responsesregulator hybrid) transcription regulator protein.; TR:Q8XWL8
47dgk-5K06A1.6n/achrII 6,462,041dgk-5 encodes a putative diacylglycerol kinase, orthologous to Drosophila RDGA, and to human DGKI (OMIM:604072) and DGKZ (OMIM:601441); DGK-5 has no obvious function in mass RNAi assays.
48M6.4M6.4n/achrX 631,028
49M163.5M163.5n/achrX 14,475,017contains similarity to Interpro domain IPR008995 ()
50F52H2.1F52H2.1n/achrX 2,574,893