UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-13F15H10.28e-61chrV 10,421,363col-13 encodes a collagen which is expressed in all stages of development, like sqt-3 (col-1), col-3, col-10, col-11, col-12, and col-14; collagen genes with this expression profile may be specifically required to construct the L1 cuticle (and, perhaps, less specifically required for cuticles at other stages); the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-13 are most closely related to those of COL-6, COL-12, COL-14, COL-36, and COL-40.
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3col-92W05B2.60.0000007chrIII 10,982,591C. elegans COL-92 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4col-159F57B1.38e-48chrV 13,198,753C. elegans COL-159 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR001419 (HMW glutenin), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
5ZK512.7ZK512.7n/achrIII 9,138,295
6col-94W05B2.10.0000002chrIII 10,987,216C. elegans COL-94 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
8col-39C09G5.4n/achrII 10,705,382col-39 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-39 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-35.
9col-93W05B2.50.0000007chrIII 10,984,961C. elegans COL-93 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
10him-3ZK381.1n/achrIV 6,978,215him-3 encodes a homolog of the S. cerevisiae HOP1 protein which is required for the formation of the synaptonemal complex during meiosis; him-3 is required for synapsis and chiasma formation during meiotic recombination and for chromosome segregation; him-3 mutants show a high frequency of males in the population as well as a high frequency of arrested embryos due to defects in X-chromosome segregation; HIM-3 localizes to the meiotic chromosome associating with both unsynapsed and synapsed chromosomes.
11glh-1T21G5.3n/achrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
12H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
13T26E4.9T26E4.9n/achrV 15,799,338contains similarity to Mus musculus Insulin-like growth factor binding protein 1 precursor (IGFBP-1)s(IBP-1) (IGF-binding protein 1).; SW:IBP1_MOUSE
14iff-1T05G5.10n/achrIII 9,746,429iff-1 encodes an eIF-5A homolog that affects fertility and is required for germ cell proliferation and for some P granule components to localize properly; expression is germline specific and mRNA is expressed in the distal region of gonads where germ cells actively proliferate.
15col-19ZK1193.1n/achrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
16col-62C15A11.6n/achrI 7,403,843C. elegans COL-62 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
17R13H4.3R13H4.3n/achrV 11,834,560contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
18F32D1.2F32D1.2n/achrV 4,346,245contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
19col-146T06E4.6n/achrV 9,630,449C. elegans COL-146 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
20tyr-2K08E3.1n/achrIII 13,745,634C. elegans TYR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
21F55H12.4F55H12.4n/achrI 8,893,719contains similarity to Brugia malayi 24 kDa secreted protein.; TR:O76497
22F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
23col-80C09G5.5n/achrII 10,707,668C. elegans COL-80 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
24col-130F08G5.4n/achrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
25T21B10.4T21B10.4n/achrII 8,941,726
26F23F1.2F23F1.2n/achrII 34,690contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
27ttr-14T05A10.3n/achrX 10,788,525C. elegans TTR-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domains IPR001534 (Transthyretin-like), IPR000533 (Tropomyosin)
28plk-3F55G1.8n/achrIV 7,472,120C. elegans PLK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00659 (POLO box duplicated region) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR017450 (POLO box), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000959 (POLO box duplicated region)
29syp-2C24G6.1n/achrV 5,537,191C. elegans SYP-2 protein ;
30cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
31F49F1.5F49F1.5n/achrIV 4,119,922contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
32col-143T15B7.3n/achrV 6,836,152C. elegans COL-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
33R06C7.1R06C7.1n/achrI 7,237,084contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
34F11E6.3F11E6.3n/achrIV 17,471,246contains similarity to Interpro domain IPR009148 (Streptococcal non-M secreted SibA)
35col-133F52B11.40.000003chrIV 14,098,828C. elegans COL-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
36lys-4F58B3.1n/achrIV 11,622,253C. elegans LYS-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
37cyp-35A1C03G6.14n/achrV 7,360,867C. elegans CYP-35A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR001756 (ATPase, P-type copper-transporter)
38F35B3.4F35B3.4n/achrX 17,020,129contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
39col-91F09G8.6n/achrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
40C10G11.9C10G11.9n/achrI 6,274,923contains similarity to Urechis caupo Sperm acrosomal protein.; TR:A4GND9
41F30A10.4F30A10.4n/achrI 9,485,166contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
42rnh-1.3C04F12.9n/achrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
43col-154F55C10.20.000000002chrV 11,385,847C. elegans COL-154 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44col-155F55C10.30.000000002chrV 11,389,359C. elegans COL-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
45C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
46klp-16C41G7.2n/achrI 9,513,594klp-16 encodes a C-terminal motor kinesin orthologous to the Drosophila melanogaster Ncd and Saccharomyces cerevisiae Kar3; however KLP-16 along with KLP-3, KLP-15 and KLP-17 form an unique subgroup based on amino acid sequence and secondary structure analysis; klp-16 is involved in development of the nervous system in embryos and in chromosome segregation; in situ RNA hybridization experiments indicate that klp-16 is localized in the anterior nervous system in the head region of late embryos.
47col-179C34F6.30.000000007chrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
48col-157T11F9.90.000000004chrV 11,484,503C. elegans COL-157 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
49col-150B0024.2n/achrV 10,294,098C. elegans COL-150 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
50F54D5.4F54D5.4n/achrII 11,570,295contains similarity to Haemonchus contortus NIM-2 protein.; TR:Q4QYX5