UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1F15B9.8F15B9.81.9999999999999998e-86chrV 12,990,344contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F01D5.6F01D5.6n/achrII 14,007,416contains similarity to Pfam domain PF04536 Domain of unknown function (DUF477) contains similarity to Interpro domain IPR007621 (Protein of unknown function DUF477)
4F53B1.4F53B1.4n/achrX 2,112,426contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF04321 (RmlD substrate binding domain) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) , PF02719 (Polysaccharide biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR003869 (Polysaccharide biosynthesis protein CapD), IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR005913 (dTDP-4-dehydrorhamnose reductase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
5T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
6W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
7pqn-46F57B9.9n/achrIII 6,943,249The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
8C32H11.5C32H11.5n/achrIV 12,923,920contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
9Y37A1B.7Y37A1B.7n/achrIV 14,043,158
10lips-9F58G1.5n/achrII 12,934,548C. elegans LIPS-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
11W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
12sqt-3F23H12.4n/achrV 12,353,631sqt-3 encodes a cuticle collagen; during development, sqt-3 activity is essential for viability and normal body morphology; genetic and expression studies indicate that SQT-3 is a cuticle component at all stages of development and that SQT-3 likely forms higher order cuticular structures with the DPY-17 cuticular collagen, both of which are candidate substrates for the DPY-31 procollagen C-proteinase.
13dpy-2T14B4.6n/achrII 6,715,073The dpy-2 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for maintaining the normal body length of the animal in later larval stages; dpy-2 interacts with other cuticular collagens such as dpy-10 and sqt-1, and suppresses mutations in glp-1, mup-1, and emb-5.
14F09F9.2F09F9.2n/achrX 4,110,914
15grl-10C26F1.5n/achrV 7,775,086grl-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
16grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
17osr-1C32E12.3n/achrI 5,201,845C. elegans OSR-1 protein ; contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Uncharacterized protein C29E6.10c.; SW:Q09863
18F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
19F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20R02F11.1R02F11.1n/achrV 4,801,848contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
21dpy-7F46C8.6n/achrX 7,537,167dpy-7 encodes a cuticular collagen; DPY-7 functions as a structural constituent of the extracellular cuticle whose activity is required for normal cuticular morphology and hence, proper body form.
22ZK154.1ZK154.1n/achrX 7,780,026contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
23K08B12.1K08B12.1n/achrV 6,260,074contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
24wrt-1ZK1290.12n/achrII 7,532,133C. elegans WRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01079 Hint module contains similarity to Interpro domains IPR003586 (Hedgehog/intein hint domain, C-terminal), IPR001657 (Peptidase C46, hedgehog protein), IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site), IPR006141 (Intein splicing site), IPR003587 (Hedgehog/intein hint, N-terminal), IPR001767 (Peptidase C46, hedgehog protein, hint region)
25T26C5.2T26C5.2n/achrII 9,234,631contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
26sym-1C44H4.3n/achrX 14,582,934sym-1 encodes a protein containing 15 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) that functionally overlaps with sym-5 and interacts with mec-8 with respect to embryonic viability and attachment of body muscle to the extracellular cuticle; expression begins at the time of embryonic elongation and SYM-1 is secreted from the apical hypodermal surface of the embryo
27wrt-2F52E4.6n/achrX 3,093,375wrt-2 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-2 is expressed in seam cells and hypodermal syncytia; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-2 is weakly required for normal molting; WRT-2 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking; in two-hybrid assays, WRT-2 binds EYA-1, which may parallel the derepression of Drosophila eyes absent by HEDGEHOG.
28C32D5.12C32D5.12n/achrII 6,357,672contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) contains similarity to Interpro domains IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
29F58H1.2F58H1.2n/achrV 11,929,524contains similarity to Lycopersicon esculentum Abscisic acid and environmental stress inducible protein TAS14s(Dehydrin TAS14).; SW:DH14_LYCES
30phg-1F27E5.4n/achrII 10,138,351C. elegans PHG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02351 GDNF/GAS1 domain contains similarity to Interpro domain IPR016017 (GDNF/GAS1)
31F49E12.6F49E12.6n/achrII 8,414,691The F49E12.6 gene encodes a protein with two E2F domains that may be involved in apoptosis.
32C06A6.5C06A6.5n/achrIV 7,833,492contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
33D1005.5D1005.5n/achrX 1,471,940
34ptr-1C24B5.3n/achrV 9,179,855ptr-1 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; individually, PTR-1 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; however, PTR-1, in conjunction with either PTR-16 alone or with PTR-6 and PTR-10, is strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 or triple ptr-1/-6/-10 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, locomotion, and male tail development.
35C15C6.1C15C6.1n/achrI 12,202,933contains similarity to Caulobacter crescentus Hypothetical protein CC0499.; TR:Q9AAU5
36R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37ZC123.1ZC123.1n/achrI 839,873contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
38K01A2.5K01A2.5n/achrII 303,020contains similarity to Pfam domain PF00561 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
39M153.1M153.1n/achrX 12,147,684contains similarity to Pfam domains PF03807 (NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent) , PF01210 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR011128 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
40F18C5.5F18C5.5n/achrII 6,566,049contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR002373 (cAMP/cGMP-dependent protein kinase)
41F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
42D2092.8D2092.8n/achrI 6,620,974contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
43F30A10.2F30A10.2n/achrI 9,479,884contains similarity to Staphylococcus aureus ATP-depentend DNA helicase.; TR:Q8NVT1
44lgc-22F15E6.2n/achrIV 4,302,863C. elegans LGC-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
45F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
46noah-2F52B11.3n/achrIV 14,093,906noah-2 encodes a PAN and ZP domain-containing protein that is related to the Drosophila extracellular matrix component NompA (no-mechanoreceptor-potential A); loss of noah-2 function via RNAi indicates that NOAH-2 activity is essential for molting; in addition, NOAH-2 appears to be required for embryonic and larval development, reproduction, coordinated locomotion, and the overall health of the animal.
47ZC13.3ZC13.3n/achrX 885,679contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
48T13H5.3T13H5.3n/achrII 8,522,122contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR001002 (Chitin-binding, type 1)
49fkb-4ZC455.10n/achrV 12,786,120fkb-4 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-4 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and in part, through the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-4 could play a role in metabolism and longevity; as loss of FKB-4 function via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-4 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
50zbed-6F25H8.6n/achrIV 9,919,215zbed-6 encodes a protein that contains a BED-type zinc finger domain; loss of zbed-6 activity in large-scale RNAi screens indicates that zbed-6 is required for larval development.