UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1efn-3F15A2.53e-78chrX 13,476,463efn-3 encodes a potential GPI-modified ephrin that is, with EFN-2, is required for normal epidermal organization in the male tail; EFN-3, along with EFN-1 and EFN-2, activates the VAB-1 tyrosine kinase in vivo and binds it in vitro, and has a minor role in embryonic epiboly.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4fbxa-108F59A1.7n/achrV 17,657,524This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
5ZK1248.15ZK1248.15n/achrII 5,837,633contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
6tbg-1F58A4.8n/achrIII 9,627,816tbg-1 encodes gamma-tubulin; in C. elegans, tbg-1 activity is essential and is required for normal bipolar spindle assembly and function, as well as the fast phase of female pronuclear migration following fertilization; while tbg-1 is required for proper organization and function of kinetochore and interpolar microtubules, it does not appear to be absolutely required for microtubule nucleation and growth; TBG-1 localizes to centrosomes in both interphase and mitotic cells, exhibiting a dynamic behavior during mitosis that differs between anterior and posterior centrosomes.
7F46F11.8F46F11.8n/achrI 5,625,448
8C06G3.8C06G3.8n/achrIV 7,032,043contains similarity to Pfam domain PF01336 OB-fold nucleic acid binding domain contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold)
9edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
10F33G12.2F33G12.2n/achrII 5,030,810contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
11K04G2.2K04G2.2n/achrI 8,031,912contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q17GK3
12dhs-1C01G8.3n/achrI 5,280,165C. elegans DHS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13R11H6.5R11H6.5n/achrV 14,611,457contains similarity to Pfam domain PF07528 DZF contains similarity to Interpro domains IPR006561 (DZF), IPR006116 (2-5-oligoadenylate synthetase, ubiquitin-like region)
14C16C8.13C16C8.13n/achrII 3,451,870contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
15C35D10.6C35D10.6n/achrIII 4,859,975contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
16hcp-3F58A4.3n/achrIII 9,615,787The hcp-3 gene encodes a centromere protein (CENP)-A homolog required for kinetochore function; inactivation of hcp-3 in one-cell embryos by RNAi causes a complete loss of kinetochores, with total failure of chromosomes to segregate properly during mitosis, to recruit components to the kinetochore other than HCP-3, or to assemble a stable mitotic spindle; in addition, HCP-4 fails to localize properly to the kinetochore in hcp-3(RNAi) embryos.
17K02B12.5K02B12.5n/achrI 8,522,044contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
18spe-42B0240.2n/achrV 11,735,328C. elegans SPE-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07782 DC-STAMP-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012858 (DC-STAMP-like)
19ZC302.3ZC302.3n/achrV 10,739,944contains similarity to Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q80LN9
20C48B4.11C48B4.11n/achrIII 9,565,286contains similarity to Interpro domain IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
21M02B7.2M02B7.2n/achrIV 3,804,264contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
22bath-4F52C6.8n/achrII 1,917,377C. elegans BATH-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
23ftr-1Y113G7B.4n/achrV 20,192,960This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
24F41G3.6F41G3.6n/achrII 6,743,499
25W01A8.5W01A8.5n/achrI 7,070,051contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
26F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
27dod-18C54G4.6n/achrI 8,020,275dod-18 encodes a Maf-like protein required for normally short lifespan; dod-18 is repressed in daf-2 mutants and induced in daf-16 mutants, and dod-18(RNAi) lengthens lifespan by 30%; MAF-like proteins are ubiquitous among eukarya, bacteria, and archaea; DOD-18 is orthologous to the N-terminal ~200 residues of human ASMTL (OMIM:300162), and to Bacillus subtilis Maf (Multicopy Associated Filamentation) protein, which inhibits septum formation; while the specific biochemical function of Maf-like proteins is unknown, the tertiary structure of B. subtilis Maf is consistent with its binding nucleic acid.
28C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
29bath-7F52C6.10n/achrII 1,920,562C. elegans BATH-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
30C49F5.6C49F5.6n/achrX 11,989,713contains similarity to Homo sapiens Ankyrin 3; ENSEMBL:ENSP00000280772
31bath-3F59H6.10n/achrII 2,029,895C. elegans BATH-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
32set-17T21B10.5n/achrII 8,939,689set-17 encodes a SET domain-containing protein orthologous to human PRDM11 and PRDM7 (Q9NQW5-2; OMIM:609759); SET-17 is expressed in many or all cells of embryo, and several postembryonic tissues (hypodermis, muscle, and excretory cell); neither set-17(n5017) nor set-17(RNAi) have any obvious phenotypes.
33ZK742.2ZK742.2n/achrV 7,802,661contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Uncharacterized protein KIAA1530; ENSEMBL:ENSP00000374501
34T01H3.2T01H3.2n/achrII 7,876,054T01H3.2 encodes a large (980-residue) uncharacterized protein, with multiple dysferlin and beta-propeller domains, that is conserved among metazoa; T01H3.2 shares an operon with vha-4, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
35C16A11.5C16A11.5n/achrII 4,224,777contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
36C53B7.7C53B7.7n/achrX 6,862,206C53B7.7 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C53B7.7 has no clear orthologs in other organisms.
37wdfy-2D2013.2n/achrII 9,320,794wdfy-2 encodes a WD40- and FYVE-domain containing protein that is orthologous to mammalian WDFY2; WDFY-2 is one of twelve C. elegans FYVE-domain-containing proteins; wdfy-2 activity is essential for wild-type levels of endocytosis.
38W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
39dhs-22C15H11.4n/achrV 14,420,734dhs-22 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
40D1086.4D1086.4n/achrV 14,091,601contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
41R13A5.7R13A5.7n/achrIII 7,568,723
42R11A8.2R11A8.2n/achrIV 10,359,115contains similarity to Interpro domains IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR000467 (D111/G-patch)
43C55B7.11C55B7.11n/achrI 6,512,726
44F11A10.5F11A10.5n/achrIV 12,095,498contains similarity to Pfam domain PF04184 ST7 protein contains similarity to Interpro domain IPR007311 (ST7)
45sid-1C04F5.1n/achrV 5,123,427The sid-1 gene encodes a predicted transmembrane protein with conserved human (OMIM:606816) and mouse homologs of unknown function and is required cell autonomously for systemic RNA interference (RNAi); a SID-1::GFP fusion is enriched at the cell periphery of most nonneuronal cells from late embryogenesis through adulthood with highest levels detected in cells exposed to the environment.
46sun-1F57B1.2n/achrV 13,192,605sun-1 encodes a paralog of UNC-84, also called matefin, whose general domain organization (one or more central transmembrane and coiled-coil domains, followed by a C-terminal SUN domain) is shared by Sad1p from Schizosaccharomyces pombe and UNC-84 from C. elegans; SUN-1 is a nuclear envelope receptor for CED-4 during apoptosis, and is bound by CED-4 in vitro; SUN-1 is partially required for apoptosis, since sun-1(RNAi) animals have a moderate defect in normal cell death; SUN-1 is strongly expressed in the nuclear envelope of all early embryonic cells, the primordial germ cells Z2 and Z3, and the germ cell lineage (but not in sperm); early (embryonic) SUN-1 protein is provided maternally, while germ line SUN-1 is zygotic; SUN-1 colocalizes with the nuclear lamin LMN-1 in vivo and binds it in vitro; SUN-1 is required for localization of the hook protein ZYG-12 to the nuclear envelope, and thus for the attachment of centrosomes to nuclei; SUN-1 and UNC-84 may define a class of proteins localized to the outer nuclear envelope but not the endoplasmic reticulum.
47F43D2.1F43D2.1n/achrV 14,613,051contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
48C48B4.10C48B4.10n/achrIII 9,563,945contains similarity to Homo sapiens Transmembrane 9 superfamily protein member 2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000245361
49C54G4.9C54G4.9n/achrI 8,025,714contains similarity to Pyrococcus furiosus Hypothetical protein PF0537.; TR:Q8U3D2
50Y102A5C.4Y102A5C.4n/achrV 16,923,224contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)