UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-184F15A2.15.9999999999999996e-77chrX 13,469,888C. elegans COL-184 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005404 (Potassium channel, voltage dependent, Kv3.3), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
5col-179C34F6.3n/achrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
6msp-74F09C12.7n/achrII 5,115,201msp-74 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
7msp-79T13F2.10n/achrIV 9,766,938msp-79 encodes a member of the major sperm protein family.
8F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
9col-19ZK1193.11.9999999999999997e-19chrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
10col-119C53B4.5n/achrIV 8,979,295C. elegans COL-119 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11col-143T15B7.30.001chrV 6,836,152C. elegans COL-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12col-122T05A1.20.001chrIV 9,563,877C. elegans COL-122 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
13F32D1.2F32D1.2n/achrV 4,346,245contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
14msp-81K07F5.1n/achrIV 9,836,198msp-81 encodes a member of the major sperm protein family.
15R13H4.6R13H4.6n/achrV 11,864,309contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Putative protease La homolog type (EC 3.4.21.-).; SW:O29883
16msp-49C34F11.6n/achrII 5,194,543msp-49 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
17msp-64ZK1248.6n/achrII 5,810,101msp-64 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
18F47B8.6F47B8.6n/achrV 14,329,569contains similarity to Drosophila heteroneura Aminopeptidase N (Fragment).; TR:O61534
19nhr-106T01G6.4n/achrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
20C04F12.7C04F12.7n/achrI 9,696,226contains similarity to Legionella pneumophila CITA.; TR:O54543
21W02D9.5W02D9.5n/achrI 12,561,291contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
22hex-5Y70D2A.2n/achrX 14,903,528hex-5 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
23F40F8.3F40F8.3n/achrII 11,129,630contains similarity to Homo sapiens 17 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000373249
24R13D11.4R13D11.4n/achrV 810,558contains similarity to Interpro domain IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel)
25ssp-9E03H12.10n/achrIV 4,994,521C. elegans SSP-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
26tag-68F37D6.6n/achrI 10,503,512C. elegans TAG-68 protein; contains similarity to Pfam domains PF03166 (MH2 domain) , PF03165 (MH1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR013019 (MAD homology, MH1), IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR001132 (SMAD domain, Dwarfin-type), IPR017855 (SMAD domain-like), IPR013790 (Dwarfin), IPR003619 (MAD homology 1, Dwarfin-type)
27W09C3.7W09C3.7n/achrI 4,714,903
28D1054.5D1054.5n/achrV 10,774,690contains similarity to Pfam domain PF00571 (CBS domain)
29col-178C34F6.2n/achrX 11,199,889C. elegans COL-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
30F46H5.5F46H5.5n/achrX 7,256,401
31nspd-1ZK484.8n/achrI 6,097,668C. elegans NSPD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05611 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF780) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR008498 (Protein of unknown function DUF780, Caenorhabditis species)
32gst-9R05F9.5n/achrII 4,892,523gst-9 encodes a predicted glutathione S-transferase; by homology, GST-9 is predicted to play a role in the detoxification of environmental toxins and xenobiotics by transferring glutathione to reactive electrophilic compounds; however, as loss of gst-9 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GST-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
33T09F5.10T09F5.10n/achrV 15,180,897contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
34msp-142K05F1.2n/achrII 5,798,084msp-142 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
35K07A1.13K07A1.13n/achrI 9,584,354contains similarity to White spot syndrome virus Wsv319.; TR:Q8VAS3
36pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
37clec-148F40G9.10n/achrIII 175,220C. elegans CLEC-148 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR002352 (Eosinophil major basic protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
38H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
39W02D7.4W02D7.4n/achrV 8,297,041contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
40R09E10.6R09E10.6n/achrIV 10,293,542contains similarity to Coturnix coturnix Nectinepsin.; TR:Q90351
41C35D10.11C35D10.11n/achrIII 4,868,514contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
42C25A8.1C25A8.1n/achrIV 7,011,175
43F27C1.1F27C1.1n/achrI 5,435,299
44hdl-1ZK829.2n/achrIV 11,947,905C. elegans HDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00282 Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain contains similarity to Interpro domains IPR002129 (Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase), IPR010977 (Aromatic-L-amino-acid decarboxylase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
45Y40H7A.10Y40H7A.10n/achrIV 15,212,835contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
46C48E7.7C48E7.7n/achrI 6,235,033contains similarity to Equine herpesvirus 1 Glycoprotein X precursor.; SW:Q6S6W0
47F17C11.4F17C11.4n/achrV 10,952,702contains similarity to Mus musculus Desmoglein 2 precursor.; SW:DSG2_MOUSE
48plk-3F55G1.8n/achrIV 7,472,120C. elegans PLK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00659 (POLO box duplicated region) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR017450 (POLO box), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000959 (POLO box duplicated region)
49him-3ZK381.1n/achrIV 6,978,215him-3 encodes a homolog of the S. cerevisiae HOP1 protein which is required for the formation of the synaptonemal complex during meiosis; him-3 is required for synapsis and chiasma formation during meiotic recombination and for chromosome segregation; him-3 mutants show a high frequency of males in the population as well as a high frequency of arrested embryos due to defects in X-chromosome segregation; HIM-3 localizes to the meiotic chromosome associating with both unsynapsed and synapsed chromosomes.
50K08F4.3K08F4.3n/achrIV 10,129,732contains similarity to Pfam domain PF05753 Translocon-associated protein beta (TRAPB) contains similarity to Interpro domain IPR008856 (Translocon-associated beta)