UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-165F14H12.12e-155chrX 4,354,189C. elegans COL-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2ZK673.5ZK673.5n/achrII 10,461,630contains similarity to Interpro domain IPR001621 (Fungal lignin peroxidase)
3B0350.3B0350.3n/achrIV 5,965,745
4ZK666.1ZK666.1n/achrII 10,471,061contains similarity to Dictyostelium discoideum Hypothetical protein.; TR:Q8T282
5srsx-11C13D9.4n/achrV 4,978,533C. elegans SRSX-11 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
6C09G12.1C09G12.1n/achrIV 3,503,022C09G12.1 encodes a paired-like homeodomain protein of the K50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
7fbxb-111F08D12.11n/achrII 2,774,479This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
8fbxb-44K05F6.5n/achrII 1,539,392K05F6.5 encodes an unusual paraoxonase-like protein with an N-terminal F-box domain; it is homologous to the human PARAOXONASE 1 gene (PON1, OMIM:168820), which in some allelic forms is associated with susceptibility to coronary artery disease.
9F44A6.3F44A6.3n/achrX 10,213,400contains similarity to Human parainfluenza 1 virus RNA polymerase alpha subunit (EC 2.7.7.48) (Nucleocapsidsphosphoprotein).; SW:RRPP_PI1HB
10F55G7.2F55G7.2n/achrX 11,930,695contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
11col-97ZK1010.79.999999999999999e-20chrIII 12,993,066col-97 encodes a cuticular collagen; loss of col-97 activity via large-scale RNAi screens results in defects in body morphology and locomotion.
12fkh-10C25A1.2n/achrI 10,164,375fkh-10 encodes one of 15 forkhead transcriptional regulators encoded by the C. elegans genome; by homology, FKH-10 is predicted to function as a transcription factor that regulates gene expression during development; however, as loss of fkh-10 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of FKH-10 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; nevertheless, reporter gene studies indicate that throughout larval and adult stages, fkh-10 expression is detected almost exclusively in six pairs of neuronal nuclei near the terminal bulb of the pharynx, suggesting that FKH-10 may have a specific function in neuronal differentiation.
13F26D2.15F26D2.15n/achrV 16,438,363contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
14F07H5.6F07H5.6n/achrII 8,792,268contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
15cnk-1R01H10.8n/achrIII 10,274,812cnk-1 encodes a protein that contains a SAM domain, a PDZ domain, and a PH domain.
16Y73C8C.8Y73C8C.8n/achrV 3,112,017contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
17ver-1T17A3.1n/achrIII 160,182C. elegans VER-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR009134 (Vascular endothelial growth factor receptor, VEGFR, N-terminal), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR013151 (Immunoglobulin)
18T14E8.2T14E8.2n/achrX 6,542,867contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
19W06D11.2W06D11.2n/achrX 12,296,301
20F34D10.3F34D10.3n/achrIII 3,734,527contains similarity to Interpro domain IPR004061 (Sphingosine 1-phosphate receptor)
21C03C10.5C03C10.5n/achrIII 4,090,398contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IEF0
22nhr-2C32F10.6n/achrI 5,819,797nhr-2 encodes a member of the nuclear hormone receptor family that is required for embryonic viability and morphogenesis; expressed during embryogenesis.
23ZC376.4ZC376.4n/achrV 14,178,758contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
24F31D4.5F31D4.5n/achrV 20,851,509contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR010997 (HRDC-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
25F19B10.6F19B10.6n/achrII 3,663,696
26ndx-6EEED8.8n/achrII 5,389,360The ndx-6 gene encodes a NUDIX hydrolase.
27srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
28T20F7.6T20F7.6n/achrX 16,867,473contains similarity to Pfam domain PF00571 CBS domain pair contains similarity to Interpro domain IPR000644 (Cystathionine beta-synthase, core)
29F35E2.2F35E2.2n/achrI 11,737,158This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
30phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
31ugt-6ZC455.4n/achrV 12,796,799C. elegans UGT-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
32fbxb-114C30E1.5n/achrX 16,922,274C. elegans FBXB-114 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
33srt-73T06C10.2n/achrIV 7,880,158C. elegans SRT-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
34T20D4.19T20D4.19n/achrV 3,431,055contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domain IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
35unc-39F56A12.1n/achrV 14,374,572unc-39 encodes a homeodomain transcription factor that belongs to the Six4/5 family of homeodomain proteins that includes human Six5; UNC-39 is required for axonal pathfinding in anterior-derived neurons and for specification of most mesodermal cell types and may regulate a developmental decision between migration and differentiation; UNC-39 is expressed in the embryo in anterior neurons, posteriorly derived mesoderm (somatic gonad, M mesoblast, and possibly the coelomocytes and muIntR), the CAN neurons, and body wall muscle.
36C30G4.6C30G4.6n/achrX 17,077,020contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
37F36F12.8F36F12.8n/achrV 2,091,148contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38K07C11.10K07C11.10n/achrV 8,226,436contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000381337
39C54A12.3C54A12.3n/achrII 5,261,141
40math-14C16C4.4n/achrII 1,870,071C. elegans MATH-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR001712 (Type III secretion system FHIPEP)
41C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
42cdh-4F25F2.2n/achrIII 4,528,691A homolog of a member of the cadherin superfamily that is involved in cell-cell adhesion.
43mnm-2C10A4.8n/achrX 7,423,795C. elegans MNM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
44clec-247Y51A2A.1n/achrV 18,285,606C. elegans CLEC-247 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
45srw-112K12D9.9n/achrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
46fbxb-34W08F4.2n/achrII 589,015This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
47nhr-155C14C6.4n/achrV 540,344C. elegans NHR-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48Y116A8C.20Y116A8C.20n/achrIV 17,041,175Y116A8C.20 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to C. elegans POS-1, the product of Y116A8C.20 is predicted to function as an RNA-binding protein.
49W04A8.1W04A8.1n/achrI 13,837,656W04A8.1 encodes a protein weakly similar to human microcephalin (MCPH1; OMIM:607117, mutated in primary microcephaly); while their primary sequence similarity is very subtle (only being detectable with psi-BLAST on NCBI-nr, using C. briggsae CBG13622 as a query sequence), both W04A8.1 and microcephalin has similar ordering of BRCT domains (one N-terminal, two C-terminal); W04A8.1 has no obvious function in mass RNAi screens.
50F20B6.7F20B6.7n/achrX 4,207,129