UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1F14F9.4F14F9.40chrV 5,134,905contains similarity to Interpro domain IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3utx-1D2021.1n/achrX 8,560,128utx-1 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase, required for embryonic viability and vulval development, and for high brood sizes, locomotion, and growth sizes; UTX-1 contains a JmjC domain, is orthologous to human UTX and UTY, and is paralogous to human JMJD3; by orthology, UTX-1 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes.
4F15A4.10F15A4.10n/achrII 12,484,765contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Kinetochore-associated protein required for normal segregation of chromosomes in meiosis and mitosis; component of the FEAR regulatory network, which promotes Cdc14p release from the nucleolus during anaphase; potential Cdc28p substrate; SGD:YOR195W
5T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
6R07C3.5R07C3.5n/achrII 931,761
7srt-43F18E2.4n/achrV 12,770,035C. elegans SRT-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
8F14F9.2F14F9.2n/achrV 5,145,296contains similarity to Homo sapiens Acidic repeat-containing protein; ENSEMBL:ENSP00000362799
9F58E1.11F58E1.11n/achrII 1,692,234contains similarity to Interpro domain IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site)
10T19C4.1T19C4.1n/achrV 11,150,485contains similarity to Lycopersicon esculentum 36.4 kDa proline-rich protein.; SW:PRF1_LYCES
11F31D5.6F31D5.6n/achrII 4,211,553This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
12pup-3F59A3.9n/achrI 5,532,199pup-3 encodes a template-independent poly(U) polymerase with 3'' end RNA substrates, distantly similar to human ZCCHC6 and ZCCHC11; PUP-3 is paralogous to the GLD-2 family of poly(A) polymerases; PUP-3 has no obvious function in mass RNAi assays.
13C08F1.6C08F1.6n/achrII 1,787,707
14W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
15fbxb-11F45C12.5n/achrII 1,725,771This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
16T05D4.2T05D4.2n/achrIII 13,562,369contains similarity to Mus musculus Similar to SPEER 2.; TR:Q80ZP2
17egl-26C23H3.1n/achrII 70,469egl-26 encodes a protein that contains an H-box and an NC domain that is a member of the LRAT (lecithin retinol acyltransferase) subfamily of the NlpC/P60 superfamily of enzymes; egl-26 activity is required for fertility, egg laying, and vulval development, specifically the connection of the uterus to the vulva mediated by proper morphogenesis of vulF, the most dorsal vulval cell; EGL-26 is an apical membrane protein that is expressed in many cells, including vulF, and appears to be expressed near the vulva and uterus only during the L4 larval stage; EGL-26 membrane localization is necessary for its function.
18F14F7.5F14F7.5n/achrIII 13,033,511contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
19C01A2.5C01A2.5n/achrI 13,385,906contains similarity to Pfam domain PF04641 Protein of unknown function, DUF602 contains similarity to Interpro domain IPR006735 (Protein of unknown function DUF602)
20C41H7.5C41H7.5n/achrII 3,003,154contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
21cdh-9F59C12.1n/achrX 16,598,558cdh-9 encodes a member of the cadherin superfamily of transmembrane glycoproteins that mediate homophilic cell-cell adhesion; as loss of CDH-9 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of CDH-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
22cec-1ZK1236.2n/achrIII 8,427,378cec-1 encodes a nuclear protein with a chromodomain that is ubiquitously expressed in somatic cells, but is dispensable for embryonic survival or gross adult morphology.
23T28C6.3T28C6.3n/achrIV 8,820,742contains similarity to Homo sapiens HIV Tat-specific factor 1; ENSEMBL:ENSP00000218364
24ZK418.5ZK418.5n/achrIII 7,073,217contains similarity to Mus musculus Transmembrane protein 147.; SW:Q9CQG6
25hch-1F40E10.1n/achrX 14,698,114hch-1 encodes a member of the zinc-dependent metalloprotease family that contains an epidermal growth factor-like domain, a CUB domain, and a TSP1 domain and affects hatching and QL neuroblast migration.
26R186.1R186.1n/achrV 12,962,447contains similarity to Pfam domain PF05742 Protein of unknown function (DUF833) contains similarity to Interpro domain IPR008551 (Protein of unknown function DUF833)
27F52D10.2F52D10.2n/achrX 11,590,643contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
28EGAP1.1EGAP1.1n/achrIII 5,936,384n/a
29fbxb-25F58E1.2n/achrII 1,684,456This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
30D1081.6D1081.6n/achrI 8,485,193contains similarity to Mycoplasma pulmonis Hypothetical protein MYPU_0200.; TR:Q98RI9
31F23D12.5F23D12.5n/achrX 14,450,814F23D12.5 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase; F23D12.5 contains a C-terminal JmjC domain, and is homologous to human JMJD3, UTX (OMIM:300128), and UTY (OMIM:400009); F23D12.5 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes; however, F23D12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
32K01A2.9K01A2.9n/achrII 316,397contains similarity to Interpro domain IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
33W05B2.4W05B2.4n/achrIII 10,975,818contains similarity to Pfam domain PF08393 Dynein heavy chain, N-terminal region 2 contains similarity to Interpro domains IPR011010 (DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core), IPR013602 (Dynein heavy chain, N-terminal region 2)
34R11.4R11.4n/achrX 16,210,394contains similarity to Leishmania major Hypothetical protein.; TR:Q9GRL1
35ins-34F52B11.6n/achrIV 14,107,090ins-34 encodes an insulin-like peptide.
36fbxb-98C16C4.6n/achrII 1,863,210This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
37T24E12.1T24E12.1n/achrII 3,786,852contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
38rgef-1F25B3.3n/achrV 9,559,135rgef-1 encodes a Ca2+-regulated Ras nucleotide exchange factor orthologous to human Ras guanyl-releasing protein (RasGRP); rgef-1 reporter fusions are expressed in post-mitotic neurons (pan-neuronally) beginning at the late comma stage of embryogenesis.
39F08B6.3F08B6.3n/achrI 6,759,203contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
40F40G9.9F40G9.9n/achrIII 169,417This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
41W01G7.4W01G7.4n/achrII 14,061,584contains similarity to Danio rerio Protein SLC7A6OS (Solute carrier family 7 member 6 opposite strandstranscript homolog).; SW:Q5U3I2
42sup-10R09G11.1n/achrX 17,529,998C. elegans SUP-10 protein ;
43sdz-14F14B6.1n/achrI 12,216,990C. elegans SDZ-14 protein ;
44psa-4F01G4.1n/achrIV 11,128,568The psa-4 (phasmid socket absent) gene encodes an ortholog of SWI2/SNF2, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-4 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division.
45C54F6.5C54F6.5n/achrV 7,529,245
46col-121F56D5.1n/achrIV 9,395,553col-121 encodes a cuticle collagen required for resistance to the endocrine disrupting chemical bisphenol A (BPA); col-121(nx3) and col-121(RNAi) animals are hypersensitive to BPA, but are otherwise wild-type (e.g., they have normal body shape); BPA hypersensitivity has also been observed for dpy-2(e8), dpy-7(e88) and dpy-10(e128) mutants.
47gpc-2F08B6.2n/achrI 6,757,967gpc-2 encodes one of two C. elegans heterotrimeric G protein gamma subunits; gpc-2 is required, along with its partner GPB-1, a G protein beta subunit, for proper mitotic spindle positioning and orientation during early embryonic cell divisions; to date, GPC-2 expression has been reported in electrically excitable cells (all neurons and muscles).
48C25H3.1C25H3.1n/achrII 5,700,590contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
49Y106G6D.1Y106G6D.1n/achrI 10,108,184contains similarity to Methanocaldococcus jannaschii DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q58718
50fbxb-20ZC204.9n/achrII 1,649,687fbxb-20 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; FBXB-20 also contains a C-terminal type 2 F-box-associated domain of presently unknown function.