UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F13A2.6F13A2.65e-178chrV 4,403,625contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
2F41E6.12F41E6.12n/achrV 8,627,981
3col-73F11G11.12n/achrII 4,872,607C. elegans COL-73 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4Y57G11C.31Y57G11C.31n/achrIV 14,685,186contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
5F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
6clec-170F38A1.1n/achrIV 1,270,618C. elegans CLEC-170 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
7H13N06.2H13N06.2n/achrX 15,489,935contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
8F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
9F54B3.2F54B3.2n/achrII 10,269,583contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical protein.; TR:Q9UT52
10R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
11C32E8.11C32E8.11n/achrI 3,812,136contains similarity to Pfam domains PF02617 (ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS) , PF02207 (Putative zinc finger in N-recognin (UBR box)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR014719 (Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like), IPR003126 (Zinc finger, N-recognin), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR003769 (Adaptor protein ClpS, core)
12C06E2.1C06E2.1n/achrX 8,873,724contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
13C07D8.2C07D8.2n/achrX 7,362,559contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
14unc-97F14D12.2n/achrX 5,593,799The unc-97 gene encodes a LIM domain-containing protein of the PINCH family that is highly similar to human LIMS1 (OMIM:602567) and LIMS2; UNC-97 functions as an adaptor protein important for assembly of muscle adherens junctions and the mechanosensory functions of the touch neurons; UNC-97 interacts with PAT-4/integrin-linked kinase and with UNC-98; UNC-97 colocalizes with PAT-3/beta integrin at dense bodies, focal adhesion-like muscle attachment structures.
15klp-8C15C7.2n/achrX 3,162,174klp-8 encodes an atypical kinesin-like motor protein with the motor domain in the N-terminus; the motor domain of KLP-8 exhibits poor homology to the globular motor domain of the kinesin heavy chain.
16C52B9.4C52B9.4n/achrX 4,262,578contains similarity to Pfam domain PF06814 Lung seven transmembrane receptor contains similarity to Interpro domains IPR009637 (Transmembrane receptor, eukaryota), IPR008983 (Tumour necrosis factor-like)
17T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
18nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
19C36B1.9C36B1.9n/achrI 8,745,380contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000568 (ATPase, F0 complex, subunit A)
20cyp-23A1B0304.3n/achrII 4,514,151The B0304.3 gene encodes a homolog of the human gene CYP7B1, which when mutated leads to giant cell hepatitis (OMIM:231100).
21unc-50T07A5.2n/achrIII 10,316,260unc-50 encodes an integral membrane protein orthologous to the Saccharomyces cerevisiae Golgi component Gmh1p; UNC-50 is required for regulating subtype-specific nicotinic receptor trafficking to the cell surface and thus, for normal synaptic transmission at the neuromuscular junction; UNC-50 is ubiquitously expressed from early embryogenesis to adulthood and localizes to the Golgi.
22cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
23tag-236R11B5.1n/achrX 2,528,819C. elegans TAG-236 protein; contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
24R07B1.3R07B1.3n/achrX 9,859,984contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
25F54E4.4F54E4.4n/achrX 14,643,359contains similarity to Pfam domain PF03931 Skp1 family, tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR001232 (SKP1 component), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR016073 (SKP1 component, POZ)
26cyp-13A12F14F7.3n/achrIII 13,026,202C. elegans CYP-13A12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
27F09G8.3F09G8.3n/achrIII 8,266,869contains similarity to Pfam domain PF00380 Ribosomal protein S9/S16 contains similarity to Interpro domains IPR000754 (Ribosomal protein S9), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold)
28Y39A1A.22Y39A1A.22n/achrIII 10,705,056contains similarity to Pfam domains PF03124 (EXS family) , PF03105 (SPX domain) contains similarity to Interpro domains IPR004342 (EXS, C-terminal), IPR004331 (SPX, N-terminal)
29C45E5.1C45E5.1n/achrIV 5,745,740contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
30math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
31tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
32srh-40Y40D12A.3n/achrIII 6,611,482C. elegans SRH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33K04G11.3K04G11.3n/achrX 14,346,393contains similarity to Pfam domain PF07547 RSD-2 N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR011508 (RSD-2, N-terminal)
34nhr-165C47F8.2n/achrI 12,332,239C. elegans NHR-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35ZK1086.2ZK1086.2n/achrX 13,792,979contains similarity to Shewanella oneidensis Hypothetical protein.; TR:Q8EJA6
36nhr-226T27B7.3n/achrV 2,295,897C. elegans NHR-226 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR000083 (Fibronectin, type I), IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37tgt-1ZK829.6n/achrIV 11,958,629tgt-1 encodes a tRNA-guanine transglycosylase predicted to be mitochondrial.
38nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
40C03F11.2C03F11.2n/achrX 5,395,712contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
41F55A12.8F55A12.8n/achrI 5,351,713contains similarity to Pfam domains PF05127 (Putative ATPase (DUF699)) , PF08351 (Domain of unknown function (DUF1726)) contains similarity to Interpro domains IPR013562 (Region of unknown function DUF1726), IPR007807 (Protein of unknown function DUF699, ATPase putative), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR013324 (RNA polymerase sigma factor, regions 3 and 4)
42AC8.7AC8.7n/achrX 230,898
43math-39T08E11.2n/achrII 1,832,929C. elegans MATH-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
44T05C1.3T05C1.3n/achrII 4,488,577
45str-161T08B6.3n/achrIV 4,903,231C. elegans STR-161 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46F12F6.1F12F6.1n/achrIV 11,586,743contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Putative glycosidase of the cell wall, may have a role in cell wall architecture; SGD:YGR189C
47F23B2.3F23B2.3n/achrIV 9,134,019contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
48pmp-3C54G10.3n/achrV 14,650,313pmp-3 encodes a putative ABC transporter orthologous to human ABCD4 (OMIM:603214) and paralogous to PMP-5; pmp-3 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults; PMP-3 has no obvious function in mass RNAi assays, and pmp-3(ok1087) mutants are at least grossly normal (in particular, they show no defects in the uptake stage of RNAi).
49F57B10.5F57B10.5n/achrI 6,563,176contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
50rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.