UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F12F6.1F12F6.10chrIV 11,586,743contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Putative glycosidase of the cell wall, may have a role in cell wall architecture; SGD:YGR189C
2F54A5.1F54A5.1n/achrI 990,926contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR010982 (Lambda repressor-like, DNA-binding), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4R07B1.7R07B1.7n/achrX 9,869,453contains similarity to Candida albicans Chitinase 2 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI2_CANAL
5unc-50T07A5.2n/achrIII 10,316,260unc-50 encodes an integral membrane protein orthologous to the Saccharomyces cerevisiae Golgi component Gmh1p; UNC-50 is required for regulating subtype-specific nicotinic receptor trafficking to the cell surface and thus, for normal synaptic transmission at the neuromuscular junction; UNC-50 is ubiquitously expressed from early embryogenesis to adulthood and localizes to the Golgi.
6K07C11.4K07C11.4n/achrV 8,204,685contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
7ZK1225.1ZK1225.1n/achrI 13,206,699contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
8F41C3.7F41C3.7n/achrII 4,730,652
9F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
10F13A2.6F13A2.6n/achrV 4,403,625contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
11col-73F11G11.12n/achrII 4,872,607C. elegans COL-73 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12C13C12.2C13C12.2n/achrV 12,524,627contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
13Y57G11C.31Y57G11C.31n/achrIV 14,685,186contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
14tap-1C44H4.5n/achrX 14,590,650C. elegans TAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00481 Protein phosphatase 2C contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR014045 (Protein phosphatase 2C, N-terminal), IPR015655 (Protein phosphatase 2C)
15F41E6.12F41E6.12n/achrV 8,627,981
16tag-123F08F1.7n/achrX 8,420,290C. elegans TAG-123 protein; contains similarity to Pfam domain PF02990 Endomembrane protein 70 contains similarity to Interpro domains IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR004240 (Nonaspanin (TM9SF))
17R07B1.3R07B1.3n/achrX 9,859,984contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
18F40E3.2F40E3.2n/achrI 2,643,222
19unc-97F14D12.2n/achrX 5,593,799The unc-97 gene encodes a LIM domain-containing protein of the PINCH family that is highly similar to human LIMS1 (OMIM:602567) and LIMS2; UNC-97 functions as an adaptor protein important for assembly of muscle adherens junctions and the mechanosensory functions of the touch neurons; UNC-97 interacts with PAT-4/integrin-linked kinase and with UNC-98; UNC-97 colocalizes with PAT-3/beta integrin at dense bodies, focal adhesion-like muscle attachment structures.
20F57B10.5F57B10.5n/achrI 6,563,176contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
21ZC328.1ZC328.1n/achrI 6,405,136
22R05D3.9R05D3.9n/achrIII 8,365,541contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold)
23F57F5.3F57F5.3n/achrV 12,005,558contains similarity to Streptococcus pyogenes Putative histidine kinase.; TR:Q8P2Q1
24F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
25F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
26math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
27sor-3C04E7.2n/achrX 355,777sor-3 encodes a novel protein that contains an MBT (malignant brain tumor) domain related to the MBT domains found in the Sex comb on midleg (SCM) and Sfmbt Polycomb group proteins; during development, SOR-3 activity is required to specify the correct number of dopaminergic and serotonergic neurons in males, as well as for proper ray neuron axon guidance, distal tip cell migration, and normal body size; SOR-3 activity is necessary for maintaining repression of Hox gene expression, notably that of egl-5 in many head neurons; in regulating neurotransmitter phenotype, sor-3 functions together with sop-2, which also encodes a Polycomb group protein, and members of the TGF-beta signaling pathway; sor-3 and sop-2 also function together to regulate progression through larval development; a SOR-3::GFP reporter fusion is expressed ubiquitously throughout the life cycle and localizes to both the cytoplasm and the nucleus.
28cpn-1F43G9.9n/achrI 8,636,741cpn-1 encodes a calponin homolog, more closely related to calponin per se than to its paralogs transgelin (SM22 alpha) or neuronal protein NP25, that is is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and that has no obvious mutant phenotype in a rearrangement that probably disrupts cpn-1.
29B0399.2B0399.2n/achrV 19,551,938contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
30F13G3.3F13G3.3n/achrI 7,298,454contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
31F22B7.1F22B7.1n/achrIII 8,666,020
32F30H5.3F30H5.3n/achrIII 508,704contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
33R07B7.8R07B7.8n/achrV 12,082,679contains similarity to Pfam domain PF00657 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001087 (Lipase, GDSL), IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
34crb-1F11C7.4n/achrX 17,408,117crb-1 encodes a homolog of Drosophila CRUMBS that affects dauer formation and feeding behavior; CRB-1 can bind cyclic AMP-response element (CRE) sites and be phosphorylated by PKA in vitro, and is expressed immediately apical to the zonula adherens in embryos and then ubiquitously later during development and in adults; CRB-1 is homologous to human CRB1 (OMIM:604210, mutated in retinitis pigmentosa 12 or Leber congenital amaurosis).
35W01C9.1W01C9.1n/achrII 8,533,713contains similarity to Brugia pahangi Heat shock protein 90.; SW:HS90_BRUPA
36F44D12.1F44D12.1n/achrIV 10,012,047contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domains IPR008144 (Guanylate kinase), IPR008145 (Guanylate kinase/L-type calcium channel region), IPR001452 (Src homology-3), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
37K08C9.5K08C9.5n/achrI 11,483,971This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38C32E8.11C32E8.11n/achrI 3,812,136contains similarity to Pfam domains PF02617 (ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS) , PF02207 (Putative zinc finger in N-recognin (UBR box)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR014719 (Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like), IPR003126 (Zinc finger, N-recognin), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR003769 (Adaptor protein ClpS, core)
39K08C9.7K08C9.7n/achrI 11,495,873contains similarity to Homo sapiens ubiquitin and ribosomal protein S27a precursor; ENSEMBL:ENSP00000272317
40dpy-1M01E10.2n/achrIII 2,041,006dpy-1 encodes a collagen that affects body length and alae formation; site of action localized to the hyp7 syncytium, based on mosaic analysis.
41F46F11.7F46F11.7n/achrI 5,621,853contains similarity to Interpro domain IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin)
42F11E6.8F11E6.8n/achrIV 17,447,304contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
43F11A5.6F11A5.6n/achrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
44C27B7.7C27B7.7n/achrIV 8,911,257contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
45ltd-1K02C4.4n/achrII 8,090,520ltd-1 encodes a protein with LIM and transglutaminase domains; LTD-1 is homologous to the mouse KY protein (MGI:96709, mutated in kyphoscoliosis), and to the HILLARIN protein of Hirudo medicinalis, found at axon hillocks; ltd-1 is expressed in hypodermal cells from the twofold stage embryo to adulthood, but has no obvious function in mass RNAi assays.
46ugt-53T03D3.1n/achrV 2,850,684C. elegans UGT-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR002416 (Bacterial general secretion pathway protein H), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
47F55A4.5F55A4.5n/achrX 1,031,456contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
48C06E2.1C06E2.1n/achrX 8,873,724contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
49cand-1Y102A5A.1n/achrV 16,808,692C. elegans CAND-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) (2), PF08623 (TATA-binding protein interacting (TIP20)) contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR013932 (TATA-binding protein interacting (TIP20)), IPR016024 (Armadillo-type fold)
50hum-6T10H10.1n/achrX 2,309,009hum-6 is orthologous to the human gene MYOSIN VIIA (MYO7A; OMIM:276903), which when mutated leads to Usher syndrome type IB.