UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ttr-52F11F1.77.999999999999999e-91chrIII 13,405,027C. elegans TTR-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3elo-5F41H10.7n/achrIV 5,375,925The elo-5 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-5 is required for normally rapid growth and for normal fatty acid composition.
4clec-54F08H9.8n/achrV 14,477,911C. elegans CLEC-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5T02G5.7T02G5.7n/achrII 7,076,340The T02G5.7 gene encodes a homolog of the human gene ACAT1, which when mutated leads to alpha-methylacetoaceticaciduria (OMIM:203750).
6F26G1.1F26G1.1n/achrII 4,792,961contains similarity to Aedes aegypti Esophageal cancer associated protein.; TR:Q16QZ5
7B0365.1B0365.1n/achrV 13,118,299contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR016143 (Citrate synthase-like, small alpha subdomain), IPR014608 (ATP-citrate synthase), IPR016142 (Citrate synthase-like, large alpha subdomain), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR016141 (Citrate synthase-like, core), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
8C04F5.9C04F5.9n/achrV 5,116,964contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
9sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
10dhs-12K08F4.9n/achrIV 10,145,708C. elegans DHS-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
11F32A7.4F32A7.4n/achrI 14,841,491contains similarity to Pfam domain PF09243 Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 contains similarity to Interpro domain IPR015324 (Ribosomal protein Rsm22, bacterial-type)
12K07A12.2K07A12.2n/achrI 8,678,985contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
13E02H1.2E02H1.2n/achrII 9,588,980contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR002127 (Tetracycline resistance protein, TetO/TetQ/TetM), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR015946 (K homology-like, alpha/beta)
14dhs-22C15H11.4n/achrV 14,420,734dhs-22 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
15T23B12.6T23B12.6n/achrV 8,458,996contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR001680 (WD40 repeat), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
16C36A4.4C36A4.4n/achrIII 3,842,530C36A4.4 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to K06B9.2 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; C36A4.4 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; C36A4.4 transcripts are enriched during oogenesis; C36A4.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
17efn-3F15A2.5n/achrX 13,476,463efn-3 encodes a potential GPI-modified ephrin that is, with EFN-2, is required for normal epidermal organization in the male tail; EFN-3, along with EFN-1 and EFN-2, activates the VAB-1 tyrosine kinase in vivo and binds it in vitro, and has a minor role in embryonic epiboly.
18T01H3.2T01H3.2n/achrII 7,876,054T01H3.2 encodes a large (980-residue) uncharacterized protein, with multiple dysferlin and beta-propeller domains, that is conserved among metazoa; T01H3.2 shares an operon with vha-4, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
19Y53C12A.6Y53C12A.6n/achrII 9,717,654contains similarity to Bacteriophage RB69 Hypothetical protein RB69ORF024c.; TR:Q7Y5B4
20asah-1K11D2.2n/achrI 12,506,351K11D2.2 is orthologous to the human gene N-ACYLSPHINGOSINE AMIDOHYDROLASE (ASAH; OMIM:228000), which when mutated leads to Farber lipogranulomatosis.
21C01G10.7C01G10.7n/achrV 15,086,381contains similarity to Pfam domain PF03328 HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family contains similarity to Interpro domains IPR011206 (Citrate lyase, beta subunit), IPR005000 (HpcH/HpaI aldolase), IPR015813 (Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core)
22C25D7.8C25D7.8n/achrV 15,066,857contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR016615 (Ubiquitin thioesterase Otubain)
23M02B7.2M02B7.2n/achrIV 3,804,264contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
24T09A5.9T09A5.9n/achrII 7,858,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
25pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
26ZK1320.3ZK1320.3n/achrII 9,659,772
27F25H5.6F25H5.6n/achrI 9,159,313contains similarity to Pfam domain PF08561 Mitochondrial ribosomal protein L37 contains similarity to Interpro domain IPR013870 (Ribosomal protein L37, mitochondrial)
28pas-5F25H2.9n/achrI 10,566,814pas-5 encodes a proteasome alpha-type five subunit of the core 20S proteasome subcomplex; loss of pas-5 activity via RNAi results in a variety of defects including embryonic and larval lethality, sterility, and abnormal locomotion; loss of pas-5 activity also results in activation of SKN-1, a transcription factor required in adult worms for the acute response to oxidative stress and maternally for embryonic development.
29F59A6.5F59A6.5n/achrII 5,001,644contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00780 (CNH domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001180 (Citron-like), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
30Y102F5A.1Y102F5A.1n/achrX 11,782,726contains similarity to Xenopus laevis Spalt transcription factor Sall1.; TR:Q9DDN5
31tbg-1F58A4.8n/achrIII 9,627,816tbg-1 encodes gamma-tubulin; in C. elegans, tbg-1 activity is essential and is required for normal bipolar spindle assembly and function, as well as the fast phase of female pronuclear migration following fertilization; while tbg-1 is required for proper organization and function of kinetochore and interpolar microtubules, it does not appear to be absolutely required for microtubule nucleation and growth; TBG-1 localizes to centrosomes in both interphase and mitotic cells, exhibiting a dynamic behavior during mitosis that differs between anterior and posterior centrosomes.
32C16C8.13C16C8.13n/achrII 3,451,870contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
33rpl-29B0513.3n/achrIV 13,882,389rpl-29 encodes a large ribosomal subunit L29 protein; by homology, RPL-29 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, loss of rpl-29 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
34W04A4.6W04A4.6n/achrI 13,686,458contains similarity to Oryza sativa P0005A05.15 protein.; TR:Q9FTN4
35lys-6F58B3.3n/achrIV 11,627,398C. elegans LYS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
36sid-1C04F5.1n/achrV 5,123,427The sid-1 gene encodes a predicted transmembrane protein with conserved human (OMIM:606816) and mouse homologs of unknown function and is required cell autonomously for systemic RNA interference (RNAi); a SID-1::GFP fusion is enriched at the cell periphery of most nonneuronal cells from late embryogenesis through adulthood with highest levels detected in cells exposed to the environment.
37wdfy-2D2013.2n/achrII 9,320,794wdfy-2 encodes a WD40- and FYVE-domain containing protein that is orthologous to mammalian WDFY2; WDFY-2 is one of twelve C. elegans FYVE-domain-containing proteins; wdfy-2 activity is essential for wild-type levels of endocytosis.
38C35D10.10C35D10.10n/achrIII 4,861,200contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain)
39ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
40C49F5.6C49F5.6n/achrX 11,989,713contains similarity to Homo sapiens Ankyrin 3; ENSEMBL:ENSP00000280772
41elo-1F56H11.4n/achrIV 9,527,335elo-1 encodes a component of C-18 polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase that is required for normal elongation of n-6 and n-3 20-carbon PUFA in vivo; ELO-1 is a condensing enzyme that elongates n-6 and n-7 (and, with less efficiency, n-3) series C18 PUFAs.
42M01E11.2M01E11.2n/achrI 5,580,733contains similarity to Pfam domain PF08216 Eukaryotic domain of unknown function (DUF1716) contains similarity to Interpro domains IPR013180 (Protein of unknown function DUF1716, eukaryotic), IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000225 (Armadillo), IPR016024 (Armadillo-type fold)
43R160.3R160.3n/achrX 4,365,909
44T08D2.5T08D2.5n/achrX 178,809
45sri-29B0454.4n/achrII 3,045,214C. elegans SRI-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
47spe-42B0240.2n/achrV 11,735,328C. elegans SPE-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07782 DC-STAMP-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012858 (DC-STAMP-like)
48B0464.6B0464.6n/achrIII 9,464,196contains similarity to Xenopus laevis MGC83764 protein.; TR:Q6DFD0
49apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
50R13A5.7R13A5.7n/achrIII 7,568,723