UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F11A5.6F11A5.68e-21chrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
2F08D12.7F08D12.7n/achrII 2,768,193F08D12.7 encodes a novel protein conserved amongst Caenorhaditis species; although loss of F08D12.7 activity via RNAi results in no obvious defects, F08D12.7 transcripts are enriched in L1-stage muscle and upregulated in L2 larvae in response to overexpression of hlh-2 and hlh-8; in addition, in analyses of the early embryonic transcriptome, F08D12.7 transcripts are classified as strictly maternal; an F08D12.7::gfp reporter fusion is expressed in the vm1 and vm2 vulval muscles, the intestinal and anal depressor muscles, the hypodermis, distal tip cell, ventral nerve cord, head and tail neurons, and body wall muscle.
3tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
4R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
5K04F10.7K04F10.7n/achrI 6,367,224contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM76B; ENSEMBL:ENSP00000351631
6C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
7cah-5R173.1n/achrX 7,021,932cah-5 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
8ZK154.5ZK154.5n/achrX 7,785,505contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of Target of Nesh-SH3 precursor; ENSEMBL:ENSP00000373190
9C49H3.9C49H3.9n/achrIV 7,908,266contains similarity to Pfam domain PF07967 C3HC zinc finger-like contains similarity to Interpro domain IPR012935 (Zinc finger, C3HC-like)
10C53C11.1C53C11.1n/achrX 17,340,978contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
11tra-4F53B3.1n/achrX 2,855,643C. elegans TRA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
12rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
13cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
14Y38H6C.14Y38H6C.14n/achrV 20,527,484contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
15ZC513.1ZC513.1n/achrV 8,056,969contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
16R11E3.2R11E3.2n/achrIV 4,773,617contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
17lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
18C25A1.5C25A1.5n/achrI 10,178,041contains similarity to Pfam domains PF04116 (Fatty acid hydroxylase superfamily) , PF00173 (Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006694 (Fatty acid hydroxylase), IPR001199 (Cytochrome b5)
19T02H6.3T02H6.3n/achrII 692,115
20dpm-3F28D1.11n/achrIV 12,391,825dpm-3 encodes a putative regulatory subunit of dolichol phosphate mannosyltransferase, orthologous to human DPM3 (OMIM:605951); in mass RNAi assays, DPM-3 is required for normal body size, fertility, and health.
21Y39A1A.20Y39A1A.20n/achrIII 10,699,807
22T15D6.4T15D6.4n/achrI 12,375,417contains similarity to Aedes aegypti N-acetyllactosaminide beta-1,3-n-acetylglucosaminyltransferase.; TR:Q175J5
23Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
24ttb-1W03F9.5n/achrV 160,090C. elegans TTB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00382 (Transcription factor TFIIB repeat) (2), PF08271 (TFIIB zinc-binding) contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR000812 (Transcription factor TFIIB related), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR013150 (Transcription factor TFIIB, cyclin-related), IPR013137 (Zinc finger, TFIIB-type)
25F53A2.3F53A2.3n/achrIII 13,338,285contains similarity to Streptococcus agalactiae Hypothetical protein.; TR:Q8E5X9
26C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
27C27B7.7C27B7.7n/achrIV 8,911,257contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
28C34F6.5C34F6.5n/achrX 11,208,547contains similarity to Homo sapiens Histone acetyltransferase MORF beta; ENSEMBL:ENSP00000287239
29syn-13F36F2.4n/achrI 9,003,016C. elegans SYN-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR006012 (Syntaxin/epimorphin, conserved site)
30ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
31trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
32fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
33R148.2R148.2n/achrIII 3,184,321
34F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
35ceh-2C27A12.5n/achrI 6,048,670ceh-2 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila empty spiracles (EMS) and the vertebrate EMX1 and EMX2 proteins (OMIM:600034, 600035); although the exact biological role of CEH-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, expression in pharyngeal neurons and muscle, as well as vulval cells (vulB1, vulB2, and vulC) at late stages of development suggests that CEH-2 may play a role in terminal differentiation events in diverse cell types.
36iftb-1K04G2.1n/achrI 8,027,270iftb-1 encodes the C. elegans ortholog of translation initiation factor 2 beta (eIF2beta); by homology, IFTB-1 is predicted to function in translation initiation and start codon recognition; loss of iftb-1 via RNAi indicates that iftb-1 activity is required for a number of processes including growth, development, and body morphogenesis; loss of iftb-1 activity in adult animals extends lifespan.
37Y116A8C.40Y116A8C.40n/achrIV 17,147,619contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38hpl-1K08H2.6n/achrX 13,246,140hpl-1 encodes one of two C. elegans heterochromatin protein 1 (HP1) homologs; loss of hpl-1 activity alone results in no obvious defects, but animals doubly mutant for hpl-1 and hpl-2 have defects in larval, somatic gonad and germline development; in addition, hpl-1 functions redundantly with hpl-2 and lin-13 in vulval development; rescuing HPL-1::GFP fusion proteins are expressed in nuclei throughout the life cycle, beginning at approximately the 50-cell stage of embryogenesis and continuing through larval and adult stages; expression is observed in most, but not all, cells and is particularly strong in head and tail hypodermal and neuronal nuclei; in nuclei, HPL-1::GFP is seen in foci that do not significantly overlap with those of HPL-2.
39F46F11.7F46F11.7n/achrI 5,621,853contains similarity to Interpro domain IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin)
40F40G12.6F40G12.6n/achrV 14,272,120contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
41Y37E11B.6Y37E11B.6n/achrIV 3,598,943Y37E11B.6 encodes an ortholog of Rpp21 (Rpr2), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end.
42srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43sru-42C55A1.8n/achrV 15,651,414C. elegans SRU-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR002208 (SecY protein), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
44F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
45F53B1.2F53B1.2n/achrX 2,110,346contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2)
46atg-16.1F02E8.5n/achrX 4,461,104atg-16.1 encodes a divergent ortholog of the autophagic budding yeast protein Atg16p, and of human ATG16L1 (OMIM:610767, associated with Crohn disease) and ATG16L2; ATG-16.1 is paralogous to ATG-16.2; ATG-16.1 is expressed in larval and adult intestine, renal gland cells, stomato-intestinal muscle, anal depressor muscle, and head mesodermal cell; ATG-16.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
47acbp-4F56C9.5n/achrIII 7,308,549acbp-4 encodes an Acyl-CoA-binding protein.
48C52E12.4C52E12.4n/achrII 7,017,594contains similarity to Pfam domains PF01477 (PLAT/LH2 domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) , PF02759 (RUN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR004012 (RUN), IPR005113 (uDENN), IPR001194 (DENN)
49F22F7.6F22F7.6n/achrV 2,116,951contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
50F38B2.3F38B2.3n/achrX 11,283,730contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)