UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F10D11.6F10D11.60chrI 8,448,214contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3abu-6C03A7.7n/achrV 5,161,266abu-6 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-6 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-6 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
4ZK6.8ZK6.8n/achrV 383,222contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
5F15E11.2F15E11.2n/achrV 2,335,582contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
6ver-3F59F3.1n/achrX 10,995,095C. elegans VER-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (4), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR013151 (Immunoglobulin)
7F49C12.9F49C12.9n/achrIV 9,315,482contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
8Y49G5A.1Y49G5A.1n/achrV 5,286,867contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
9cul-1D2045.6n/achrIII 10,473,304cul-1 encodes a cullin, orthologous to Cdc53/Cul1 in S. cerevisiae and CUL-1 in humans (OMIM:603134), that is required both maternally and zygotically for developmentally programmed transitions from the G1 phase of the cell cycle to the GO phase or the apoptotic pathway, and that is probably also required for normally slow G1-to-S phase progression; CUL-1 physically interacts with eight Skp1-related proteins (SKR-1, -2, -3, -4, -7, -8, -9, and -10).
10C06A8.3C06A8.3n/achrII 7,790,994contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
11acl-8T05H4.1n/achrV 6,451,547C. elegans ACL-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
12C56C10.11C56C10.11n/achrII 6,599,683
13maoc-1E04F6.3n/achrII 7,196,834maoc-1 encodes an ortholog of human HSD17B4 (OMIM:601860, mutated in D-bifunctional protein deficiency); MAOC-1 contains a MaoC-like domain found in diverse enzymes (HSD17B4, peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase, and the fatty acid synthase beta subunit) and by homology, is predicted to function in peroxisomal fatty acid beta-oxidation; loss of maoc-1 activity via RNAi results in lifespan extension, increased fat content, and an increased susceptibility to pathogens.
14pqn-95ZK1067.7n/achrII 9,226,126The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
15D2045.2D2045.2n/achrIII 10,456,470contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
16D2013.6D2013.6n/achrII 9,330,348contains similarity to Pfam domain PF02893 GRAM domain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR004182 (GRAM)
17prx-11C47B2.8n/achrI 12,971,925C. elegans PRX-11 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Peroxisomal membrane protein 11C; ENSEMBL:ENSP00000221480
18K02B12.7K02B12.7n/achrI 8,528,009contains similarity to Pfam domain PF01412 Putative GTPase activating protein for Arf contains similarity to Interpro domain IPR001164 (Arf GTPase activating protein)
19tag-231ZK430.2n/achrII 4,421,285C. elegans TAG-231 protein; contains similarity to Pfam domain PF00459 Inositol monophosphatase family contains similarity to Interpro domains IPR000760 (Inositol monophosphatase), IPR000146 (Inositol phosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase)
20Y113G7B.16Y113G7B.16n/achrV 20,268,307contains similarity to Pfam domain PF05600 Protein of unknown function (DUF773) contains similarity to Interpro domain IPR008491 (Protein of unknown function DUF773)
21K10C2.4K10C2.4n/achrX 6,447,827K10C2.4 encodes a putative fumarylacetoacetate hydrolase, orthologous to human FAH (OMIM:276700, mutated in type I tyrosinemia), that is required for tyrosine metabolism, resistance to oxidative and protein-folding stresses, and more generally for normally rapid growth, normal locomotion, fertility, and viability; K10C2.4 is expressed in hypodermis and intestine; the intestines of K10C2.4(RNAi) animals atrophy rapidly, and show an abnormally active oxidative stress response (seen via gst-4::GFP) and ER stress response (seen via hsp-4::GFP); while RNAi against enzymes upstream of K10C2.4 suppresses the K10C2.4(RNAi) phenotype, excess dietary tyrosine or homogentisic acid enhances it, and exogenous succinylacetone (SA) mimics it, consistent with the hypothesis that blocked SA metabolism is toxic in K10C2.4(RNAi) animals.
22C17H12.4C17H12.4n/achrIV 6,800,609contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
23vpr-1F33D11.11n/achrI 5,869,119C. elegans VPR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein), IPR016763 (Vesicle-associated membrane protein)
24K08F11.5K08F11.5n/achrIV 4,714,405contains similarity to Pfam domains PF08356 (EF hand associated) , PF08355 (EF hand associated) , PF00071 (Ras family) , PF00036 (EF hand) (2), PF08477 (Miro-like protein) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013566 (EF hand associated, type-1), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily), IPR013567 (EF hand associated, type-2)
25K11B4.1K11B4.1n/achrI 14,796,015contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
26B0334.5B0334.5n/achrII 11,498,118contains similarity to Interpro domain IPR008949 (Terpenoid synthase)
27ctg-2T13H5.2n/achrII 8,515,897C. elegans CTG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
28T01E8.5T01E8.5n/achrII 10,245,041contains similarity to Pfam domain PF08424 Protein of unknown function (DUF1740) contains similarity to Interpro domain IPR013633 (Protein of unknown function DUF1740)
29T07A9.10T07A9.10n/achrIV 391,835contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
30C23G10.8C23G10.8n/achrIII 6,204,357contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
31pcca-1F27D9.5n/achrX 7,659,204The F27D9.5 gene encodes an ortholog of the human gene PROPIONYL-COA CARBOXYLASE ALPHA SUBUNIT (PCCA), which when mutated leads to propionicaciduria, type I (OMIM:232000).
32C06B8.7C06B8.7n/achrV 15,505,052contains similarity to Pfam domain PF00530 Scavenger receptor cysteine-rich domain contains similarity to Interpro domains IPR002160 (Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume), IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR006626 (Parallel beta-helix repeat), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
33D2092.6D2092.6n/achrI 6,597,924contains similarity to Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8; ENSEMBL:ENSP00000302239
34C34C6.4C34C6.4n/achrII 8,697,694contains similarity to Pfam domains PF00732 (GMC oxidoreductase) , PF05199 (GMC oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR012132 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase), IPR007867 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal), IPR000172 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
35C25H3.4C25H3.4n/achrII 5,692,793contains similarity to Pfam domains PF01472 (PUA domain) , PF01253 (Translation initiation factor SUI1) contains similarity to Interpro domains IPR004521 (Uncharacterized domain 2), IPR015947 (PUA-like), IPR001950 (Translation initiation factor SUI1), IPR002478 (PUA)
36W02B12.11W02B12.11n/achrII 11,474,835contains similarity to Pfam domain PF02709 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR003859 (Metazoa galactosyltransferase)
37col-69K01A2.7n/achrII 304,726C. elegans COL-69 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
38ech-4R06F6.9n/achrII 10,821,634C. elegans ECH-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00378 (Enoyl-CoA hydratase/isomerase family) , PF00887 (Acyl CoA binding protein) contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR001753 (Crotonase, core), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
39nid-1F54F3.1n/achrV 12,913,630C. elegans NID-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (3), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF06119 (Nidogen-like) , PF07474 (G2F domain) , PF01436 (NHL repeat) (2), PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR009017 (Green fluorescent protein-like), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR003944 (Protease-activated receptor 4), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006605 (G2 nidogen and fibulin G2F), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40T19C3.2T19C3.2n/achrIII 616,074
41C44B7.11C44B7.11n/achrII 6,895,805contains similarity to Pfam domain PF04389 Peptidase family M28 contains similarity to Interpro domain IPR007484 (Peptidase M28)
42cogc-8R02D3.2n/achrIV 242,340cogc-8 encodes an ortholog of mammalian COG-8, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-8 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-8 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
43pgp-1K08E7.9n/achrIV 12,595,402pgp-1 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; along with PGP-3, PGP-1 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-1 is expressed in the apical membrane of intestinal cells and in the intestinal valve cells; loss of pgp-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
44mel-28C38D4.3n/achrIII 4,789,199mel-28 encodes a large (1,784-residue) protein required for nuclear envelope assembly; MEL-28 is highly divergent from, but orthologous to human AT-hook-containing transcription factor 1 (AHCTF1); MEL-28 is found in nuclear pore complexes (NPCs) during interphase, kinetochores early in mitosis, and chromatin later in mitosis; mel-28 mutants were first identified in a screen for genes involved in cell division in the early embryo; mel-28 mutants or mel-28(RNAi) animals have no (or poorly visible) pronuclei and nuclear morphology generally, along with a weak mitotic spindle, aberrant chromatin segregation, and abnormally distributed nuclear envelope (NE) proteins and NPCs; MEL-28 is needed for normal localization of LMN-1 and EMR-1, and appears to be a stable structural component of the NE; maternal MEL-28 is needed for embryonic development.
45Y37D8A.10Y37D8A.10n/achrIII 12,875,275contains similarity to Pfam domain PF06703 Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) contains similarity to Interpro domain IPR009582 (Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit)
46R02D3.1R02D3.1n/achrIV 248,522The R02D3.1 gene encodes an ortholog of the human gene ALPHA-AMINOADIPATE SEMIALDEHYDE SYNTHASE (AASS; OMIM:605113), which when mutated leads to hyperlysinemia (OMIM:238700).
47lin-36F44B9.6n/achrIII 8,018,689C. elegans LIN-36 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006612 (Zinc finger, C2CH-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
48erv-46K09E9.2n/achrX 15,615,388C. elegans ERV-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
49F23C8.5F23C8.5n/achrI 2,419,472The F23C8.5 gene encodes an ortholog of the human gene ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN BETA SUBUNIT (ETFB), which when mutated leads to glutaricaciduria type IIB (OMIM:130410).
50H03A11.1H03A11.1n/achrX 15,211,201H03A11.1 encodes an FAM20 ortholog; murine FAM20A is a secreted protein expressed in hematopoietic cells.