UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rrf-3F10B5.70chrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
2C26B2.5C26B2.5n/achrIV 8,040,889
3C23H5.1C23H5.1n/achrIV 2,132,010contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
4set-8F02D10.7n/achrX 13,447,398set-8 encodes a protein with an N-terminal RING-type zinc finger, and a C-terminal SET domain; SET-8 has no non-nematode orthologs, but is paralogous to MES-4; SET-8 is required for a normally low spontaneous somatic mutation rate; otherwise, neither set-8(tm2113) nor set-8(RNAi) have any obvious phenotypes.
5C54H2.4C54H2.4n/achrX 5,768,086
6dmd-3Y43F8C.10n/achrV 19,652,807C. elegans DMD-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
7T26G10.3T26G10.3n/achrIII 9,413,048contains similarity to Pfam domain PF01282 Ribosomal protein S24e contains similarity to Interpro domain IPR001976 (Ribosomal protein S24e)
8T07D3.2T07D3.2n/achrII 902,779contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
9F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
10rom-3Y116A8C.14n/achrIV 16,967,844C. elegans ROM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domain IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid)
11srx-118T21B4.12n/achrII 12,526,763C. elegans SRX-118 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
12C15B12.6C15B12.6n/achrX 6,498,835
13T20H12.1T20H12.1n/achrII 3,950,365
14Y50F7A.2Y50F7A.2n/achrII 1,183,626
15C04C3.6C04C3.6n/achrIV 3,421,207contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
16C40A11.8C40A11.8n/achrII 2,150,922
17clec-176E03H12.3n/achrIV 4,984,700C. elegans CLEC-176 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
18fbxa-37ZC47.14n/achrIII 1,286,023This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
19C33A11.2C33A11.2n/achrX 15,367,917contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG4025-PA;; FLYBASE:CG4025
20F09C11.1F09C11.1n/achrIV 543,658
21K05G3.2K05G3.2n/achrX 16,497,319
22F38C2.1F38C2.1n/achrIV 16,249,570contains similarity to Carnobacterium piscicola ATP-dependent translocator.; TR:Q46317
23clec-24F49A5.4n/achrV 16,863,042C. elegans CLEC-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24nhr-250ZK488.1n/achrV 613,820C. elegans NHR-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
25T07D3.6T07D3.6n/achrII 881,565contains similarity to Pfam domain PF06828 Fukutin-related contains similarity to Interpro domain IPR009644 (Fukutin-related)
26C44E4.2C44E4.2n/achrI 4,632,370contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
27srw-83ZK262.6n/achrV 18,428,523C. elegans SRW-83 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
28cdc-25.2F16B4.8n/achrV 1,581,313cdc-25.2 encodes a putative homolog of Cdc25 phosphatase protein family that affects germline proliferation.
29srj-9T20C4.1n/achrV 3,432,956C. elegans SRJ-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30srh-298Y94A7B.5n/achrV 17,819,902C. elegans SRH-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31srh-112T19C9.2n/achrV 17,225,620C. elegans SRH-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32D2045.7D2045.7n/achrIII 10,480,900contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
33R03H4.1R03H4.1n/achrV 9,018,100contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
34srh-37R11G11.9n/achrV 511,858C. elegans SRH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35bli-3F56C11.1n/achrI 150,659bli-3 encodes a large homolog of dual oxidase ('Ce-Duox1'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; BLI-3 is required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; BLI-3 is thought to use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then drives the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; BLI-3 is expressed exclusively in hypodermal cells at low levels, with peaks of expression corresponding to collagen/cuticle biosynthesis.
36K12H6.12K12H6.12n/achrII 2,810,497contains similarity to Interpro domain IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
37C18G1.8C18G1.8n/achrV 4,765,470contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
38srh-18C50B6.5n/achrV 13,319,254C. elegans SRH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39str-181R11D1.6n/achrV 12,717,648C. elegans STR-181 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40ubc-12R09B3.4n/achrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
41mec-10F16F9.5n/achrX 8,467,984The mec-10 gene encodes an amiloride-sensitive Na+ channel protein (degenerin) required to sense gentle mechanical stimuli (e.g. touch) along the body wall; it is paralogous to mec-4, which has similar function in vivo.
42M02F4.1M02F4.1n/achrX 3,028,999contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Splicing factor, arginine/serine-rich 12; ENSEMBL:ENSP00000284041
43F47G9.4F47G9.4n/achrV 11,319,469contains similarity to Pfam domain PF00643 B-box zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
44sri-54T10D4.8n/achrII 3,136,737C. elegans SRI-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB)
45C03A7.2C03A7.2n/achrV 5,182,798
46R11.3R11.3n/achrX 16,198,339contains similarity to Haemophilus influenzae Hypothetical protein HI0386.; SW:YBGC_HAEIN
47math-5C16C4.10n/achrII 1,882,210C. elegans MATH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
48srsx-24C03G6.16n/achrV 7,378,672C. elegans SRSX-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
49C17H1.3C17H1.3n/achrI 13,105,263contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Smooth muscle caldesmon, putative.; TR:A2FBI1
50srw-14C41G6.8n/achrV 15,226,687C. elegans SRW-14 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000975 (Interleukin-1)