UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxa-88F10A3.21e-179chrV 16,142,535This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
2D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
3T22E7.2T22E7.2n/achrI 5,767,620contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domains IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
4nhr-233Y32B12B.6n/achrV 16,570,335C. elegans NHR-233 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5T03E6.8T03E6.8n/achrV 16,601,940contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6C47A10.5C47A10.5n/achrV 17,775,721C47A10.5 encodes a D-aspartate oxidase (DASPO), paralogous to F18E3.7 and F20H11.5; recombinant C47A10.5 protein has DASPO acvitity on acidic D-amino acid substrates (e.g., D-aspartate, D-glutamate, or N-methyl-D-aspartate/NMDA), with highest catalytic efficiency on D-glutamate; since the C-terminal residues of C47A10.5 match the PTS1 consensus sequence, C47A10.5 is predicted to be peroxisomal.
7F09G8.7F09G8.7n/achrIII 8,268,070
8F59H6.6F59H6.6n/achrII 2,011,980contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
9AH10.2AH10.2n/achrV 14,157,204contains similarity to Plasmodium falciparum RIFIN.; TR:Q8I211
10sre-7K02E11.2n/achrV 14,245,132C. elegans SRE-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
11ZK795.1ZK795.1n/achrIV 12,551,089contains similarity to Pfam domain PF03770 Inositol polyphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR005522 (Inositol polyphosphate kinase)
12T08E11.1T08E11.1n/achrII 1,838,405This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
13bath-45F29C12.5n/achrII 13,123,821C. elegans BATH-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) (2), PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
14C48C5.1C48C5.1n/achrX 8,982,602contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR005390 (Neuromedin U receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15B0462.1B0462.1n/achrV 18,326,871contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
16F58D12.1F58D12.1n/achrV 14,052,371contains similarity to White spot syndrome virus Wsv359 (WSSV418).; TR:Q8VAP2
17ceh-14F46C8.5n/achrX 7,530,621ceh-14 encodes a LIM homeodomain protein orthologous to Drosophila Lim3 and the vertebrate Lhx3 and Lhx4 proteins; ceh-14 is required for specification of the AFD thermosensory neurons and for normal thermotactic behavior; a ceh-14::GFP reporter fusion is expressed in head and tail neurons, including the AFD thermosensory neurons, during late embryonic, larval, and adult stages. Animals triply mutant for the LIM homeobox genes ceh-14, lin-11, and ttx-3 which are required for function of the AFD, AIZ, and AIY neurons, respectively, exhibit a basic cryophilic thermotaxis response suggesting that, in C. elegans, there is more than one pathway for integration of thermosensory input.
18spp-11T25D10.3n/achrII 6,406,317C. elegans SPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
19C17H1.5C17H1.5n/achrI 13,115,023contains similarity to Mus musculus Inner centromere protein.; SW:Q9WU62
20F09F3.5F09F3.5n/achrV 13,851,828contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal)
21sre-56C50E10.8n/achrII 12,326,444C. elegans SRE-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR002090 (Na+/H+ exchanger, isoform 6 (NHE6)), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22F21C10.1F21C10.1n/achrV 9,132,804contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
23sri-46K07E8.11n/achrII 670,321C. elegans SRI-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24srw-111M01G12.4n/achrI 12,124,188C. elegans SRW-111 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
25T21D9.2T21D9.2n/achrX 2,095,709contains similarity to Interpro domain IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
26col-148C12D8.8n/achrV 10,242,222C. elegans COL-148 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
27F58E2.3F58E2.3n/achrIV 3,468,626This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
28T27F6.8T27F6.8n/achrI 12,498,624This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29C55B6.4C55B6.4n/achrX 7,187,869
30Y65A5A.1Y65A5A.1n/achrIV 16,399,303contains similarity to Interpro domain IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerization domain bHLH)
31B0416.3B0416.3n/achrX 9,292,441
32col-78W07A12.5n/achrII 9,153,340C. elegans COL-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
33Y17G7B.13Y17G7B.13n/achrII 12,045,368contains similarity to Pfam domain PF06090 Domain of unknown function (DUF941) contains similarity to Interpro domain IPR009286 (Protein of unknown function DUF941)
34fbxb-6F07E5.1n/achrII 2,066,717This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
35str-256T01G6.9n/achrV 500,551C. elegans STR-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36R160.2R160.2n/achrX 4,376,697
37C16H3.1C16H3.1n/achrX 17,618,555contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
38clec-140T05A7.2n/achrII 4,675,089C. elegans CLEC-140 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
39nas-10K09C8.3n/achrX 10,962,779nas-10 encodes an astacin-like metalloprotease.
40C04E6.3C04E6.3n/achrV 5,920,241
41K03H6.2K03H6.2n/achrIV 1,512,894contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR008262 (Lipase, active site), IPR016201 (Plexin-like fold)
42str-220C42D4.9n/achrIV 7,170,609str-220 encodes a seven transmembrane chemoreceptor; microarray analyses indicate that str-220 is expressed at higher levels in the AWB olfactory neurons than the AFD thermosensory neurons; anatomical expression studies confirm expression in the AWB neurons; expression of str-220 in AWB is regulated, in part, by the KIN-29 Ser/Thr kinase.
43W09C3.3W09C3.3n/achrI 4,708,334contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
44K09H9.1K09H9.1n/achrI 3,154,202contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domain IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114)
45C08A9.8C08A9.8n/achrX 17,103,774contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
46M03F8.5M03F8.5n/achrV 5,935,209contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domain IPR004245 (Protein of unknown function DUF229)
47str-71T23F1.4n/achrV 15,458,547C. elegans STR-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48nas-33K04E7.3n/achrX 6,453,429C. elegans NAS-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
49K09H9.4K09H9.4n/achrI 3,134,515contains similarity to Interpro domains IPR015706 (RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), related), IPR003286 (Nematode reverse transcriptase-like)
50C14A11.6C14A11.6n/achrX 2,812,319