UCSC C. elegans Gene Sorter
 
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1col-91F09G8.61.0000000000000001e-39chrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
4bli-2F59E12.12n/achrII 5,651,887A cuticle collagen involved in strut assembly in the adult cuticle.
5ptr-18Y38F1A.3n/achrII 12,972,260ptr-18 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-18 is strongly required for normal molting from L3 to adult stage (a role conserved in C. briggsae); PTR-18 is also required for male tail development and vulval morphogenesis, and (partly) for endocytosis of yolk by oocytes.
6col-39C09G5.40.000003chrII 10,705,382col-39 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-39 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-35.
7tyr-2K08E3.1n/achrIII 13,745,634C. elegans TYR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
8bli-1C09G5.60.0003chrII 10,710,464The bli-1 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for proper strut formation within the unique medial layer of the adult cuticle; bli-1 interacts genetically with other cuticular collagens such as bli-2 and rol-1, and may be processed for secretion by BLI-4, a Kex2/subtilisin serine endoproteinase; consistent with its role in adult cuticle formation, bli-1 mRNA is highly expressed only during the L4 larval stage.
9ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
10col-125C29F4.1n/achrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11col-65K08C9.40.000006chrI 11,489,885C. elegans COL-65 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12col-130F08G5.40.0000004chrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
13F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
14col-157T11F9.9n/achrV 11,484,503C. elegans COL-157 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
15dsc-4K02D7.4n/achrIV 317,817dsc-4 encodes the C. elegans ortholog of the large subunit of the microsomal triglyceride transfer protein; dsc-4 affects the length of the defecation cycle and genetically interacts with clk-1 with respect to defecation cycle length, and also with respect to the clk-1- dependent adjustment of defecation cycle length to temperature; a DSC-4::GFP fusion protein is expressed in the intestine beginning during embryonic elongation and continuing on through adulthood.
16col-156F57B7.30.000002chrV 11,449,767C. elegans COL-156 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
17col-180C44C10.1n/achrX 11,711,753C. elegans COL-180 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18col-155F55C10.3n/achrV 11,389,359C. elegans COL-155 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
19F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
20col-49K09H9.3n/achrI 3,137,817col-49 encodes a cuticle collagen.
21col-93W05B2.5n/achrIII 10,984,961C. elegans COL-93 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
22col-126F54D1.20.0006chrIV 11,263,837C. elegans COL-126 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000681 (Adrenergic receptor, beta 3), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
23rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
24T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
25D1086.3D1086.3n/achrV 14,093,402contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
26col-154F55C10.2n/achrV 11,385,847C. elegans COL-154 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
27F55G11.8F55G11.8n/achrIV 12,963,684contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
28lips-14H17B01.3n/achrII 1,485,043C. elegans LIPS-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
29ram-2F38A3.2n/achrII 11,016,138ram-2 encodes a cuticle collagen that interacts with unc-6 to affect ray cell migration, and interacts with unc-5 and unc-6 to affect embryonic viability; also affects ray morphology in males such that the structural cells and the hypodermis of the rays are swollen in mutants.
30F10E7.3F10E7.3n/achrII 7,124,926
31Y17D7B.4Y17D7B.4n/achrV 18,776,427
32dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
33T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
34C30H6.5C30H6.5n/achrIV 17,373,653contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
35col-161C50B6.46e-17chrV 13,317,524C. elegans COL-161 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
36col-79C09G5.30.00000001chrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
37col-38F54C9.40.0002chrII 8,568,492col-38 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) required for normal body morphology.
38C05D2.8C05D2.8n/achrIII 5,608,885contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein (Fragment).; TR:Q16Z88
39alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
40C35E7.1C35E7.1n/achrI 10,848,430
41T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
42F21A3.3F21A3.3n/achrV 15,518,665F21A3.3 encodes a putatively secreted protein, with an N-terminal EGF-liked domain and a DUF1794 domain, that is homologous to human THAP4/CGI-36; F21A3.3 is a paralog of MAB-7, C15F1.1, C28H8.5, C52G5.2, T28H10.2, and a domain in Y46G5A.29.
43col-150B0024.20.00002chrV 10,294,098C. elegans COL-150 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44srr-3F36D3.3n/achrV 16,507,773C. elegans SRR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
45H03A11.2H03A11.2n/achrX 15,228,166contains similarity to Trypanosoma brucei Putative uncharacterized protein.; TR:Q57WE8
46dao-4ZC373.6n/achrX 10,075,753dao-4 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; dao-4 transcripts are expressed at higher levels in wild-type adult animals than in daf-2 mutant adults at 25C, suggesting that dao-4 expression is positively regulated by DAF-2/insulin-like receptor signaling; reduced dao-4 expression in daf-2 mutants is dependent upon DAF-16.
47T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
48glh-1T21G5.3n/achrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
49T21C9.6T21C9.6n/achrV 10,584,474contains similarity to Pfam domains PF00391 (PEP-utilising enzyme, mobile domain) , PF01326 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008279 (PEP-utilising enzyme, mobile region), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002192 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
50col-94W05B2.1n/achrIII 10,987,216C. elegans COL-94 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)