UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F09B12.5F09B12.51e-149chrX 15,086,421contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
2skr-6Y37H2C.2n/achrV 18,269,765The skr-6 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-6(RNAi) animals are at least superficially normal.
3C39D10.1C39D10.1n/achrX 7,906,986
4srx-67K07C6.10n/achrV 3,917,627C. elegans SRX-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
5cyp-34A6B0213.11n/achrV 3,959,699C. elegans CYP-34A6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
6ocam-1T02B5.2n/achrV 14,167,452T02B5.2 encodes a protein with an OCAM domain, a nematode-specific motif conserved between T02B5.2 and two other nematode ONECUT homeobox proteins (CEH-21 and CEH-41); this gene is probably derived from a ONECUT gene that lost both tit cut domain and its homeodomain; T02B5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
7F26F2.7F26F2.7n/achrV 20,581,046contains similarity to Pfam domain PF05346 Eukaryotic membrane protein family contains similarity to Interpro domain IPR008010 (Protein of unknown function DUF747, CMV receptor)
8W02B3.3W02B3.3n/achrIII 668,260
9srt-18R03H4.4n/achrV 9,015,000C. elegans SRT-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10F55H12.3F55H12.30.008chrI 8,884,703contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (5), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF07974 (EGF-like domain) (5), PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF02494 (HYR domain) , PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
11F45D3.2F45D3.2n/achrV 12,541,972contains similarity to Dictyocaulus viviparus Putative uncharacterized protein.; TR:Q6E6T3
12srt-16C50H11.11n/achrV 3,064,037C. elegans SRT-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
13C46H3.3C46H3.3n/achrX 1,228,487contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
14kin-30M01B2.1n/achrV 15,246,214kin-30 encodes a predicted tyrosine kinase; kin-30 is expressed during larval stages, but has not been detected in adults; the expression of kin-30 was experimentally verified by RT-PCR.
15F17H10.4F17H10.4n/achrX 13,126,169contains similarity to Macaca fascicularis Cytochrome oxidase subunit VIII.; TR:Q8SPI5
16T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
17C31G12.3C31G12.3n/achrV 18,185,300contains similarity to Rhodopirellula baltica Probable polysaccharide export protein.; TR:Q7UYB3
18skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
19srj-57T03D3.14n/achrV 2,854,982C. elegans SRJ-57 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20srt-9C50H11.5n/achrV 3,078,685C. elegans SRT-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
21cyp-33C5F41B5.3n/achrV 2,246,015C. elegans CYP-33C5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
22C32B5.14C32B5.14n/achrII 966,320
23fbxa-57C29F9.10n/achrIII 106,751C. elegans FBXA-57 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001986 (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, core), IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
24T06H11.2T06H11.2n/achrX 10,129,860contains similarity to Sulfolobus tokodaii Putative reverse gyrase.; TR:Q975P6
25xbx-1F02D8.3n/achrV 14,981,466C. elegans XBX-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1; ENSEMBL:ENSP00000260605
26K10H10.5K10H10.5n/achrII 14,502,114contains similarity to Interpro domain IPR001030 (Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha)
27F47F2.2F47F2.2n/achrX 3,886,480
28ZK688.1ZK688.1n/achrIII 7,910,130
29str-136F21F8.9n/achrV 8,278,202C. elegans STR-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30srw-24C41G6.7n/achrV 15,224,639C. elegans SRW-24 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
31F45E6.1F45E6.1n/achrX 12,476,473contains similarity to Interpro domain IPR005829 (Sugar transporter, conserved site)
32acr-5K03F8.2n/achrIII 6,512,172acr-5 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors that is expressed in the nervous system.
33F56H6.9F56H6.9n/achrI 12,305,199contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
34dop-4C52B11.3n/achrX 1,296,964C. elegans DOP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000929 (Dopamine receptor), IPR002233 (Adrenergic receptor), IPR001671 (Melanocortin/ACTH receptor), IPR000995 (Muscarinic acetylcholine receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
35srsx-1F40D4.5n/achrV 17,177,360C. elegans SRSX-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
36F55G1.12F55G1.12n/achrIV 7,494,554contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
37F21C10.5F21C10.5n/achrV 9,125,800contains similarity to Xenopus tropicalis H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein.; SW:Q5RJV1
38str-256T01G6.9n/achrV 500,551C. elegans STR-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39lrp-2T21E3.30.00000006chrI 3,939,445C. elegans LRP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (6), PF07974 (EGF-like domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) (14), PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (7)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40srd-69H04J21.2n/achrIII 2,364,601C. elegans SRD-69 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41Y43F8C.6Y43F8C.6n/achrV 19,636,948contains similarity to Interpro domains IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009057 (Homeodomain-like)
42C14A6.8C14A6.8n/achrV 18,170,317contains similarity to Gallus gallus Cellular tumor antigen p53 (Tumor suppressor p53).; SW:P53_CHICK
43F47H4.2F47H4.2n/achrV 17,356,736This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
44T18D3.7T18D3.7n/achrX 12,442,974contains similarity to Pfam domain PF01166 TSC-22/dip/bun family contains similarity to Interpro domain IPR000580 (TSC-22 / Dip / Bun)
45C12D5.10C12D5.10n/achrV 7,692,770contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
46uev-3F26H9.7n/achrI 9,311,457uev-3 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; based on similarity to Saccharomyces cerevisiae and human proteins, however, UEV-3 may play a role in cell cycle control or response to stress or DNA damage.
47col-123W08D2.6n/achrIV 9,822,477col-123 is homologous to the human gene A TYPE IV COLLAGEN (COL6A1; OMIM:303631), which when mutated is sometimes associated with diffuse leiomyomatosis.
48srxa-4F18E3.1n/achrV 7,421,068C. elegans SRXA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
49Y70D2A.1Y70D2A.1n/achrX 14,922,327contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50str-178R11D1.5n/achrV 12,715,427C. elegans STR-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)