UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F09A5.1F09A5.10chrX 13,132,007contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2ptr-23ZK270.1n/achrI 14,911,168ptr-23 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-23 is strongly required for normal molting from L4 to adult stages (a role conserved in C. briggsae); PTR-23 is also required for normal male tail development, vulval morphogenesis, adult alae formation, and (partly) for endocytosis of yolk by oocytes.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4mrp-3E03G2.2n/achrX 15,934,560C. elegans MRP-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00664 (ABC transporter transmembrane region) (2), PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR001140 (ABC transporter, transmembrane region), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
5F07A11.5F07A11.5n/achrII 11,613,153contains similarity to Pfam domain PF00294 pfkB family carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domains IPR011611 (Carbohydrate/purine kinase), IPR011877 (Ribokinase, bacterial), IPR002139 (Ribokinase)
6F53C11.1F53C11.1n/achrV 13,776,738contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
7Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
8F21G4.1F21G4.1n/achrX 9,890,917contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR000539 (Frizzled protein), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
9F33E2.4F33E2.4n/achrI 12,582,781contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Elongation factor 3 (EF-3).; SW:EF3_SCHPO
10C30F12.2C30F12.2n/achrI 6,969,030contains similarity to Pfam domain PF03969 AFG1-like ATPase contains similarity to Interpro domains IPR005654 (AFG1-like ATPase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
11H25K10.1H25K10.1n/achrIV 16,204,661contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR015914 (Purple acid phosphatase, N-terminal), IPR004843 (Metallophosphoesterase)
12ZK1251.9ZK1251.9n/achrIV 9,701,830contains similarity to Pfam domain PF08513 LisH contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006594 (LisH dimerisation motif), IPR013720 (LisH dimerisation motif, subgroup), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR016024 (Armadillo-type fold)
13fbxa-51T12B5.1n/achrIII 962,902This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
14F26H9.5F26H9.5n/achrI 9,313,557contains similarity to Pfam domain PF00266 Aminotransferase class-V contains similarity to Interpro domains IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR003248 (Phosphoserine aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
15F55E10.6F55E10.6n/achrX 8,345,470contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
16R04E5.2R04E5.2n/achrX 8,814,421R04E5.2 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, and R13G10.4; by orthology with MAM3, R04E5.2 may participate in metal homoeostasis; R04E5.2, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; R04E5.2 has no obvious function in RNAi assays.
17unc-31ZK897.1n/achrIV 12,780,334unc-31 encodes a pleckstrin homology (PH) domain-containing protein that is the C. elegans ortholog of human CADPS/CAPS (calcium-dependent activator protein for secretion OMIM:604667); UNC-31 functions in post-docking calcium-regulated dense-core vesicle fusion that is required for egg laying, locomotion, pharyngeal pumping, and recovery from the dauer larval stage; in addition, UNC-31 functions in the insulin receptor signaling pathway that regulates adult life span where it may control Ca[2+]-regulated secretion of an insulin-like ligand; UNC-31 is not required for synaptic vesicle exocytosis; unc-31::gfp transcriptional reporters are expressed in most, if not all, neurons, vulval muscles, vulval cells, the spermatheca, and secretory cells such as the uterine UV1 cells; UNC-31::GFP translational fusions localize to neuronal cell bodies, axonal projections and to sites of synaptic contact, consistent with other dense-core vesicle proteins.
18ugt-44F01D4.2n/achrIV 10,470,798C. elegans UGT-44 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
19F52C6.13F52C6.13n/achrII 1,930,469
20tag-314F15H10.4n/achrV 10,427,635C. elegans TAG-314 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
21E04F6.6E04F6.6n/achrII 7,198,430contains similarity to Interpro domain IPR000183 (Orn/DAP/Arg decarboxylase 2)
22F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
23mif-2C52E4.2n/achrV 11,977,505C. elegans MIF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
24nlt-1ZK892.2n/achrII 10,000,661nlt-1 encodes a member of the SCP-2 sterol transfer family.
25T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
26R03A10.3R03A10.3n/achrX 15,438,160contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
27C03B1.7C03B1.7n/achrX 6,343,858contains similarity to Sulfolobus tokodaii DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q96YR5
28pgp-13F22E10.2n/achrX 12,741,422pgp-13 encodes a member of the ABC transporter family with high similarity to the vertebrate MDR (multidrug resistance) family; PGP-13 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-13 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious defects, the precise role of pgp-13 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-13 promoter-gfp fusion proteins are expressed in larvae and adults in the posterior intestine and the amphids.
29F43G9.1F43G9.1n/achrI 8,607,769contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004434 (Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
30amx-3F25C8.2n/achrV 20,896,026C. elegans AMX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01593 Flavin containing amine oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR001613 (Flavin-containing amine oxidase), IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
31F32B4.6F32B4.6n/achrI 11,516,108contains similarity to Pfam domains PF07819 (PGAP1-like protein) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR012908 (PGAP1-like)
32M01G12.9M01G12.9n/achrI 12,111,806contains similarity to Lactococcus lactis ORF (Fragment).; TR:Q48730
33F41E6.11F41E6.11n/achrV 8,620,645contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
34F28A10.10F28A10.10n/achrII 831,531contains similarity to Pfam domain PF01467 Cytidylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR004821 (Cytidyltransferase-related), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR004820 (Cytidylyltransferase)
35ZK370.8ZK370.8n/achrIII 8,753,333contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
36vpr-1F33D11.11n/achrI 5,869,119C. elegans VPR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein), IPR016763 (Vesicle-associated membrane protein)
37C08B6.2C08B6.2n/achrV 10,106,583contains similarity to Rattus norvegicus Adenomatous polyposis coli protein (APC protein).; SW:APC_RAT
38Y54G11A.7Y54G11A.7n/achrII 14,298,367contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
39abu-2F19G12.7n/achrX 1,409,740abu-2 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-2 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-2 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
40ZK1058.9ZK1058.9n/achrIII 3,924,612contains similarity to Borrelia burgdorferi Probable O-sialoglycoprotein endopeptidase (EC 3.4.24.57)s(Glycoprotease).; SW:GCP_BORBU
41F01D5.3F01D5.3n/achrII 13,999,536contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
42pgp-1K08E7.9n/achrIV 12,595,402pgp-1 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; along with PGP-3, PGP-1 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-1 is expressed in the apical membrane of intestinal cells and in the intestinal valve cells; loss of pgp-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
43C34H4.2C34H4.2n/achrIV 1,554,675contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
44F19C7.1F19C7.1n/achrIV 4,606,991contains similarity to Pfam domain PF06879 Protein of unknown function (DUF1261) contains similarity to Interpro domain IPR009673 (Protein of unknown function DUF1261)
45F15E11.2F15E11.2n/achrV 2,335,582contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
46R09F10.1R09F10.1n/achrX 8,324,257contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
47abu-7C03A7.8n/achrV 5,164,061abu-7 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-7 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-7 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
48Y43F8C.4Y43F8C.4n/achrV 19,627,836contains similarity to Homo sapiens 90 kDa protein; VG:OTTHUMP00000182483
49gly-13B0416.6n/achrX 9,295,081gly-13 encodes an experimentally verified UDP-N-acetylglucosamine alpha-3-D-mannoside beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I), that is the primary GnT I enzyme in vivo, and that can act on unusual substrates; gly-13 is expressed throughout development in many cell types; gly-13 has no obvious function in vivo, since a deletion allele of gly-13 is phenotypically normal even as a double or triple mutant with gly-12 and gly-14.
50H03A11.1H03A11.1n/achrX 15,211,201H03A11.1 encodes an FAM20 ortholog; murine FAM20A is a secreted protein expressed in hematopoietic cells.