UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ncr-1F02E8.60chrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
2ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.
3F33C8.4F33C8.4n/achrX 14,733,294contains similarity to Interpro domain IPR006209 (EGF-like domain)
4ubc-23C28G1.1n/achrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
5W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705
6C33H5.16C33H5.16n/achrIV 7,802,511contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
7C55C3.1C55C3.1n/achrIV 5,711,705contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
8Y41E3.6Y41E3.6n/achrIV 15,006,683contains similarity to Bacillus halodurans Stress-and starvation-induced gene controlled by sigma-B.; TR:Q9KE40
9F57G4.5F57G4.5n/achrV 17,642,359contains similarity to Mus musculus Dentin sialophosphoprotein precursor (Dentin matrix protein-3) (DMP-s3) [Contains: Dentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP);sDentin sialoprotein (DSP)].; SW:DSPP_MOUSE
10T25G12.6T25G12.6n/achrX 17,227,557contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
11F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
12R05D3.6R05D3.6n/achrIII 8,350,531R05D3.6 encodes the epsilon subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); RNAi experiments indicate that loss of R05D3.6 activity has minor effects on growth rate.
13R07H5.9R07H5.9n/achrIV 11,208,377contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved in septin organization; SGD:YCL024W
14B0454.6B0454.6n/achrII 3,034,446contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
15C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
16F42G2.2F42G2.2n/achrII 2,423,776contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
17F56H1.3F56H1.3n/achrI 5,732,820contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil), IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
18lips-13T13B5.7n/achrII 1,116,848C. elegans LIPS-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
19lgc-12R13A5.4n/achrIII 7,563,273C. elegans LGC-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
20ZK892.4ZK892.4n/achrII 10,007,287ZK892.4 is orthologous to the human gene ALPHA-METHYLACYL-CoA RACEMASE (AMACR; OMIM:604489), which when mutated leads to AMACR deficiency.
21cyp-13A1T10B9.8n/achrII 9,780,487C. elegans CYP-13A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
22W03G11.3W03G11.3n/achrX 12,101,925contains similarity to Pfam domain PF01120 Alpha-L-fucosidase contains similarity to Interpro domains IPR016286 (Alpha-L-fucosidase), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR000933 (Glycoside hydrolase, family 29 (alpha-L-fucosidase))
23C25F9.5C25F9.5n/achrV 19,409,124contains similarity to Pfam domain PF00176 SNF2 family N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR000330 (SNF2-related)
24srh-115Y61B8A.2n/achrV 17,256,442C. elegans SRH-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25C34G6.1C34G6.1n/achrI 5,912,249contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
26sulp-4K12G11.1n/achrV 11,877,220sulp-4 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-4 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids and when expressed in Xenopus oocytes, SULP-4 exhibits robust transport of sulfate and more modest transport of chloride ions and oxalate; a SULP-4::GFP fusion is expressed in the apical canaliculae of the excretory cell and also in some head neurons.
27D1007.3D1007.3n/achrI 4,576,495
28F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
29F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
30F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31M02D8.1M02D8.1n/achrX 8,765,033contains similarity to Pfam domain PF07679 Immunoglobulin I-set domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype)
32F13B6.1F13B6.1n/achrIV 7,457,398
33egl-23Y37A1B.11n/achrIV 14,007,827egl-23 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; egl-23 was originally defined by gain-of-function mutations that result in defects in locomotion, egg-laying, and enteric muscle activation; loss of egl-23 function via reversion or RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities suggesting that EGL-23 may function redundantly with other TWK channels; egl-23 does not, however, interact genetically with the UNC-93 group of TWKs encoded by unc-93, sup-9, and sup-10; the EGL-23 expression pattern is not yet known.
34F42C5.2F42C5.2n/achrIV 7,306,596contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002962 (Peropsin), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
35sdz-4C32B5.16n/achrII 959,537C. elegans SDZ-4 protein ;
36ubc-17B0403.2n/achrX 7,052,951C. elegans UBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2)
37R13A1.7R13A1.7n/achrIV 7,213,362
38C50A2.2C50A2.2n/achrIV 1,173,690contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
39fbxa-218Y49E10.17n/achrIII 12,438,684C. elegans FBXA-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40nhr-153C13C4.1n/achrV 12,105,417C. elegans NHR-153 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
41T20H4.2T20H4.2n/achrIII 7,242,074contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
42D1007.15D1007.15n/achrI 4,560,680contains similarity to Mus musculus Uncharacterized protein KIAA0195.; SW:Q7TSH8
43C14A4.13C14A4.13n/achrII 10,619,389contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
44fbxa-32ZC47.6n/achrIII 1,268,313This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
45glb-13F19H6.2n/achrX 12,374,995glb-13 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
46C49G7.7C49G7.7n/achrV 4,036,291
47T13C5.2T13C5.2n/achrX 6,186,424contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
48pho-4T16D1.2n/achrII 5,237,340C. elegans PHO-4 protein ;
49F34H10.4F34H10.4n/achrX 9,649,656contains similarity to Interpro domain IPR002253 (Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1)
50F29B9.11F29B9.11n/achrIV 4,659,939