UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ard-1F01G4.28e-143chrIV 11,132,448ard-1 encodes a homolog of mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (HADH II)/amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase (ABAD) that is predicted to be mitochondrial.
2C46A5.6C46A5.6n/achrIV 7,761,969
3F08F1.3F08F1.3n/achrX 8,430,035
4dct-11W06B11.3n/achrX 5,838,856C. elegans DCT-11 protein ;
5wht-1C05D10.3n/achrIII 6,086,042C05D10.3 encodes an ATP-binding cassette (ABC) transporter; C05D10.3 activity is required for efficient RNA interference (RNAi) of a germline-expressed target, pop-1.
6ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
7C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
8fbxa-189F47H4.9n/achrV 17,346,436This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
9cyp-37B1F28G4.1n/achrV 16,279,374C. elegans CYP-37B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
10tyr-1C02C2.1n/achrIII 7,875,371C02C2.1 encodes a tyrosinase homolog with a glutamine/asparagine-rich domain.
11F46B6.8F46B6.8n/achrV 9,792,368contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
12fbxa-29ZC47.3n/achrIII 1,273,100This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
13srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14flp-10T06C10.4n/achrIV 7,869,261flp-10 encodes a FMRFamide-related neuropeptide; in males, flp-10 activity is required for a sensory transduction pathway that negatively regulates the frequency of certain substeps of turning behavior during mating; a flp-10::gfp reporter is expressed in a number of neurons including AIM, ASI, AUA, BAG, BDU, DVB, PQR, PVR, and URX, and in the vulD cells.
15puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
16F59D6.3F59D6.3n/achrV 3,026,073contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
17Y40H7A.11Y40H7A.11n/achrIV 15,219,977contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
18T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
19ZC178.2ZC178.2n/achrV 8,707,635contains similarity to Pfam domain PF05647 C. elegans protein of unknown function (DUF801) contains similarity to Interpro domain IPR008519 (Protein of unknown function DUF801, Caenorhabditis elegans)
20ZK593.3ZK593.3n/achrIV 10,917,060contains similarity to Bacillus cereus YndE protein (Spore germination protein BB).; TR:Q9K337
21T04A11.1T04A11.1n/achrIV 12,476,146contains similarity to Pfam domain PF02567 Phenazine biosynthesis-like protein contains similarity to Interpro domain IPR003719 (Phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein)
22T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
23C24F3.2C24F3.2n/achrIV 10,223,062contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016278 (Tyrosine protein phosphatase, dual specificity, 12), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
24srsx-26C51E3.1n/achrV 10,149,791C. elegans SRSX-26 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
26F35C8.5F35C8.5n/achrX 5,366,661contains similarity to Pfam domain PF01598 contains similarity to Interpro domain IPR006088 (Sterol desaturase)
27F52H3.4F52H3.4n/achrII 10,041,733contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Protein gar2.; SW:P41891
28C17H1.7C17H1.7n/achrI 13,137,541contains similarity to Plasmodium reichenowi Reticulocyte binding-like protein 2b.; TR:Q6YA79
29col-51T28F2.8n/achrI 3,654,613col-51 encodes a cuticle collagen.
30F37C12.10F37C12.10n/achrIII 7,188,147
31C33H5.2C33H5.2n/achrIV 7,806,489contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
32ZC204.12ZC204.12n/achrII 1,656,785contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
33F36F2.2F36F2.2n/achrI 9,017,387contains similarity to Procambarus clarkii I-connectin.; TR:Q95YM2
34C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
35R13H4.6R13H4.6n/achrV 11,864,309contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Putative protease La homolog type (EC 3.4.21.-).; SW:O29883
36str-232T10C6.1n/achrV 16,015,103C. elegans STR-232 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37sago-1K12B6.1n/achrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
38nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39fbxa-98C08F11.5n/achrIV 13,634,329This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
41F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
42T06C12.8T06C12.8n/achrV 15,883,366contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
43nhl-1F54G8.4n/achrIII 9,150,557The nhl-1 gene encodes an RBCC protein, orthologous to the mammalian protein BERP; its C. elegans paralogs include ncl-1 and lin-41.
44C48B4.8C48B4.8n/achrIII 9,560,470contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein ywcE precursor.; SW:YWCE_BACSU
45F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
46srp-6C03G6.19n/achrV 7,385,156srp-6 encodes a functional serpin (serine protease inhibitor)
47srx-65K07C6.8n/achrV 3,922,434C. elegans SRX-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48asah-1K11D2.2n/achrI 12,506,351K11D2.2 is orthologous to the human gene N-ACYLSPHINGOSINE AMIDOHYDROLASE (ASAH; OMIM:228000), which when mutated leads to Farber lipogranulomatosis.
49sri-24C41G6.11n/achrV 15,212,913C. elegans SRI-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50sms-2F53H8.4n/achrX 946,855C. elegans SMS-2 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Spingomyelin synthetase.; TR:Q17C34