UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F01G10.10F01G10.100chrIV 10,247,944contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
2nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3clec-35Y102A5B.2n/achrV 16,853,143C. elegans CLEC-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
4F21D5.6F21D5.6n/achrIV 8,740,745contains similarity to Xenopus laevis Ribonuclease H2 subunit B (RNase H2 subunit B) (Ribonuclease HIssubunit B).; SW:Q5HZP1
5lin-59T12F5.4n/achrI 3,717,339C. elegans LIN-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF01426 (BAH domain) , PF00628 (PHD-finger) , PF00856 (SET domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001025 (Bromo adjacent region), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type), IPR006560 (AWS)
6srs-1W03B1.4n/achrIV 4,358,749srs-1 encodes a predicted mitochondrial seryl-tRNA synthetase (SerRS), a class II aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of serine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; in C. elegans, SRS-1 activity is required for normal postembryonic morphology and rates of growth.
7C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
8C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
9hda-3R06C1.1n/achrI 11,915,408hda-3 encodes a member of the histone deacetylase family most similar to human histone deacetylase 1 (HD1) that affects radiation sensitivity.
10C25F6.6C25F6.6n/achrX 5,450,509
11R52.6R52.6n/achrII 2,112,662contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
12srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13ztf-4T10B11.3n/achrI 6,927,973C. elegans ZTF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
14F42G8.6F42G8.6n/achrIV 8,131,368contains similarity to Pfam domains PF05237 (MoeZ/MoeB domain) , PF00581 (Rhodanese-like domain) , PF00899 (ThiF family) contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site), IPR009036 (Molybdenum cofactor biosynthesis), IPR000594 (UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold), IPR007901 (MoeZ/MoeB), IPR016040 (NAD(P)-binding)
15C03E10.3C03E10.3n/achrV 11,287,593contains similarity to Clostridium perfringens Probable cytochrome C-type biogenesis protein.; TR:Q8XME8
16skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
17nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18fbxa-22T12B5.5n/achrIII 939,140C. elegans FBXA-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
19T03G11.4T03G11.4n/achrX 5,167,050contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
20eif-3.CT23D8.4n/achrI 9,978,188eif-3.C encodes a putative c subunit of translation initiation factor 3 that is required for fertility and for embryonic osmotic integrity; eif-3.C is orthologous to human EIF3S8 (OMIM:603916) and budding yeast NIP1.
21gpa-8F56H9.3n/achrV 12,639,639gpa-8 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; expressed in URX, AQR, and PQR sensory cells.
22spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
23C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
24F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
25sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
26F57G4.6F57G4.6n/achrV 17,643,424contains similarity to Interpro domains IPR013048 (Meiotic recombination Spo11), IPR006578 (MADF)
27arl-5ZK632.8n/achrIII 9,823,591arl-5 encodes a paralog of the ADP-ribosylation factor-like protein EVL-20; ARL-5 is an ortholog of mammalian ARL5.
28F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
29srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
30smo-1K12C11.2n/achrI 1,340,894C. elegans SMO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
31srx-38C03A7.5n/achrV 5,154,771C. elegans SRX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32str-223F49C5.6n/achrII 12,564,977C. elegans STR-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
34F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
35polq-1W03A3.2n/achrIII 5,797,057C. elegans POLQ-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00476 (DNA polymerase family A) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR001098 (DNA-directed DNA polymerase, family A), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR002298 (DNA polymerase A), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
36F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
37F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
38F54F2.9F54F2.9n/achrIII 8,826,142contains similarity to Pfam domains PF00249 (Myb-like DNA-binding domain) , PF00226 (DnaJ domain) contains similarity to Interpro domains IPR015609 (Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ), IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR003095 (Heat shock protein DnaJ), IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
39R06F6.2R06F6.2n/achrII 10,790,634contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR016528 (Vacuolar protein sorting-associated protein 11), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000547 (Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
40T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
41C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
42nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43mop-25.2Y53C12A.4n/achrII 9,702,750mop-25.2 encodes a Mo25 protein that inhibits DHC-1 in vivo; MOP-25.2 is orthologous to fission yeast Mo25p, budding yeast Hym1p, Aspergillus nidulans HymA, human CAB39, and human CAB39L; MOP-25.2 is paralogous to MOP-25.1 and (more distantly) MOP-25.3; mop-25.2(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that MOP-25.2 negatively regulates dynein; in early embryos, MOP-25.2 is associated with the midbody and spindle poles after cytokinesis; MOP-25.2 shares a redundant function with MOP-25.1 in fertility and embryonic viability; in mass RNAi assays, MOP-25.2 is required for normal locomotion, body coloration, speed, and body size.
44emb-30F54C8.3n/achrIII 9,438,172emb-30 encodes an anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) component orthologous to mammalian APC-4 and Schizosaccharomyces pombe Lid1; EMB-30 is required for the metaphase-to-anaphase transition during meiosis and mitosis, for establishing anterior-posterior polarity in the early embryo, and for proper localization of germline granules and the maternally provided PAR-2 and PAR-3 proteins.
45exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
46srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
47F09E5.12F09E5.12n/achrII 5,368,494contains similarity to Pfam domain PF05001 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
48W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
49T26A5.6T26A5.6n/achrIII 6,449,449contains similarity to Interpro domain IPR001194 (DENN)
50R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)