UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F01D5.2F01D5.25e-74chrII 13,998,627contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3C06H2.2C06H2.2n/achrV 11,126,240contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domain IPR002913 (Lipid-binding START)
4ZC262.5ZC262.5n/achrIII 8,342,336contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
5abcx-1C56E6.1n/achrII 6,536,117C. elegans ABCX-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07539 Down-regulated in metastasis contains similarity to Interpro domains IPR011430 (Down-regulated in metastasis), IPR016024 (Armadillo-type fold)
6M02F4.3M02F4.3n/achrX 3,038,574M02F4.3 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, M02F4.3 may participate in metal homoeostasis; M02F4.3, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; M02F4.3 has no obvious function in RNAi assays.
7ZC116.3ZC116.3n/achrV 12,620,623ZC116.3 is orthologous to the human gene CUBILIN (CUBN; OMIM:602997), which when mutated leads to hereditary megaloblastic anaemia 1 (OMIM:261100).
8pgp-4F42E11.1n/achrX 11,361,531pgp-4 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-4 activity via deletion mutations or RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-4 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the larval excretory cell.
9F10G7.6F10G7.6n/achrII 4,692,543contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
10ubc-17B0403.2n/achrX 7,052,951C. elegans UBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2)
11C02G6.1C02G6.1n/achrV 5,878,092contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
12C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
13T22D1.1T22D1.1n/achrIV 6,924,455contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
14F18H3.4F18H3.4n/achrX 13,530,481contains similarity to Mus musculus GRIP1-associated protein 1 (GRASP-1) (HCMV-interacting protein).; SW:Q8VD04
15T08B2.11T08B2.11n/achrI 6,222,182contains similarity to Homo sapiens Transcription initiation factor TFIID subunit 3; ENSEMBL:ENSP00000340271
16F40A3.6F40A3.6n/achrV 7,893,039
17H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
18C49G7.7C49G7.7n/achrV 4,036,291
19srh-284C47A10.3n/achrV 17,768,552C. elegans SRH-284 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20F35C11.4F35C11.4n/achrII 8,250,751contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C9orf125; ENSEMBL:ENSP00000363980
21lin-52ZK632.13n/achrIII 9,824,348lin-52 encodes a novel protein that is most closely related to the Drosophila melanogaster CG15929 protein and the human protein XP_040376; lin-52 is a class B synthetic multivulva (synMuv) gene that appears to function with lin-35/Rb to negatively regulate vulval development; in addition, lin-52 is also required for germline and larval development.
22prx-13F32A5.6n/achrII 7,251,051prx-13 is orthologous to the human gene PEX13 (OMIM:601789), which when mutated leads to Zellweger syndrome or neonatal adrenoleukodystrophy.
23F22E12.1F22E12.1n/achrV 10,455,572contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region)
24F42E8.1F42E8.1n/achrV 13,063,254contains similarity to Campylobacter jejuni DNA polymerase III alpha subunit (EC 2.7.7.7).; SW:DP3A_CAMJE
25ech-1C29F3.1n/achrV 15,359,193ech-1 encodes an enoyl-CoA hydratase; loss of ech-1 activity via RNAi results in reduced body fat, consistent with ECH-1's predicted role in fatty acid metabolism; expression of ech-1 mRNA is positively regulated by the NHR-49 nuclear receptor.
26C09G1.4C09G1.4n/achrX 15,992,503contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
27C33C12.4C33C12.4n/achrII 2,165,992
28W03G11.3W03G11.3n/achrX 12,101,925contains similarity to Pfam domain PF01120 Alpha-L-fucosidase contains similarity to Interpro domains IPR016286 (Alpha-L-fucosidase), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR000933 (Glycoside hydrolase, family 29 (alpha-L-fucosidase))
29F55H12.2F55H12.2n/achrI 8,868,112contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Tyrosine specific protein phosphatase)
30M01G12.9M01G12.9n/achrI 12,111,806contains similarity to Lactococcus lactis ORF (Fragment).; TR:Q48730
31T22D1.11T22D1.11n/achrIV 6,927,277contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
32twk-30F36A2.4n/achrI 8,810,320C. elegans TWK-30 protein; contains similarity to Pfam domains PF00041 (Fibronectin type III domain) (2), PF07885 (Ion channel) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003938 (Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013099 (Ion transport 2)
33R06A4.8R06A4.8n/achrII 14,354,036R06A4.8 is orthologous to the human gene GLYCOGEN DEBRANCHING ENZYME ISOFORM 6 (AGL; OMIM:232400), which when mutated leads to glycogen storage disease, type III.
34F56D5.3F56D5.3n/achrIV 9,400,450contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
35sra-22F28C12.7n/achrI 12,702,151C. elegans SRA-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
36str-30T27C4.3n/achrV 3,725,910C. elegans STR-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37T22B2.6T22B2.6n/achrX 3,915,288
38C30F12.2C30F12.2n/achrI 6,969,030contains similarity to Pfam domain PF03969 AFG1-like ATPase contains similarity to Interpro domains IPR005654 (AFG1-like ATPase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
39C34B2.8C34B2.8n/achrI 10,686,429contains similarity to Pfam domain PF06212 GRIM-19 protein contains similarity to Interpro domain IPR009346 (GRIM-19)
40B0454.6B0454.6n/achrII 3,034,446contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
41lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
42fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
43K08D10.10K08D10.10n/achrIV 4,155,758
44F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
45mrp-3E03G2.2n/achrX 15,934,560C. elegans MRP-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00664 (ABC transporter transmembrane region) (2), PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR001140 (ABC transporter, transmembrane region), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
46nduf-2.2T26A5.3n/achrIII 6,466,129T26A5.3 encodes a predicted mitochondrial protein whose mature sequence has near-identity (95%) to GAS-1; T26A5.3 transcription is detectable by RT-PCR, but not visible by promoter-GFP fusion; however, a transgene containing a fusion of the gas-1 promoter to the T26A5.3 protein-coding sequence is able to fully rescue gas-1 mutants, indicating that T26A5.3 encodes a fully functional mitochondrial 49 kDa subunit that may rescue gas-1(fc21) mutants from lethality; mutants homozygous for a T26A5.3 deletion have normal anesthetic sensitivity and normal sensitivity to oxygen (unlike gas-1 mutants) but a shortened lifespan at normal laboratory oxygen levels (20%); animals doubly mutant for gas-1 and T26A5.3 have maternal-effect lethality, but sterile surviving parents are abnormally long-lived (2.7 times longer than wild-type and 4.2 times longer than gas-1 mutants); double mutants remain hypersensitive to oxygen.
47pmp-2C44B7.9n/achrII 6,885,843C. elegans PMP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF06472 (ABC transporter transmembrane region 2) , PF00005 (ABC transporter) contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR010509 (ABC transporter, N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR005283 (Peroxysomal long chain fatty acyl transporter)
48D2092.6D2092.6n/achrI 6,597,924contains similarity to Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8; ENSEMBL:ENSP00000302239
49F53B6.5F53B6.5n/achrI 8,950,742contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
50F02C12.1F02C12.1n/achrX 13,404,175contains similarity to Interpro domain IPR000433 (Zinc finger, ZZ-type)