UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1EGAP2.1EGAP2.10chrII 5,232,292
2Y9D1A.2Y9D1A.2n/achrII 7,450,882contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000370861; ENSEMBL:ENSP00000370861
3F01G12.1F01G12.1n/achrX 16,395,930contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
4F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
5cal-3M02B7.6n/achrIV 3,832,350cal-3 encodes a member of the calmodulin family.
6pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
7F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
8R166.3R166.3n/achrII 10,538,486The R166.3 gene encodes an unfamiliar protein, with homologs in yeast and archaea, that is orthologous to the human gene ALPORT SYNDROME, MENTAL RETARDATION, MIDFACE HYPOPLASIA, AND ELLIPTOCYTOSIS CHROMOSOMAL REGION GENE 1 (AMMECR1; OMIM:300195); AMMECR1, when mutated, may be at least partially responsible for mental retardation, midface hypoplasia, or elliptocytosis.
9T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
10K09A11.1K09A11.1n/achrX 13,263,425contains similarity to Pfam domains PF05699 (hAT family dimerisation domain) , PF02892 (BED zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR008906 (HAT dimerisation), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
11F52D2.7F52D2.7n/achrX 1,964,366
12Y54G11A.11Y54G11A.11n/achrII 14,350,230contains similarity to Pfam domain PF05129 Transcription elongation factor Elf1 like contains similarity to Interpro domain IPR007808 (Protein of unknown function DUF701, zinc-binding putative)
13ncs-2F10G8.5n/achrI 10,034,037C. elegans NCS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR001125 (Recoverin), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000261 (EPS15 homology (EH))
14syn-13F36F2.4n/achrI 9,003,016C. elegans SYN-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR006012 (Syntaxin/epimorphin, conserved site)
15srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16F49E7.2F49E7.2n/achrX 1,096,278
17atg-16.1F02E8.5n/achrX 4,461,104atg-16.1 encodes a divergent ortholog of the autophagic budding yeast protein Atg16p, and of human ATG16L1 (OMIM:610767, associated with Crohn disease) and ATG16L2; ATG-16.1 is paralogous to ATG-16.2; ATG-16.1 is expressed in larval and adult intestine, renal gland cells, stomato-intestinal muscle, anal depressor muscle, and head mesodermal cell; ATG-16.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
18taf-4R119.6n/achrI 385,688taf-4 encodes a TAFII (TBP(TATA-binding protein)-associated factor) that is orthologous to human TAF4 (hTAFII130); TAF-4 is predicted to be a component of the TFIID mRNA transcription complex and is generally required for early embryonic mRNA transcription; consistent with this observation, taf-4(RNAi) results in embryonic lethality at the ~100-cell stage with little cell differentiation, similar to the loss of AMA-1/RNA polymerase II activity; TAF-4 is detected in nuclei in the adult germline, oocytes, and embryo, from the 2-cell stage through early morphogenesis.
19Y73C8C.3Y73C8C.3n/achrV 3,116,714contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of Centromeric protein E; ENSEMBL:ENSP00000369365
20T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
21rap-1C27B7.8n/achrIV 8,917,869rap-1 encodes a member of the Ras superfamily of small GTPases; the activated protein interacts with W05B10.4 and T14G10.2 in yeast two-hybrid assays and rap-1 is expressed in some neurons in the head and tail, the rectal epithelial cells, body muscle, hypodermis, and in the somatic cells of the gonad.
22F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
23tag-313Y66H1A.3n/achrIV 444,376C. elegans TAG-313 protein ; contains similarity to Bos taurus 39S ribosomal protein L55, mitochondrial precursor (L55mt) (MRP-L55).; SW:P0C2B8
24W08F4.11W08F4.11n/achrII 593,637
25sru-2C33A12.13n/achrIV 9,486,898C. elegans SRU-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
26srd-50F15A2.4n/achrX 13,480,135C. elegans SRD-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27F53A2.3F53A2.3n/achrIII 13,338,285contains similarity to Streptococcus agalactiae Hypothetical protein.; TR:Q8E5X9
28W04G5.5W04G5.5n/achrI 11,635,717contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
29F25D1.4F25D1.4n/achrV 10,543,032contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
30F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
31spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
32sru-16Y45F10B.4n/achrIV 13,581,181C. elegans SRU-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
33T24H10.1T24H10.1n/achrII 9,099,835contains similarity to Pfam domains PF07500 (Transcription factor S-II (TFIIS), central domain) , PF08711 (Transcription elongation factor S-II protein N terminal) , PF01096 (Transcription factor S-II (TFIIS)) contains similarity to Interpro domains IPR001222 (Zinc finger, TFIIS-type), IPR003618 (Transcription elongation factor S-II, central region), IPR014754 (Transcription elongation factor, TFIIS, N-terminal, fungal-type), IPR003617 (Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type), IPR014765 (Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal), IPR016492 (Transcription elongation factor, IIS), IPR006289 (Transcription elongation factor, TFIIS), IPR010990 (Transcription elongation factor, TFIIS/elongin A/CRSP70, N-terminal)
34F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
35B0212.3B0212.3n/achrIV 3,541,891contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
36bath-34W02A11.5n/achrI 12,751,040C. elegans BATH-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
37T05A12.3T05A12.3n/achrIV 6,885,597contains similarity to Cryptosporidium parvum Iowa II Large low complexity coiled coil protien with large repeat region.; TR:Q5CQL9
38end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
39R11A5.3R11A5.3n/achrI 7,863,191contains similarity to Mycobacterium tuberculosis DNA-binding protein HU homolog (Histone-like protein) (Hlp) (21-kDaslaminin-2-binding protein).; SW:DBH_MYCTU
40B0281.8B0281.8n/achrII 2,312,169contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
41VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG
42C50F2.2C50F2.2n/achrI 3,885,072contains similarity to Interpro domain IPR002951 (Atrophin)
43F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
44atg-10D2085.2n/achrII 8,659,384C. elegans ATG-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03987 Autophagocytosis associated protein, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR007135 (Autophagocytosis associated protein, C-terminal)
45C05D9.7C05D9.7n/achrX 1,118,323
46C43H6.7C43H6.7n/achrX 2,400,426contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domains IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type), IPR016201 (Plexin-like fold)
47T07F12.2T07F12.2n/achrX 4,891,246contains similarity to Pfam domain PF02225 PA domain contains similarity to Interpro domain IPR003137 (Protease-associated PA)
48F10E9.7F10E9.7n/achrIII 8,306,002contains similarity to Interpro domain IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
49C18A3.2C18A3.2n/achrII 5,719,035contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
50W09C5.9W09C5.9n/achrI 13,661,170contains similarity to Lactococcus lactis Aspartate carbamoyltransferase (EC 2.1.3.2) (Aspartatestranscarbamylase) (ATCase).; SW:PYRB_LACLA