UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1EEED8.3EEED8.31e-101chrII 5,414,802EEED8.3 encodes a protein with similarity to fatty acid-binding proteins; loss of EEED8.3 activity via RNAi results in 20-30% embryonic lethality.
2F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
3ZK829.9ZK829.9n/achrIV 11,971,563contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4clec-91ZK858.3n/achrI 9,126,597C. elegans CLEC-91 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
5clec-87C25A1.8n/achrI 10,184,962clec-87 encodes a putatively secreted C-type lectin, paralogous to CLEC-88, C25B8.4, F26D10.12, and ZK858.3; CLEC-87 has a single chondroitin attachment site verified by mass spectrometry; CLEC-87 has no obvious function in mass RNAi assays.
6T21C9.13T21C9.13n/achrV 10,597,963contains similarity to Fusobacterium nucleatum Branched chain amino acid transport system II carrier protein.; TR:Q8REN9
7T12G3.6T12G3.6n/achrIV 12,030,485contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1128.; TR:O25753
8W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
9pos-1F52E1.1n/achrV 8,414,649pos-1 encodes a CCCH-type zinc-finger protein; during embryogenesis, maternally provided POS-1 is essential for proper fate specification of germ cells, intestine, pharynx, and hypodermis; POS-1's role in cell fate specification is likely as a translational regulator, as POS-1 is required, in posterior blastomeres, for positive regulation of apx-1 mRNA translation and negative regulation of glp-1 mRNA translation via direct binding to the spatial control region (SCR) in the glp-1 mRNA 3' UTR; in regulating mRNA translation, POS-1 interacts with SPN-4, an RNP-type RNA binding protein, that may function to negatively regulate POS-1 activity; pos-1 mRNA is first detected in the gonads of L4 and adult animals, and is present uniformly in oocytes and newly fertilized embryos; during early embryonic divisions, pos-1 mRNA is present at higher levels in germline blastomeres until it disappears following the division of P4; POS-1 protein is first apparent at low levels in 1-cell embryos, with subsequent expression mirroring that of pos-1 mRNA: high levels in germline blastomeres until its disappearance after the P4 division; in the germline blastomeres P1, P2, P3, and P4, POS-1 colocalizes with cytoplasmic and perinuclear P granules.
10F08F3.6F08F3.6n/achrV 5,419,025This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
11C25A8.4C25A8.4n/achrIV 7,006,427contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
12F14H3.6F14H3.6n/achrV 16,058,082contains similarity to Homo sapiens Similar to golgi SNAP receptor complex member 2; ENSEMBL:ENSP00000318814
13C17E4.3C17E4.3n/achrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
14mom-2F38E1.7n/achrV 8,357,065mom-2 encodes a member of the Wnt family of secreted signaling glycoproteins that is required for induction of endodermal (gut) tissue in the 4-cell stage embryo; MOM-2, required in the inducing blastomere (P2) at the 4-cell stage, may be the ligand for MOM-5, a Frizzled homolog, thought to act in the receiving blastomere (EMS); MOM-2 genetically interacts in the same pathway as KIN-19, but parallel to APR-1; MOM-2 also may be a ligand for LIN-18, a Ryk homolog.
15C35B1.4C35B1.4n/achrIV 4,079,997
16R04D3.4R04D3.4n/achrX 13,288,277contains similarity to Rattus norvegicus Copper-transporting ATPase 1 (EC 3.6.3.4) (Copper pump 1) (Menkessdisease-associated protein homolog).; SW:AT7A_RAT
17C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
18T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
19W02F12.3W02F12.3n/achrV 6,703,798contains similarity to Leishmania braziliensis Proteophosphoglycan ppg4.; TR:A4HM87
20B0513.4B0513.4n/achrIV 13,880,800contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted protein.; TR:Q8MVF5
21nos-2ZK1127.1n/achrII 7,066,218nos-2 encodes one of three genes in C. elegans that contains a putative zinc-binding domain similar to the one found in Drosophila nanos; nos-2 affects incorporation of primordial germ cells into the somatic gonad, is required redundantly with nos-1 to prevent primordial germ cells from dividing in starved animals and to maintain germ cell viability during larval development in hermaphrodites and in males, and also functions together with nos-1 and nos-3 in the hermaphrodite switch from spermatogenesis to oogenesis; nos-2 is expressed in the primordial germ cells around the time of gastrulation from a maternal RNA associated with P granules, and it is expressed coordinately with nos-1in a dynamic fashion until the embryonic 200-cell stage.
22mei-2F57B10.12n/achrI 6,565,308mei-2 encodes a novel protein that contains a region similar to the p80-targeting subunit of katanin that is required for embryonic viability, alignment of chromosomes at the metaphase plate, and establishment of the oocyte meiotic spindle together with MEI-1; can interact with MEI-1 in HeLa cells and this complex can function to disassemble microtubules, expressed in the germ line, throughout the cytoplasm of most mature oocytes within the proximal gonad, and localization is mutually dependent upon MEI-1
23K07A1.6K07A1.6n/achrI 9,592,533K07A1.6 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; K07A1.6 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; K07A1.6 has no obvious function in mass RNAi assays.
24rgs-9ZC53.7n/achrX 1,916,166C. elegans RGS-9 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015905 (Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal), IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
25sea-1F19B10.9n/achrII 3,672,747sea-1 encodes a T-box transcription factor; during development, sea-1 functions, zygotically and in a dose-dependent manner, as an autosomal element of the X:A (X chromosome:autosome) ratio that determines C. elegans sex; in opposition to the X signal elements, SEA-1 positively regulates transcription of xol-1, the master sex-determination switch gene that is essential for male development and for setting the proper activity level of the dosage compensation complex; consistent with its role as a regulator of sex determination, SEA-1 is expressed in nuclei of early embryos from approximately the 20- to 100-cell stage of embryogenesis.
26T05F1.2T05F1.2n/achrI 9,623,710T05F1.2 encodes a novel protein; in situ hybridization studies indicate that T05F1.2 mRNA is expressed in the medial germline.
27F32D1.7F32D1.7n/achrV 4,375,562contains similarity to Interpro domain IPR005405 (Potassium channel, voltage dependent, Kv3.4)
28C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
29rgs-8.1F52D2.2n/achrX 1,953,014C. elegans RGS-8.1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
30C31G12.1C31G12.1n/achrV 18,180,590contains similarity to Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus K1 glycoprotein (Fragment).; TR:Q9WHA1
31cdc-25.3ZK637.11n/achrIII 8,917,082cdc-25.3 encodes a tyrosine phosphatase that is a member of the cell division cycle 25 (CDC25) family of cell cycle regulators that includes Schizosaccharomyces pombe CDC25 and Drosophila string; cdc-25.3 is one of four cdc-25 genes in C. elegans and while it is known to be expressed in hermaphrodites, the precise function of cdc-25.3 is not yet clear; cdc-25.3 may function redundantly with cdc-25.2 during embryonic development and redundantly with cdc-25.1, cdc-25.2, and emb-29 during meiosis.
32oma-2ZC513.6n/achrV 8,030,304The oma-2 gene encodes a zinc finger protein of the TIS11 finger type that is paralogous to OMA-1; while either oma-1 or oma-2 individually have no obvious mutant phenotype, a normal copy of at least one of these genes is required for oocyte maturation.
33C37C3.9C37C3.9n/achrV 7,853,081contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
34Y62H9A.4Y62H9A.4n/achrX 11,880,601contains similarity to Branchiostoma floridae Homeobox protein DLL homolog.; SW:HMDL_BRAFL
35dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
36Y6G8.3Y6G8.3n/achrV 17,602,355contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
37F53F8.3F53F8.3n/achrV 20,684,555contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
38F55B11.2F55B11.2n/achrIV 14,422,746contains similarity to Xenopus laevis Similar to LGN protein.; TR:Q8AVU7
39fbxa-215Y45F10C.3n/achrIV 13,666,087This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40T01C3.3T01C3.3n/achrV 14,992,169contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
41skr-15F54D10.1n/achrII 3,824,456The skr-15 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-15(RNAi) animals are at least superficially normal.
42F57C2.3F57C2.3n/achrII 14,524,512contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000265391
43F14D7.2F14D7.2n/achrV 14,292,817contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478
44kbp-1R13F6.1n/achrIII 6,869,906C. elegans KBP-1 protein ;
45mex-6AH6.5n/achrII 9,525,192mex-6 encodes a CCCH zinc-finger protein highly similar to MEX-5 that functions with MEX-5 to affect embryonic viability, establish soma germline asymmetry in embryos and establish PIE-1, MEX-1, and POS-1 asymmetry in embryos, and also affects formation of intestinal cells; MEX-6 and MEX-5 may act downstream of the PAR proteins.
46H04M03.3H04M03.3n/achrIV 5,892,434contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
47F43G6.10F43G6.10n/achrII 11,809,738contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
48F49E12.1F49E12.1n/achrII 8,402,502contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
49F17E9.4F17E9.4n/achrIV 8,348,753
50Y37D8A.19Y37D8A.19n/achrIII 12,930,534contains similarity to Hordeum vulgare Nonspecific lipid-transfer protein 4.3 precursor (LTP 4.3).; SW:NL43_HORVU