UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mel-47EEED8.10chrII 5,421,944C. elegans MEL-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3T01E8.4T01E8.4n/achrII 10,238,236This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains WD repeats.
4B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
5F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
6W06B4.1W06B4.1n/achrII 4,472,468
7R53.6R53.6n/achrII 9,969,060contains similarity to Pfam domain PF03651 Partner of SLD five, PSF1 contains similarity to Interpro domain IPR005339 (GINS complex, Psf1 component)
8rfc-3C39E9.13n/achrIV 13,096,350C. elegans RFC-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
9cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
10ZK1320.7ZK1320.7n/achrII 9,672,350contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR000467 (D111/G-patch)
11F33G12.2F33G12.2n/achrII 5,030,810contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12gei-12F52D2.4n/achrX 1,988,059gei-12 encodes a novel protein that affects embryonic viability and development of the hypodermis; interacts with GEX-3 in yeast two-hybrid assays, and is expressed in all somatic cells.
13C02B10.2C02B10.2n/achrIV 5,090,651contains similarity to Homo sapiens SNARE-associated protein Snapin; ENSEMBL:ENSP00000357674
14F43D2.1F43D2.1n/achrV 14,613,051contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
15apn-1T05H10.2n/achrII 8,048,264apn-1 encodes a member of the AP (apurinic or apyrimidinic) endonuclease family.
16lrr-1F33G12.4n/achrII 5,035,345F33G12.4 encodes a leucine rich repeat-containing protein; loss of F33G12.4 activity via large-scale RNAi indicates that F33G12.4 is essential for embryonic and larval development.
17pie-1Y49E10.14n/achrIII 12,427,870pie-1 encodes a C-x8-C-x5-C-x3-H-type zinc-finger protein; maternally provided PIE-1 is essential for germline cell fate determination, as it functions as a repressor of RNA polymerase II-dependent gene expression in the developing germ line; PIE-1 localization, initially uniform and then concentrated in the posterior germ cell lineages, is regulated by other maternally supplied gene products including PAR-1, MEX-5, and MEX-6.
18F52B5.2F52B5.2n/achrI 8,317,068contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
19C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
20C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
21W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
22ZC477.5ZC477.5n/achrIV 7,102,332
23W01A8.5W01A8.5n/achrI 7,070,051contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
24try-1ZK546.15n/achrII 4,948,807C. elegans TRY-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine), IPR008256 (Peptidase S1B, glutamyl endopeptidase I)
25C16C8.12C16C8.12n/achrII 3,453,161
26F10D11.2F10D11.2n/achrI 8,437,292contains similarity to Bacillus thuringiensis Pesticidial crystal protein cry8Ca (Insecticidal delta-endotoxinsCryVIIIC(a)) (Crystaline entomocidal protoxin) (130 kDa crystalsprotein).; SW:C8CA_BACTP
27bath-15C08C3.2n/achrIII 7,775,331C. elegans BATH-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
28meg-2K02B9.2n/achrX 13,924,518meg-2 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-2 activity by itself results in no obvious abnormalities, but loss of meg-2 activity in meg-1 mutant animals indicates that meg-1 and meg-2 likely have redundant functions in germline development; meg-2 may also function redundantly with mes-1; meg-2 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; a GFP::MEG-2 fusion protein localizes exclusively to P granules in the embryonic germ cell lineage.
29skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
30B0393.3B0393.3n/achrIII 4,758,450contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR006553 (Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype)
31rgs-10F45B8.2n/achrX 14,963,378C. elegans RGS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00615 Regulator of G protein signaling domain contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
32F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
33nos-1R03D7.7n/achrII 10,952,444nos-1 encodes an putative RNA-binding protein that contains a zinc-binding motif homologous to that of Drosophila Nanos, a posterior-group protein required for embryonic patterning and primordial germ cell development; in C. elegans, NOS-1 is required redundantly with NOS-2, a second Nanos homolog, for maintenance of germ cell viability during postembryonic development and for preventing primordial germ cells from dividing in the absence of food; nos-1 mRNA is expressed dynamically in the embryo, with early expression seen throughout the embryo and later expression restricted solely to germline blastomeres; nos-1 mRNA becomes undetectable after the 200-cell stage, but reappears later at the 550-cell stage; NOS-1 protein is not detectable in germline blastomeres until the 550-cell stage, suggesting that NOS-1 might actually function zygotically in germline specification.
34fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
35F27B3.5F27B3.5n/achrIII 6,560,937contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
36T13F2.6T13F2.6n/achrIV 9,779,719
37zhp-3K02B12.8n/achrI 8,530,344zhp-3 encodes a RING finger protein orthologous to budding yeast Cst9p (meiotically expressed) and human RNF212 (associated with varying recombination rate); ZHP-3 activity is required during meiosis for crossover recombination and chiasma formation; ZHP-3 activity is thus essential for proper chromosome segregation and normal levels of fertility; a ZHP-3::GFP fusion protein localizes along synapsed chromosomes in a manner that is dependent upon the presence of mature synaptonemal complexes; ZHP-3 is paralogous to D1081.9, F55A12.10, and Y39B6A.16.
38C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
39ekl-5Y26E6A.1n/achrX 13,915,941C. elegans EKL-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR006642 (Zinc finger, Rad18-type putative)
40F28C6.2F28C6.2n/achrII 8,595,158F28C6.2 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.1, which lies adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.2 activity via large-scale RNAi results in some embryonic lethality and low levels of larval arrest, body morphology defects, and uncoordinated locomotion.
41K09E3.7K09E3.7n/achrX 17,132,904contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000048720
42C31H1.8C31H1.8n/achrIV 5,812,882contains similarity to Homo sapiens Protocadherin 15; ENSEMBL:ENSP00000378832
43hop-1C18E3.8n/achrI 4,209,468hop-1 encodes one of three C. elegans presenilins (the other two presenilins are encoded by sel-12 and spe-4); originally identified on the basis of its sequence similarity to SEL-12 and the human PS1 and PS2 presenilins, HOP-1 has been shown to function redundantly with SEL-12 in embryonic, larval, and germline development and thus, to likely function by regulating LIN-12/GLP-1 signaling; in addition, hop-1 can functionally substitute for sel-12 by rescuing the egg-laying and vulval development defects of sel-12 mutants; hop-1 transcription appears to be regulated, at least in part, by the C. elegans spr genes, some of which encode orthologs of the mammalian CoREST repressor complex.
44F36F12.2F36F12.2n/achrV 2,093,433contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
45Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
46tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
47F16H11.3F16H11.3n/achrX 4,648,333contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48T20D3.8T20D3.8n/achrIV 9,342,540contains similarity to Pfam domain PF06432 Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009450 (Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase)
49aph-1VF36H2L.1n/achrI 9,232,806aph-1 encodes an unfamiliar protein predicted to have seven transmembrane domains; APH-1 is a component of the GLP-1/LIN-12 (Notch) pathway, is required maternally for embryonic viability, and also affects morphogenesis, egg laying, germ line proliferation, and translocation of APH-2 to the cell surface; with PEN-2, APH-1 is required for Notch pathway signaling, gamma-secretase cleavage of beta-amyloid precursor protein, and presenilin protein accumulation.
50C27A7.6C27A7.6n/achrV 12,126,221contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)