UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxb-78E04A4.10chrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
2uba-2W02A11.4n/achrI 12,745,085uba-2 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Uba2p and human ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B; by homology, UBA-2 is predicted to form, with a regulatory subunit, AOS-1, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, UBA-2 is required for embryogenesis and vulval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.
3exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
4R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
5C26E6.3C26E6.3n/achrIII 4,945,871contains similarity to Pfam domain PF04078 Cell differentiation family, Rcd1-like contains similarity to Interpro domain IPR007216 (Cell differentiation proteins, Rcd1-like)
6cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
7ceh-49F17A9.6n/achrV 6,119,282ceh-49 encodes a divergent ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal cut domain; CEH-49 has an atypical tyrosine residue at position 48 of its homeodomain rather than a phenylalanine or tryptophan residue; the cut domain may be a compact DNA-binding domain composed of alpha helices; phylogenetically, CEH-49 is (somewhat distantly) affiliated with CEH-48, Drosophila ONECUT, and mammalian HNF6 proteins; CEH-49 has no obvious function in mass RNAi assays.
8end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
9F10E9.7F10E9.7n/achrIII 8,306,002contains similarity to Interpro domain IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
10C14B1.8C14B1.8n/achrIII 3,719,182C14B1.8 encodes a coiled-coil protein.
11F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
13btb-13ZC204.11n/achrII 1,654,256C. elegans BTB-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
14C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
15T08A9.6T08A9.6n/achrX 7,312,318This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
16T11B7.1T11B7.1n/achrIV 8,841,747contains similarity to Mus musculus Girdin (Girders of actin filament) (Coiled-coil domain-containingsprotein 88A) (Akt phosphorylation enhancer) (APE) (Hook-relatedsprotein 1) (HkRP1) (G alpha-interacting vesicle-associated protein)s(GIV).; SW:Q5SNZ0
17ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
18C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
19K11B4.2K11B4.2n/achrI 14,798,156contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0402 protein.; SW:Q4S3C1
20F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
21hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
22F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
23T08E11.5T08E11.5n/achrII 1,822,035
24K09A11.1K09A11.1n/achrX 13,263,425contains similarity to Pfam domains PF05699 (hAT family dimerisation domain) , PF02892 (BED zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR008906 (HAT dimerisation), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
26C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)
27ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
28agt-2F09E5.13n/achrII 5,372,696agt-2 encodes a paralog of the DNA repair enzyme O6-Alkylguanine DNA-alkyltransferase (AGT); AGT-2 has AGT biochemical activity and is expressed at all developmental stages.
29F54D11.3F54D11.3n/achrV 4,636,257
30sna-1W02F12.6n/achrV 6,710,071sna-1 encodes an snRNP-binding protein (SNA-1/SL21p) orthologous to Ascaris SL30p (SL 30kd) and Brugia 13258.m00169, and paralogous to Brugia 14704.m00455; SNA-1 is found in the Sm snRNP SL1, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-1 associates with the SNA-2/SL75p protein, while being replaced by SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-1(RNAi) animals, like sut-1(bk79) mutants, have cold-sensitive sterility, whereas sna-1(RNAi) combined with sut-1(bk79) is synthetically lethal; double sna-1(RNAi) sut-1(RNAi) is lethal; these RNAi data indicate that SNA-1 and SUT-1 are partially redundant, and suggest that snRNP Y (like snRNP SL1) may participate in trans-splicing; SNA-1 can bind SNA-2 even in the absence of RNA.
31mau-2C09H6.3n/achrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
32C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
33rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
34ceh-5C16C2.1n/achrI 9,727,604ceh-5 encodes a homeodomain protein, similar to the human VENTRAL ANTERIOR HOMEO BOX 2 gene (VAX2; OMIM:604295); CEH-5 is dispensable for viability and gross morphology.
35Y106G6H.15Y106G6H.15n/achrI 10,473,965contains similarity to Pfam domain PF07160 Protein of unknown function (DUF1395) contains similarity to Interpro domain IPR009829 (Protein of unknown function DUF1395)
36M199.2M199.2n/achrIV 15,109,806contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
37F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38F01G12.1F01G12.1n/achrX 16,395,930contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
39pstk-1Y49E10.22n/achrIII 12,467,328C. elegans PSTK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08433 Chromatin associated protein KTI12 contains similarity to Interpro domain IPR013641 (Chromatin associated protein KTI12)
40K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
41abce-1Y39E4B.1n/achrIII 13,156,917C. elegans ABCE-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF00037 (4Fe-4S binding domain) , PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR001450 (4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding), IPR013283 (ABC transporter, ABCE), IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
42VH15N14R.1VH15N14R.1n/achrI 7,781,895contains similarity to Aspergillus niger Protein kinase C-like (EC 2.7.1.-).; SW:KPC1_ASPNG
43C43H8.2C43H8.2n/achrI 10,623,645contains similarity to Pfam domain PF09174 Maf1 regulator contains similarity to Interpro domains IPR017152 (RNA polymerase III transcriptional repressor, MAF1), IPR015257 (Maf1 regulator)
44T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
45B0281.8B0281.8n/achrII 2,312,169contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
46B0432.3B0432.3n/achrII 289,662contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L41, mitochondrial precursor (L41mt) (MRP-L41).; SW:Q9CQN7
47fbxa-43T20H9.2n/achrIII 2,258,234C. elegans FBXA-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
48F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
49Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
50nhr-258C26B2.4n/achrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)